傳統發酵食品以其制作成本低，改善食品的風味營養及有較強的穩定性等優點在世界廣泛分布。傳統發酵食品的原料來源廣泛,人們日常食用的谷類、豆類、蔬菜、乳、肉等食物幾乎都可以制作發酵食品。傳統發酵食品使用的微生物有酵母菌、黴菌、細菌等多種。如中國的著名大曲酒——茅臺酒，其發酵所用的大曲由大麥、小麥等糧食原料保溫培菌制得。曲中的微生物由曲黴、紅曲黴、根黴等黴菌。
現代發酵食品已經成為食品工業中的重要分支就廣義而言；凡是利用微生物的作用制取的食品都可稱為發酵食品。功能性發酵食品主要是以高新生物技術（包括發酵法、酶法）制取的具有某種生理活性的物質生產出能調節機體生理功能的食品。
發酵食品因在食品加工過程中有微生物參與作用，進而可以形成壹些特異性營養因子。如提供小腸黏膜能源的谷氨酰胺，供結腸黏膜能源物質的短鏈脂肪酸，以及亞油酸、精氨酸等。
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