使用孔雀綠是因為芽孢非常不容易被染色，染色後又很難脫色。所以就用著色力強並具有弱堿性的孔雀綠在加熱條件下染色，使芽孢和菌體同時染色，再用水洗，就可以將菌體中的孔雀綠洗出，而芽孢中的孔雀綠由於與芽孢吸附較強，不能被洗出，從而在顯微鏡下為綠色