托法治肛瘺。是用補益氣血的藥物，扶助正氣，托毒外泄，以免毒邪內陷。此法適用於肛周膿腫中期，正氣虛弱，毒邪偏盛，不能托毒外透，肛周癰疽外形平塌，根腳散漫，難潰難腐的虛證。如毒氣盛而正氣未衰者，可用透膿的藥物，促其早日泄出膿毒，腫消痛減，以免膿毒旁竄，造成後患。
消法治肛瘺。主要是用消散的藥物，使初起的肛周癰疽和炎性外痔等得到消散，免受潰膿和切開之苦。此法適用於沒有成膿的肛周癰疽、炎性外痔、血栓外痔和肛裂等病。但具體用法是極其靈活的，因為各種疾病的病因不同，病的性質也各不相同，所以，治療方法也必須因病而異。如有表邪者宜解表，裏實者宜通裏，熱毒蘊結者應清熱解毒，寒邪凝結者應溫通，氣滯者要行氣，血瘀者要活血化瘀等。同時，還需根據病人體質的強弱，癰疽所屬的不同經絡，靈活施治。
補法治肛瘺。主要是用補益的藥物，恢復正氣，助養患處新生，使瘡口、瘺口早日愈合。此法適用於老年體虛，氣血虛弱，潰瘍後期，或肛腸疾病術後，熱毒已去，病竈巳除，而精神衰疲，元氣虛弱，膿水清稀，瘡口難斂者，以及便血和脫垂等病人。凡氣血虛弱者，宜補養氣血，凡脾胃虛弱者，宜理脾和胃，凡肝腎不足者，宜補養肝腎等。但在毒邪未盡的時候，切勿早用補法，以免病邪內蘊，久而為患。
同時，肛瘺的發生與濕熱有密切關系，所以油膩生濕熱的食物應有所節制，同時要戒除煙酒及嗜茶的習慣。應多食清淡並含有豐富維生素的食物，如冬瓜、絲瓜、綠豆、蘿蔔等。
經久不愈的肛瘺多屬虛型，飲食上應食含有豐富蛋白質類等食品，如瘦肉、牛肉、蘑菇、大棗、芝麻。另外，虛證防治食物還有木耳、山藥、香菜、韭菜、茄子、芡實、菱、藕、茴香、荔枝、雞、羊肉、無花果等。
肛瘺治療秘方：
1、食療法：綠豆薏仁粥：綠豆20克，薏苡仁20克，粳米50克。綠豆、薏苡仁分別洗凈，置鍋中，加清水500毫升，加粳米，急火煮開5分鐘，改文火煮30分鐘，成粥，趁熱食用。可清熱利濕，主治肛瘺屬實證、大便幹結等病癥。
2、小偏方：菊花6克、白糖6克、綠茶葉3克，放入茶杯開水沖沏，略悶片刻，淡香清雅，可清熱解毒，利血脈，除濕痹，減輕肛瘺腫痛。
除了這些，肛瘺還有壹些簡單小方法，像坐浴法等，但肛瘺不具備自愈的特點，而且只有手術才能徹底治療，其他只是輔助治療的方法，所以肛瘺要盡早手術治療。