1、制作工藝不同：納豆由黃豆通過納豆菌發酵制成豆制品，保有黃豆的營養價值、富含維生素K2、提高蛋白質的消化吸收率。臭豆子是把黃豆洗凈放進鍋裏，大火燒後再用文火慢煮，放進口中即化為宜，撈出裝進口袋紮緊，放進稻草或麥稭捂上三至四天後拿出，把黃豆倒進容器裏，放上食鹽和碾碎了的紅辣椒粉和蘿蔔片、細姜絲，進行攪拌調制作。
2、味道不同：納豆具有黏性，氣味較臭，味道微甜。臭豆子鹹、辣、香。