①習慣(_xi2 guan4)命名法
多年來普遍使用的酶的習慣名稱是根據以下三種原則來命名的：壹是根據酶作用的性質,例如水解酶、氧化酶、轉移酶等；二是根據作用的底物並兼顧作用的性質,例如澱粉酶、脂肪酶和蛋白酶等；三是拮合以上兩種情況並根據酶的來源而命名,例如胃蛋白酶、胰蛋白酶等.
習慣命名法壹般采用底物加反應類型而命名,如蛋白水解酶、乳酸脫氫酶、磷酸己糖異構酶等.對水解酶類,只要底物名稱即可,如蔗糖酶、膽堿酯酶、蛋白酶等.有時在底物名稱前冠以酶的來源,如血清谷氨酸－丙酮酸轉氨酶、拓液澱粉酶等. 習慣命名法簡單,應用歷史長,但缺乏系統性,有時出現曰酶數名或壹名數酶的現象.
②系統命名法
鑒於新酶的不斷發現和過去文獻中對酶命名的混亂,國際酶學委員會規定了壹套系統的命名法,使壹種酶只有壹種名稱.系統命名法以4個阿拉伯數字來代表壹種酶.例如α-澱粉酶（習慣命名）的系統命名為α - l4 - 葡萄糖-4葡萄糖水解酶,標示為：EC 3.2.1.1.EC代表國際酶學委員會,其中的第壹個數字分別代表酶的大類,以1,2,3,4,5,6來分別代表,1為氧化還原酶類,3為水解酶類,其余(wei4 shui3 jie3 mei2 lei4 _qi2 yu2)類推.（見酶的分類）.第二個數字為酶的亞類,酶的每壹大類下有若幹個亞類：如在氧化還原酶中的亞類按供電子體的基團分類,如以CH-OH為電子供體標為1,醛基為電子供體標為2,余類推；轉移酶中以轉移的基團為亞類；水解酶中以水解鍵連接的形式為亞類；裂肉酶中以裂肉鍵的形式為亞類；亞類壹般較多,達數十個.標示中的第三個數字是屬酶的次亞類,是在亞類的基礎上再細分的類型,該次亞類中,氧化還原酶按電子受體基團分類,如都以CH-OH為電子供體的反應,可以有不同的電子受體,如以NAD+或NADP+為受體標為1,余類推；轉移酶的次亞類也按接受基團分類,如以-OH接受轉移基團,該次亞類標為1.總之,酶的系統名稱中前三個數字表示酶作用的方式.第四個數字則表示對相同作用的酶的流水編號
又如對催化下列反應酶的命名.(you4 ru2 dui4 cui1 hua4 xia4 lie4 fan3 ying1 mei2 de0 ming4 ming2 _)
ATP+D—葡萄糖→ADP+D—葡萄糖-6-磷酸
該酶的正式系統命名是：ATP：葡萄糖磷酸轉移酶,表示該酶催化從ATP中轉移壹個磷酸到葡萄糖分子上的反應.它系統命名是：E.C.2.7.1.1,第1個數字“2”代表酶的分類名稱(轉移酶類),第2個數字“7”代表亞類(轉移磷酸基),第3個數字“1”代表次亞類(以羥基作為受體的磷酸轉移酶類),第4個數字“1”代表該酶在次亞類中第?號(D-葡萄糖作為磷酸基的受體). 健康名言：身體在健康在很大程度上取決於精神的健康（約翰·格雷） 7.2.4.2 核酶的分類自1982年以來,被發現的核酸類酶磷酸轉移酶類),第4個數字“1”代表該酶在次亞類中第?號(D-葡萄糖作為磷酸基的受體).
核酶的分類
自1982年以來,被發現的核酸類酶（R-酶）越來越多,對它的研究也越來越深入和普遍.但是由於歷史不長,對於其分類和命名還沒有統壹的原則和規定.但根據酶催化反應的類型,區分為分子內催化R-酶和分子間催化R-酶,根據作用方(mei _gen ju zuo yong fang)式將R-酶分為3類：剪切酶、剪接酶和多功能酶.現將R-酶的初步分類簡介如下：
（1）分子內催化R-酶 分子內催化的R-酶是指催化本身RNA分子進行反應的壹類核酸類酶.這類酶是最早發現的R-酶.該大類酶均為RNA前體.由於這類酶是催化本身RNA分子反應,所以冠以“自我”（self）根據酶所(gen1 ju4 mei2 suo3)催化的反應類型,可以將該大類酶分為自我剪切和自我剪接兩個亞類.
①自我剪切酶（self-cleavage ribozyme） 自我剪切酶是指催化本身RNA進行剪切反應(jin xing jian qie fan ying)的R-酶.具有自我剪切功能的R-酶是RNA的前體.它可以在壹定條件下催化本身RNA進行剪切反應,使RNA前體生成成熟的RNA分子和另壹個RNA片段.②自我剪接酶（self-splicing ribozyme） 自我剪接酶是在壹定條件下催化本身RNA分子同時進行剪切和連接反應的R-酶.自我剪接酶都是RNA前體.它可以同時(qian ti _ta ke yi tong shi)催化RNA前體本身的剪切和連接兩種類型的反應.根據其拮構特點和催化特性的不同,該亞類分為兩個小類,即含Ⅰ型間隔序列（intervening sequence IVS）的R-酶和含Ⅱ型 IVS的R-酶.（2）分子間催化R-酶 分子間催化R-酶是催化其他分子進行反應的核酸類酶.根據所作用的底物分子的不同,可以分為若幹亞類.①作用於其他RNA分子的R-酶 該亞類的酶可催化其他RNA分子進行反應.根據反應的類型不同,可以分為若幹小類,如RNA剪切酶、多功能R-酶等.②多功能R-酶 多功能R-酶是指能夠催化其他RNA分子進行多種反應的核酸類酶. 例如,1986年,切克等人發現四膜蟲26 S RNA前體通過自我剪接作用,切下的間隔序列（IVS）經過自身環化作用,最後得到壹個在其5′-末端失去19個核苷酸的線狀RNA分子,稱為L-19 IVS.它是壹種多功能R-酶,能夠催化其他RNA分子進行多種類型的反應③作用於DNA的R-酶 該亞類的酶是催化DNA分子進行反應的R-酶.1990年,發現核酸類酶除了以RNA為底物外,有些R-酶還可以DNA為底物,在壹定條件下催化DNA分子進行剪切反應.據目前所知的資料,該亞類R-酶只有DNA剪切酶壹個小類.④作用於多糖的R-酶 該亞類的酶是能夠催化多糖分子進行反應的核酸類酶.兔肌14-A-D-葡聚糖分支酶 [EC 2. 4.1.18]是壹種催化直鏈葡聚糖轉化為支鏈葡聚糖的糖鏈轉移酶,分子中含有蛋白質和RNA.其RNA組分由31個核苷酸組成,單獨具有分支酶的催化功能,即該RNA可以催化糖鏈的剪切和連接反應,屬於多糖剪接酶.⑤作用於氨基酸酯的R-酶 1992年,發現了以催化氨基酸酯為底物的核酸類酶.該酶同時具有氨基酸酯的剪切作用、氨酰基-tRNA的連接作用和多肽的剪接作用等功能.由於蛋白類酶和核酸類酶的組成和拮構不同,命名和分類原則有所區別.為了便於區分兩大類別的酶,有時催化的反應相同,在蛋白類酶和核酸類酶中的命名卻有所不同.例如,催化大分子水解生成較小分子的酶,在核酸類由於蛋白類酶和核酸類酶的組成和拮構不同,命名和分類原則有所區別.為了便於區分兩大類別的酶,有時催化的反應相同,在蛋白類酶和核酸類酶中的命名卻有所不同.例如,催化大分子水解生成較小分子的酶,在核酸類酶中的稱為剪切酶,在蛋白類酶中則稱為水解酶；在核酸類酶中的剪接酶,與蛋白類酶中的轉移酶亦催化相似的反應等.