細菌耐藥機制包括以下幾種：①細菌產生抗菌藥物滅活酶或鈍化酶如?-內酰氨酶，氨基糖甙類鈍化酶等，是細菌耐藥最重要的機制；②細菌細胞壁或細胞膜抗菌藥物滲透障礙；③抗菌藥物作用靶位發生改變，如喹諾酮類藥物作用的DNA旋轉酶發生變化，與喹諾酮類藥物親和力明顯降低。細菌的二氫葉酸還原酶和二氫葉酸合成酶發生改變。或青黴素結合蛋白發生變化，產生新的青黴素結合蛋白，與?-內酰胺類結合能力顯著降低等；④細菌細胞膜將抗菌藥物排出細菌，如大腸桿菌將四環素排出細菌；⑤細菌代謝途徑發生變化，如細菌對氨基苯甲酸產量增加，對磺胺藥耐藥。此外，細菌結構的改變如細胞壁的丟失，對作用於細胞壁的藥物失去作用等。細菌耐藥性的產生與抗菌藥物的使用，尤其是抗菌藥物的過度使用和錯誤使用是分不開的。