電子商務的流行必將促使企業信息系統全面計算機網絡化，在會計方面表現為會計系統與企業的其他業務計算機系統化實現無縫聯結。由此產生下面兩個問題：
（壹）會計習慣性的數據原件問題。法律上最有效的證據是記錄業務發生的原件，在手工會計環境下，企業的經濟業務發生均記錄於紙張上，按會計數據處理的不同過程分為原始憑證、記帳憑證、會計帳簿和會計報表。這些紙張上的書面數據形成會計人員所熟悉的會計證據原件，這些紙質原件的數據若被修改可容易辨別出修改的線索和痕跡，這就是傳統紙質原件的基本特征。但是，在計算機網絡信息系統中的電子商務（無紙貿易）使原來紙質的會計原始憑證的數據直接記錄在磁盤或光盤上，由於對電子數據非法修改可做到不留有竄改的痕跡，這樣就很難辨別哪壹個是業務記錄的“原件”。然而，在電子數據形成和存儲管理過程加強控制和傳統觀念轉換的條件下，電子數據像紙張憑證壹樣可作為會計的原件。如果法律上不承認電子數據可作為數據“原件”，那麽電子商務的許多數據就要模仿手工操作的方法形成紙張式的原件，會計的無紙化也就無法開展，也必定影響電子商務的推廣和普及。
（二）電子會計數據的法律效力問題。在法律能否接受計算機記錄的電子會計數據（無紙化數據）作為有效的證據，已是壹個國際性的問題。特別地，無紙化的電子會計數據能否作為審計和稅務檢查的有效證據，是會計面臨的亟待解決的問題。就目前的會計電子化實務看，有關法規對企業要求將計算機記錄的原始數據都要打印到紙張上並由責任人簽字，可作為審計和其他法定需要的證據。但這種做法是計算機網絡應用初期的暫時性措施，隨著電子商務的不斷普及，電子數據作為有效的會計證據和法律證據是必然的。聯合國在70年代已由其國際貿易法律委員會開始研究這壹問題，於1996年12月由聯合國通過了下正式的法律範本《電子商務示範法》，明確指出電子數據可作為有效的法律證據，但必須滿足基本條件：
（1）電子數據的生成、存儲和傳遞過程是可靠的；
（2）有關責任人（包括交易業務的對方）已以某種加密數字簽字確認；
（3）執行數據專人管理和確保數據的完整性等。類似這樣的法律的制定是推進我國電子商務開展和計算機網絡化會計的當務之急。
二、電子原始數據的審核和確認
在現有會計電算化環境下，絕大多數會計還保持著傳統的紙張式的憑證審核和手工編制會計記帳憑證，因而，在這種電算化初期情況下會計原始數據的審核仍然可用傳統方法。然而在電子商務流行的情況下，面對“無紙”的會計數據，會計人員特別關心的是怎樣審核和確認存放在計算機系統中（以磁盤或光盤存儲）的數據與業務發生時的原始形式是壹致的。磁盤和光盤的數據可通過適當的計算機工具修改並且可以做到不留任何修改“痕跡”，因此，確保這些電子數據是以原始形式保存下來是無紙信息系統的關鍵。所以，會計要審核壹份企業交易的電子原始數據，就不是簡單地像傳統會計的審閱紙張式原始憑證那樣，而是要考慮到電子原始數據生成的確認，數據存儲的管理控制以及傳遞過程和方法的可靠性。
（壹）電子數數據生成的確認。按傳統的會計審核，原始數據可認定是原本的，壹般以業務發生的時所作的紙張記錄的憑證（如發票、合同和支付轉帳單等）為基本依據，並在壹筆業務的不同種類原始憑證之間作比較核對，同時要確認憑證上的有關責任人簽名的有效性。在紙質的憑證上的簽名證實書面材料，會計人員很容易辨識。但對電子商務中發生交易業務的電子數據審核，除了對壹筆業務的不同數據記錄之間核對外，還要特別關註業務經辦人、批準人、簽約人等人員的電子簽字以保證有關責任人對業務和相應記錄的完整性負責。會計怎樣認證這種的電子簽字的有效性也是壹個不可忽視的問題。電子簽字若是現在大多數會計核算軟件中用那種普通的漢字或字母代碼填寫，就容易產生偽造和舞弊，會計人員就無法辨認這些數據的真偽性。解決簽字有效性的做法是采用加密碼簽字。
（二）交易業務數據的存儲管理和電子數據傳遞過程的可靠性。企業交易（采購和銷售等收支業務）數據壹經確認就不再作修改，它是企業會計信息系統的最基本和最重要的數據。在手工信息處理系統下，壹般把原始憑證用復寫方式產生幾份憑證分發給不同的部門作為業務發生的依據並分別保管；在計算機化環境下，是以業務發生時在不同的門（特別強調在會計部門）同時形成相同的業務數據幾份“原本”，並且形成備份數據，同時幾備份數據和計算機系統內的數據應由不同人員保管，以保持相互牽制和審計線索，防止有人企圖修改已確認的數據。許多電子數據需要通過計算機網絡進行傳輸的，傳輸的數據是否準確和安全，涉及到計算機網絡技術的可靠性和網絡系統的安全管理問題。因此，會計人員也必須想辦法解決會計電子數據安全的問題。
在無紙化的信息系統環境下，電子原始數據審核和確認後，就可利用會計記帳憑證編制的軟件模塊自動生成電子記帳憑證，自動形成後的電子記帳憑證就不讓任何人進行修改，而且可由這些電子記帳憑證或電子原始數據可直接生成帳簿數據和會計報表，這些由電子原始數據直接生成的電子記帳憑證、電子帳簿和電子報表都是派生性的數據。如果所用的軟件的是正確的，會計系統中的派生數據的正確性、真實性和完整性完全取決於電子原始數據。
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