雖然晚期智人的化石已有大量發現。可是他們是如何起源的?至今仍有不同的理論或假設。原因是很少的地區有足夠多的標本來證明有無形態上的連續性或繼承關系。只是單個的標本或少量的標本不能說明問題，而必須考慮到個體的變異性，從現有的化石保存情況來說，最好的地區是中、東歐和西亞。因而問題的焦點集中在尼安德特人的命運上。
多年來圍繞著尼安德特人的命運而提出的現代智人起源的理論主要有三種：①尼人階段說；②前智人說；③前尼人說。
德國的施瓦布在1897年至1906年期間，發表了多篇論文，提出尼人頭骨具有許多原始的似猿的性狀，是從直立人發展到現代人的中間環節。尼人階段是人類發展過程中的壹個中間階段。這是現代智人起源的尼人階段說。
1912年英國的基思根據壹些當時被認為年代比尼人為早而形態上卻遠比尼人為現代化的骨骼化石，提出尼人不是現代人的祖先，而是與現代人祖先平行發展的另壹種類型。現代人是由尼人以前的智人演化而來的。這是現代人起源的前智人說。
其間，法國的布勒也得出同樣的看法，於1911年～1914年之間發表多篇文章，宣稱尼人是遠古的、絕滅的種，不在人的進化系統之內。
這兩種理論各有其擁護者，如美國的赫德利希卡在1927年、德國的魏敦瑞在1940年仍支持某種形式的基本上是單線的人類進化概念。
到20世紀50年代，前智人說的主要維護者是法國的瓦盧瓦，他是布勒的繼承人。1954年他重提前智人說，重要的根據之壹是1935年～1936年在英國發現的斯旺斯庫姆頭骨，它的年代較早，而形態卻較近智人。
20世紀50年代以後，前尼人說逐漸興起，到70年代成為歐洲尼人進化地位的最流行的理論。
前尼人說最早是英國的史密斯於1924年提出的，認為某些尼人化石，較少特化，年代較早。它們是現代智人和較特化的尼人的祖先。但這種論點沒有引起人們的註意。直到50年代初期，經意大利塞奇於1953年和美國豪厄爾斯於1951年和1957年倡導後，才引起了人類學界的重視。1951年豪厄爾斯指出巴勒斯坦卡梅爾山的頭骨(塔邦和斯虎爾)，連同斯坦海姆、埃林斯多夫、克拉皮納、薩科帕斯托和切舍克塔施等化石，代表壹種廣泛分布的、時期較早的“進步”尼人或前尼人群體，它們是現代智人的祖先。1957年他更具體提出歐洲現代智人可能是由斯虎爾人演化來的。以後，勒·格羅斯·克拉克於1955年、布雷廷格於1957年、韋納於1958年都同意主要以歐洲的斯旺斯庫姆和斯坦海姆人化石為代表的前尼人可能是典型尼人和現代人的***同祖先。
從60年代初起，美國的布雷斯又恢復了尼人階段說，重提了赫德利希卡於1911年提出的理論。認為咀嚼功能的改變是人類顱骨後期類型改變的主要因素。布雷斯認為，由於舊石器時代中期和晚期有了更特化的工具來代替以前用前部牙齒行使的功能，解除了顱面部骨骼由此而產生的應力，引起了形態上的壹系列變化而演變成了現代人的顱型。沃爾波夫於1980年也強調，文化改變的作用在整個舊大陸同樣地使已有地區分布的遠古智人轉變成現代智人。
另壹些人認為典型尼人具有壹系列特殊的形態性狀，表明他們是人類進化系統上的壹個旁枝，如豪厄爾斯於1975年、特林考斯和豪厄爾斯於1979年、斯特林格和特林考斯於1981年均持此種看法。
近來特別是壹些年輕的人類學家，強調尼人與早期現代人之間的形態有著質的差別，主張後者是由歐洲以外的地區來的，如斯特林格於1974、1978、1984年，赫布林於1978、1984年，布勞爾於1980、1984年，賴特邁爾於1979、1984年都認為解剖結構上的現代人可能最早是在非洲起源的。
總的來說。現在古人類學家關於尼人，特別是對西歐的所謂典型尼人的系統位置，還沒有壹致的意見。壹種意見是現代智人(指歐洲的白種人)是由當地的尼人逐漸演變來的。這種理論叫直接演化說或系統說。另壹種理論是入侵說，也叫遷徙說或代替說。這種理論認為歐洲是典型尼人的家鄉，而解剖上的現代人是在歐洲以外的地區演化出來，然後侵入歐洲的尼人區域，消滅了土著的尼從而形成的。
這兩種理論都存在著壹些問題。
從這類化石材料最豐富的地區之壹的西亞來說，塔邦遺骸與尼人群相似，而斯虎爾個體則與解剖上的現代人更為相似，卡夫紮標本則完全是現代人的性狀。這些人群標本的時期互相重疊，表明這是壹個很復雜的過渡過程。由此推論歐洲以外的人群遷入歐洲，雖然他們之間可能有時發生沖突，但結果總是互相混雜，產生了現存於歐洲的人群，至少是部分的人群。尼人的某些特征，如高聳的鼻子，與今天的歐洲人相似，而與其他現生人種不同。
根據從考古發掘的地層中尼人突然消失而為現代人所代替這壹現象，有人認為這種迅速的變化壹般發生在3.5萬年～4萬年之間，只是隨著地點的不同而時間稍有不同。在這樣短的時間裏，是不能由尼人轉變成現代人的。但是近來也有證據表明，實際的時間可能要長得多，可以從尼人轉變成現代人。
地層上的記錄也遠不是很清楚的，許多地點沒有人骨而只有這種或那種類型的石器。較早的石器叫莫斯特文化，傳統上是歸之於尼人制造的。較晚的石器叫夏代爾貝龍和奧瑞納文化，傳統上被認為是現代人制作的。在壹層莫斯特工具之上直接有壹層夏代爾貝龍或奧瑞納工具，便意味著現代人突然代替了尼人。
近年來的發現使這種明顯劃分的界限削弱了。發現了現代人的骨骼伴有莫斯特工具。最近又發現有壹具尼人骨架伴隨有夏代爾貝龍工具。
現在尼人改善的形象，更與現代人相似，也使其更可能成為現代歐洲人的祖先。
另壹方面也有證據支持入侵說。當尼人在歐洲生存時。完全形成的現代人已在非洲和西亞出現。最近在西亞發現了從尼人演化到現代人的證據，其年代遠早於歐洲。與鄰近的人群通婚，在狩獵－采集人群中是長時期來通行的。結果是新的遺傳性狀逐漸擴散到鄰近的人群中；偶爾的遷徙甚至沖突都可能在某些地方發生，從而加速這種擴散。許多人類學家相信，在人類漫長的演化過程中，經常的混雜緩慢地進行著，使基因得以擴散。