孵化是飼養種鴨工作中的壹個重要環節。種蛋的孵化方法有多種，如自然孵化、傳統人工孵化和孵化器孵化等。
（1）自然孵化法 目前多數家鴨已無就巢性（抱窩性），但母番鴨尚有壹定的就巢性。如種蛋數量少，可采用母番鴨自然孵化方法，讓母番鴨自然抱孵，壹只母鴨壹次可孵種蛋20枚左右。少數飼養者先用母鴨抱孵10天，然後送孵坊代孵，這也是壹種較為省事的孵化方法。
（2）傳統的人工孵化方法 我國勞動人民在長期生產實踐中，根據各地不同的自然條件，創造了很多行之有效的人工孵化方法。傳統的人工孵化方法有炕孵法、缸孵法和桶孵法（也稱炒谷孵化法）三大類型。
炕孵法在我國華北、東北、西北地區使用較普遍，孵炕的結構與北方農村生活用炕基本相似，用磚或土坯砌成，炕上設攤床，其大小視房間的大小和種蛋孵化數量多少而定。缸孵法在江蘇、浙江、安徽等地應用較多，孵化用具有孵缸、蛋籮等，孵缸由泥土和稻草制成。桶孵法在華南、西南等地使用比較普遍，由孵桶、網袋、孵谷、爐竈和鍋等設備組成。
廣大孵化實際工作者在這些傳統孵化方法的基礎上，總結經驗，又創造了新的孵化方法，如溫室孵化方法、平箱孵化法、溫水缸孵化法等。這些孵化方法各具有壹定的優點，如設備簡單，能就地取材，所用的能源來源廣泛，成本較低，不用電力，對養鴨事業的發展起到了壹定的作用；但也存在壹些不足之處，如操作比較煩瑣，勞動強度大，種蛋破損率高，孵化率不高等。
（3）機器孵化法 隨著養鴨的集約化程度越來越高，種蛋的孵化量越來越大，應采取電孵化器進行種蛋的孵化。機器孵化法，孵化量大，能自動控制溫度、濕度、翻蛋，操作簡單，勞動強度小，工作效率高，種蛋的孵化率較高，是壹種應倡導的孵化方法。