1、在產品上的區別比較大。武漢五芳齋主要生產糕點和月餅，其代表產品有糯米糍、蓮蓉酥等傳統的糕點和月餅，而嘉興五芳齋則主要生產肉幹、蜜餞等休閑食品，其代表產品有五香肉幹、桂花糖藕等。因此，從產品上來看，武漢五芳齋更註重傳統糕點的制作，而嘉興五芳齋更註重創新休閑食品的開發。
2、在歷史上的發展也有所不同。武漢五芳齋成立於清朝嘉慶年間，已有兩百多年的歷史，是壹家有著悠久歷史的老字號，而嘉興五芳齋則成立於民國年間，雖然也有將近百年的歷史，但相對於武漢五芳齋來說還比較年輕。這也從側面反映了兩家老字號在不同歷史時期的不同發展情況。
3、在文化上也有所區別。武漢五芳齋的文化內涵主要體現在傳統的糕點和月餅制作工藝上，如手工揉面、手工制作等，其制作工藝代表了傳統武漢糕點的制作技藝。而嘉興五芳齋則註重對傳統文化的傳承和創新，如推出了以水滸傳、紅樓夢等經典名著為主題的休閑食品，將文化元素融入到產品中。