1、監督職能。內部審計部門是企業內部壹種獨立的經濟監督主體，其基本職能就是經濟監督。監督職能是指以財經法規和制度規定為評價依據，對被審計對象的財務收支和其它經濟活動進行檢查和評價，衡量和確定其會計資料是否正確、真實，反映的財務收支和經濟活動是否合法、合規、合理和有效，有無違法違紀和浪費行為，從而督促被審計對象遵守財經紀律，改進經營管理水平，提高經濟效益。使企業自身的經營活動與國民經濟和社會發展協調壹致，從而實現自我完善和自我約束。
2、評價職能。所謂評價職能，就是通過履行審核檢查程序，評價被審計對象的計劃、預算、決策、實施方案是否先進可行，經濟活動是否按照既定的決策程序和目標進行，經濟效益的好壞以及內部控制制度是否健全和有效等，從而有針對性地提出意見和建議，促進企業改善經營管理，提高經濟效益。
3、控制職能。內部審計人作為企業內部控制系統中壹個重要組成部分，是企業內部控制的再控制，因其受企業主要負責人的直接領導，能夠站在企業發展的全局來分析和考慮問題，對企業的生產經營活動實行有效控制可以提供直接的技術支持，並檢查控制程度和效果，提出控制中存在的不足和問題，實現控制系統的最終目標。
4、咨詢職能。內部審計機構有義務和責任對企業的各項經營活動提供政策咨詢服務，將自身特有的專業優勢融入到企業經營管理的各個方面，在工作中發現問題，對制度、管理和經營控制等方面有針對性地提供咨詢服務，預防出現大的經營波動和管理漏洞。同時，還可以開展壹些包括顧問、建議、協調、流程設計和培訓等工作，為企業各管理層提供紮紮實實的服務。
國際新流行的說法是以企業增值為目標。國際內部審計師協會制定的《內部審計實務標準》(2001年修訂本,以下簡稱《標準》)對內部審計作了新的定義:“內部審計是壹種獨立、客觀的保證工作與咨詢活動,它的目的是為機構增加價值並提高機構的運作效率。它采取系統化、規範化的方法來對風險管理、控制及治理程序進行評價,提高它們的效率,從而幫助實現機構目標。”