（壹）貫徹國家有關公路、水路交通行業的發展戰略、方針、政策和法規，並監督執行。
（二）根據福建省國民經濟和社會發展需要，擬訂全省公路和水路交通行業發展戰略及規章制度，提出全省公路和水路交通行業方針、政策和法規，經批準後，負責實施、協調和監督工作。
（三）根據全省的總體布局，組織編制全省公路和水路交通行業發展規劃、中長期和年度計劃，並監督實施。組織、指導開展省重點和大中型交通基礎設施建設項目及中央投資、省投資、省地合資、利用外資建設項目的前期工作和後期評價工作；並對項目審批提出行業初審意見。負責全省交通行業統計管理和信息引導。
（四）管理全省公路、水路交通基礎設施建設市場。負責全省公路、水路交通建設工程招投標管理和工程質量管理。負責公路、水路交通戰備工程的組織實施，組織重點交通工程建設的實施，負責或會同有關部門組織公路、水路建設工程設計審查、竣工驗收。行使全省公路、運輸場站、港口、航道及其設施的建設、養護、管理等行業管理職能。
（五）負責全省公路路政管理工作，行使公路路政的行政管理職能，依法制定公路路政管理規章制度。檢查、指導、協調全省公路兩側建築控制區、超過公路或者公路橋梁限載標準的車輛行駛公路和公路路產的管理工作。
（六）管理全省公路、水路交通運輸市場。行使全省公路、水路客貨運輸（含城市出租汽車客運管理）、搬運裝卸、汽車船舶維修（含汽車綜合性能檢測站）、運輸服務業（含公路營運車輛停發車場）的行業管理職能，維護公路、水路交通行業的平等競爭秩序。負責公路、水路交通運輸組織管理，對重點物資運輸、緊急客貨運輸進行調控。負責公路、水路運輸業引進外資在省內設立辦事機構及涉外運輸的審批管理。引導交通運輸行業優化結構、協調發展。
（七）行使汽車駕駛學校和駕駛員培訓工作的行業管理職能，貫徹國家有關技術標準、教學大綱，負責制定管理規章和總體布局規劃並實施監督檢查。
（八）受省國有資產行政管理部門委托，負責廳屬單位國有資產的管理和保值增值的監督。組織各項交通規費的征收、管理、使用和監督。
（九）負責交通行業安全生產監督管理。負責內河水上安全監督、內河船舶（不含漁業捕撈船舶）及水上設施檢驗和防止船舶汙染、航行保障、救助打撈、通信導航工作。實施船舶代理、外輪理貨、航道疏浚、港口及港航設施建設使用岸線布局的行業管理。行使交通通信行業管理職能。
（十）負責廳機關、廳直屬單位的人事、工資、機構編制管理工作；按規定管理廳直屬單位領導幹部，指導交通行業勞動工資、勞動保護工作；組織指導交通行業人才預測、交流工作；配合從事全省交通行業各工種工人職業技能培訓、鑒定工作。指導交通行業體制改革、企業改革及其管理工作。
（十壹）擬定交通行業科技政策，制定科技發展項目中長期規劃和年度計劃；組織重大科技開發和科技成果推廣，指導交通企業的技術改造和車船更新，推動行業技術進步。負責交通行業的技術和質量監督。制定交通行業教育規劃和人才培訓計劃，指導交通行業職業技術教育以及成人教育。
（十二）指導交通行業的精神文明建設和職工隊伍建設。
（十三）受省政府委托負責多邊和雙邊政府間有關交通方面的涉外工作。指導利用外資工作，管理公路、水路與國際組織有關事宜，開展國際交通經濟技術合作與交流。負責對臺有關交通具體工作。
（十四）承辦省政府交辦的其他事項。