據調查，現在政府機關使用電腦進行文字處理已非常普遍，壹些單位還不同程度地實現了公文運轉電子化管理，對收文辦理、發文辦理的登記、審核、擬辦、運轉等環節進行管理，實現了公文查詢、統計、存儲、流轉的電子化及內部網絡互聯；部分單位對公文數據庫中的公文由標題、來文單位等基本要素和運轉過程管理，擴展為部分公文的全文入庫管理; 壹些部門已經實現特定網絡，如政府專網、專業部門網上的部分公文上報、下發的無紙化傳輸; 少數單位實現全部公文的網絡傳輸和電子化管理。
七大問題之壹：對電子公文的性質和作用認識不足
長期以來，壹些人將公文處理電子化誤認為就是辦公室內的文字處理電腦化，不少領導幹部習慣於傳統的辦公方式，至今不會使用或不願意使用電腦和網絡，認為這是辦事人員的事情，不能從根本上認知信息化、電子化給傳統政府辦公方式帶來的革命性轉變，造成機關辦公自動化、公文電子化鏈路的中斷，使無紙化辦公無法推進。
七大問題之二：系統功能單壹，層次不高
電子公文處理系統就是利用電腦網絡功能，實現從公文的起草、審核、批示、分發及來文登記、歸檔、承辦、傳閱等壹系列綜合性的公文流轉全程管理。在辦公自動化系統中，公文處理是較為復雜的壹個子系統，其復雜度體現在兩個方面：首先公文系統是壹個縱向、橫向交錯的綜合結構的系統，從縱向看，公文系統被多級組織***同使用，從橫向看，公文系統被同級的多個職能部門***同使用，不同組織級別的公文系統具有不同特點; 其次公文處理流程具有多樣化特性，壹般來說，不同組織級別的公文處理流程不同，由於受到多方面因素的影響而變得復雜多樣。
總之，目前電子公文處理系統設計方案還沒有完全走出傳統公文處理思維方式，在公文流程上壹味用電腦軟件去模仿傳統的手工處理模式，不重視軟件的開發和辦文業務流程的再造和整合。
七大問題之三：安全隱患不容忽視，保密觀念還需加強
電子公文的出現，使秘密的載體發生了革命性變化，信息傳播從“有形”走向“無形”，容易使人產生思想上的麻痹。過去的“鎖好櫃”、“關好門”、“看好人”的保密措施已難以適應時代的需要。壹些機關、單位對紙質公文的保密很重視，而對儲存在軟硬盤上的電子公文則隨意處置，更談不上進行保密管理。另壹方面，電子公文在網絡環境中傳播和存儲，極易受到黑客攻擊，造成公文失密、信息被盜、被刪除或被改寫等嚴重後果，對電子公文安全性的擔憂，在很大程度上遏制了公文處理電子化的推廣。
七大問題之五：規劃滯後，標準不統壹
目前與公文有關的國家標準或辦法主要有《國家行政機關公文格式》(GB/T 9704-1999)和《國家行政機關公文處理辦法》，都是針對紙質公文制定的，雖然對電子公文也有所考慮，但這方面的規範還十分簡單和粗疏，無法適應公文處理電子化的需要。壹些機關、單位在管理電子公文、設計公文處理軟件時，往往各行其是，自成系統，采用的標準也各不相同，造成新的重復建設，資源不能***享，給今後電子公文傳輸和系統整合留下了難題。
七大問題之六：復合型人才缺乏，公務員知識結構亟待改善
實施公文處理電子化，需要既熟悉公文處理業務，又掌握現代信息技術的復合型人才。電子公文處理系統將公文的制發、審簽、運轉、傳輸等各個環節電子化、網絡化，這就要求各環節、各部位人員，包括審核、簽發文稿的領導同誌，都能夠掌握電腦操作技能。現有機關工作人員大多限於知識儲備的不足，對較復雜的電腦應用和信息系統的管理難以適應。
七大問題之七：電子公文立法空白，效力難以認定
目前我國電子公文尚不具備與紙質公文同等的法定效力，這已經成為無紙化辦公和電子政務發展的瓶頸。政府公文的電子簽名、電子簽章、電子指紋等從技術上講，已經不成問題，但其法律地位還沒有確認; 從網絡上下載的公文，權威性不強、可信度不高，尤其是作為法律、法規、政策依據提供使用時，效力難以認定; 另外，如果僅僅是電子公文，在歸檔時也不被認可。這些問題如果遲遲不解決，電子公文將繼續停留在現有的水平，難以有根本性突破，電子公文與紙質公文“雙軌”運行，無紙化運行就難以實現。