下面提出的這些問題，可能人類永遠都找不到答案。
1、為什麽哪裏都有“存在”而沒有絕對的虛無？
我們在宇宙中的存在因為太隨機，太費解而無法用語言表述。我們所生活的這個俗世已經將人類的存在認為是理所當然的事——但是總有壹些時候妳會從人類的自大中走出來，進入關於人類存在意義的思考，然後妳會問：為什麽宇宙中到處都有“物質”？為什麽這麽大壹個宇宙都能被壹些很精準的定律法則所牽制？我們生活的宇宙裏為什麽會同時存在螺旋狀星雲，北極光，海綿寶寶，痞老板這些互相不相幹的東西呢？
宇宙學家 Sean Carroll 指出，“現代物理學中還沒有可以解釋為什麽我們使用的是這樣的物理法則的內容，不過現在倒是經常聽見物理學家說——‘如果我們當時認真考慮哲學家的話可能就不會出現這樣的錯誤了’。”這樣的問題，哲學家們的對策是想出了壹種“人擇原理”（anthropic principle）——簡而言之，即謂正是人類的存在，才能解釋我們這個宇宙的種種特性，包括各個基本自然常數。因為宇宙若不是這個樣子，就不會有我們這樣的智慧生命來談論它。宇宙是為觀測者而形成的——不過這個概念有很多科學家都“不喜歡”。
2、我們的宇宙真實嗎？
這時壹個很經典的問題。“為了追求真理，必須對壹切都盡可能地懷疑，甚至像“上帝存在”這樣的教條 ，懷疑它也不會產生思想矛盾”，這是笛卡爾式的懷疑。本質上這個問題就是：人類是怎麽知道我們所看見的壹切不是壹場奢華的幻覺而是真實存在的？有看不見的巨大力量在控制我們嗎？近幾年這個問題被重新闡述為“桶中的大腦”問題，或是“模擬論證”。這兩個猜想簡單來說就是，人類是壹個精心布置的模擬環境的產物。相信很多人童年，少年時期都曾經思考過這個問題。
但是這個問題會引發更加深層次的思考——人類文明是不是這模擬中的壹部分？包括我們現在心中所想，我們的邏輯思維價值觀是不是都來自超級計算機的逆襲？另外，我們可能並不是自己認為的那個人。假設運營這整個模擬環境的人也參與在其中，那麽我們之中的任何壹個人都可能是幕後的主導，這也就意味著，我們現在的身份是臨時的，是暫時受到壓制的，而目的只是為了增強模擬環境的真實性。
這個哲學之謎同時也要求我們重新思考“真實”的定義。模擬現實主義者（Modal realists）的觀點是，既然宇宙於人類看來是合理的（和我們夢中的無邏輯性，無連貫性相比，並且“真實宇宙”有物理法則），那麽我們除了認為這個世界是真實的以外別無選擇。
3、我們有自由意誌嗎？
也叫“決定論的困境”（dilemma of determinism），我們不知道自己的行為到底是都由前導事件引發的，還是我們確實在用個人意誌為自己做決定。哲學家們（現在還有壹些科學家們）已經爭論此問題上千年，並且就目前來說好像爭論並沒有到頭。
如果我們做的任何壹個決定都由無盡的因果鏈影響，那麽決定論就是成立的，即我們並沒有選擇的自由意誌。有很多自由主義者（非政治意義上的）認為世界是相容論（compatibilism）的世界。相容論是指認為決定論與自由意誌在世界上相容的見解。這是壹種改良，妥協的理論，它認為在大的因果鏈影響中，自由意誌是相對存在於宇宙中的。
有壹項神經科學的研究曾得出結論說“人早在自己大腦意識到之前就已經做好了決定”，而在無意識狀態下“被做決定”看起來好像對決定論的成立有利。
量子力學甚至使這個問題更加復雜化。量子力學認為我們生活在壹個偶然的宇宙裏，決定論或者任何類似的東西都是不可能存在的。物理學家 Linas Vepstas 說過，“人類的知覺，緊密地，不可避免地和人們對時間流逝的感知聯系在壹起。
我認為事實確實如此，由於宇宙的出現是偶然的情況，而我們的宇宙隨著時間的推移也在向前流動著。過去的都是不可變更而確定的，而未來是不可知的。這個理論剛好合適，因為未來還沒有發生，也沒有被預先決定。”聽起來像是在說人有自由意誌？這時因為人們對自由意誌的理解有誤區：很多人認為自由意誌=隨機。
按照前文，自由意誌就是由“非決定論”所確定的。但是根據量子力學，非決定論的那壹部分物理現象是純粹的隨機現象。我們認為自己按照自己的意願做了壹個決定，實際上，將這個過程還原到量子力學中，也就是妳的大腦處理了壹些隨機的信息，再按照物理規律，加上壹點隨機事件而輸出的結果。這不算是自由意誌。
4、造物主存在嗎？
簡而言之，我們無法得知造物主存不存在。不論是無神論者還是信徒的宣言都是錯誤的，而不可知論者是對的。真正的不可知論者是笛卡爾式的，這牽扯到認知論的問題和人類探究能力的局限性。我們對宇宙內部的運作所了解的還不足以對現實的世界做出明確的回答或者原動力是否暗藏在其中。
許多人認同自然主義——即宇宙是按照自主的過程演化——但這並不排除背後存在壹個偉大的設計者發動這壹切（也叫做自然神論）的可能。就像之前提到過的，我們可能生活在壹個虛擬器中，而背後是壹個黑客上帝控制住所有變量。或許諾斯替教徒是對的，在現實深處有壹個強大的生物而我們卻沒有發覺。這不壹定就是上帝，傳統全能的神亞伯拉罕——但他們確實是強大的生物。再次說明，這些問題本質不是科學。——它們更像柏拉圖式的思想實驗，使我們不得不面對人類實驗和探究的極限。