將目的菌進行革蘭染色，若為革蘭陰性桿菌，再作氧化酶和葡萄糖氧化發酵(O/F)試驗，如氧化酶陰性，葡萄糖為發酵型則可認為是腸桿菌科細菌。進而根據葡萄糖酸鹽和苯丙氨酸脫氨酶試驗將腸桿菌科細菌分為三大類，再根據細菌在選擇性培養基上的顏色和形態、克氏雙糖培養基上的反應，動力、吲哚、脲酶試驗(MIU)，IMViC試驗結果，綜合分析鑒定到種。在腸桿菌科細菌中，EPEC、誌賀菌、沙門菌除生化反應鑒定符合外，還須進行血清學試驗將其鑒定到群、型。例如某菌，在麥康凱(MAC)平板和SS平板上生長為紅色菌落，血平板上為灰色濕潤中等偏大的菌落，革蘭染色陰性，KIA上：斜面與底層均產酸產氣，H2S(-)，MIU上為(++-)，IMViC為(++--)，通過以上生化反應可鑒定為大腸埃希菌。此菌來源於8個月齡的嬰兒腹瀉糞便，故將MAC上紅色菌落與EPEC抗血清作凝集試驗，結果與EPEC多價抗血清凝集陽性，再做H抗原測定，鑒定結果為EPECO119:H6，此時可發出最終鑒定報告。