對於電影中的錯誤，鮑鵬山表示最不可原諒的就是，連孔子兒子的名字都寫錯。“孔子的兒子叫孔鯉，電影裏他第壹次出場的時候竟然打成了‘孔鋰’。之所以叫‘鯉’那是因為這個兒子出生的時候魯昭公送了壹條大鯉魚祝賀。我相信電影裏是筆誤，但是這種筆誤簡直是不可原諒的。電影出來總有審片的吧，可是竟然所有主創都沒有看出來，這個太讓人失望了。”
錯誤2 孔子怎會直呼弟子“子路”呢？
如果說孔鯉的名字被打錯可以用“粗心”來解釋的話，另壹個錯誤則讓鮑鵬山對編劇的水平產生了質疑。“《論語》裏面出現子路、子貢是對的，但是電影裏孔子怎麽會直呼自己的弟子‘子路’、‘子貢’呢？稱呼別人的字，這是對同輩的稱呼方法。但是孔子是長輩，喊弟子壹定是直呼其名的。《論語》中孔子稱子路，都是叫他的名字‘由’（子路姓仲名由，字子路或季路）稱子貢也直呼其名曰賜。（子貢姓端木名賜，字子貢。）放在古代，學生被老師直呼字，學生敢應嗎？何況孔子及其弟子是這麽講規矩禮儀的人。這是基本的文化常識啊，編劇怎麽連這點常識都沒有。”
錯誤3 南子沒被謀殺
除此之外，鮑鵬山還指出，片中孔子兩大弟子子路、顏回以及衛國南子的死都不符合歷史的記載。片中，子路是在衛國戰死的，之後顏回在回魯國的路上為了跳入冰水救孔子的書而死。兩人雖然死得都很浪漫，可是鮑鵬山說：“子路和顏回其實都是在孔子回魯國之後死的。而且顏回是病死的，根本沒有電影裏死得那麽悲慘。子路的確死在戰場上，但是時間也不對。”
死得最離譜的是周迅飾演的南子，影片中，在孔子離開衛國時，南子在內亂中被謀殺致死。“歷史上的確衛國的太子蒯聵想要謀殺南子，但是並沒有成功，反而因為意圖謀殺南子未遂而逃出衛國。南子並沒有被謀殺，可是電影裏就這麽把她搞死了，這些基本事實根本沒有必要篡改啊。”
錯誤4 於丹的話成孔子思想？
細數《孔子》片中的硬傷，鮑鵬山幾乎滔滔不絕。有兩處錯誤在他看來也是很嚴重的，就是把本不是孔子的思想強加在了孔子身上。片中，孔子兩次說到“言必信，行必果”，可是根據鮑鵬山多年的研究，這樣的說法，孔子並不贊同。“這句話的確出現在《論語》中，但是孔子自己並不贊成。孔子壹生最反對四個字，壹個‘必’就是其中之壹，這個字把事情推到極端，這並不是孔子所贊成的。”
而片中當孔子被逐出魯國時，弟子顏回“勸說”孔子：“您曾經跟我們講過，如果人不能改變世界，那應該改變自己的內心。”鮑鵬山表示：“這話是於丹說的啊，怎麽變成孔子思想了？這就是得了便宜賣乖嘛，就是要妥協屈服嘛，孔子根本不可能有這樣的思想。”
錯誤5 戰爭大場面太荒謬
鮑鵬山表示，孔門弟子是性格非常鮮明、意氣風發的群體，他們都是文質彬彬的君子，是身通六藝的學問大家。可是，電影《孔子》中，那些圍繞在孔子身邊的學生，不僅面目模糊，令觀眾無法記住，而且壹個個都好像是無個性無生氣的烏合之眾，更不要說儒生的那種“儒雅”之氣了。
“孔子的弟子每個人都很厲害，可是電影裏沒有壹個有比較大的成就，沒有壹個有鮮明的性格，甚至有些人表現的性格跟歷史是反的。比如說顏回，灑脫自由，思慮深刻，境界極高，誌向極大。可是電影裏呢，他卻整天愁眉苦臉的，與《論語》中的，根本不是壹個人。子路是壹個天真勇敢爽直可愛的人，子貢是個出色的外交家和商人，可是電影裏就都是壹介武夫，沒有壹點文化人的氣質。子貢更是連說話的機會都極少——要知道，子貢可是言語科裏第壹名啊。”