傳染病預防控制科 負責法定傳染病及其流行因素的預防控制、監測、預測和預警工作；負責相關傳染病疫情的現場處理、流行病學調查及效果評價工作。
公***衛生應急科 開展突發公***衛生事件處理的應急準備；負責突發公***衛生事件的疾病預防控制人員培訓、物資管理、應急演練；承擔重大傳染病疫情、重大食品安全事件、群體性不明原因疾病等突發公***衛生事件應急監測、分析、評估、報告工作。
計劃免疫科 負責全市免疫規劃的組織實施及國家免疫規劃疫苗針對傳染病的預防控制等工作；監測、調查和處理預防接種疑似異常反應；負責疫苗調撥計劃及冷鏈管理。
艾滋病預防控制科 負責艾滋病的疫情監測、行為幹預、流行病學調查、自願咨詢檢測、技術指導等工作。
性病麻風病預防控制科 負責開展皮膚病、性病、麻風病監測、流行病學調查、疫情分析和管理；組織開展有易感染性病危險行為的人群幹預工作；負責全市性病、麻風病及皮膚病防治機構監測質控、業務指導和培訓。
寄生蟲病預防控制科 負責寄生蟲病及其流行因素的監測、預防控制、預測和預警工作；組織寄生蟲病的調查、處理及評價工作。
慢性非傳染性疾病預防控制科 負責慢性非傳染性疾病及其危險因素監測，篩查高危人群；負責居民病傷死亡的死因監測；負責慢性非傳染性疾病綜合防控業務指導。
病媒生物預防控制科 負責病媒生物預防控制、技術指導工作；負責媒介生物傳播因素監測和幹預，及疫源地和除四害工作的指導和評價；負責病媒生物抗藥性檢測。
消毒與醫院感染控制科 負責醫院感染因素監測與控制、消毒產品監測，及重點行業、場所消毒指導和評價。
環境與學校衛生科 負責對生活、工作等公***場所環境中影響人群健康的危害因素進行監測與評價，提出幹預策略和措施；執行學生常見病預防控制規劃及方案，開展學生常見病及其影響因素監測工作，實施預防控制措施；負責生活飲用水水質監測；負責與學校衛生相關的宣傳教育、技術指導等衛生服務；開展健康相關行業從業人員預防性健康監測與管理。
食品安全和地方病預防控制科 負責食源性疾病和食品汙染物的監測，開展食物中毒和食源性疾病的流行病學調查和處理；開展公***營養監測和評價；組織實施地方病的監測和控制工作。
病原微生物檢驗科 負責病原微生物檢測檢驗、病原學鑒定；承擔突發公***衛生事件應急病原學檢測；負責病毒性疾病的實驗室診斷、鑒定，病毒分子生物學檢測；開展環境健康效應因子檢測評價和健康相關物品的毒性測定、功能評價；組織開展艾滋病、性病實驗室質量管理。
健康教育科（市健康教育中心） 開展健康教育和健康促進，協調指導各市、區的健康教育工作；負責擬訂全市健康教育的規劃、規範和考核評價體系，並按程序報批；組織健康教育和健康促進方面業務培訓，實施效果評價；承擔“全國億萬農民健康促進行動”江門市辦公室日常工作和控煙健康教育，煙害防控、幹預和評估；組織開展健康教育活動，設計制作健康教育傳播材料，普及醫藥、衛生、保健知識。