1、汙染問題。
早些年，食品容易在添加劑和農藥殘留方面出現問題，但隨著我國對食品添加劑和農藥使用監督控制等的監管力度不斷加強，食品中這類有害化學物質的汙染率不斷下降。但是，由於生態破壞和環境汙染、食品流通的日益廣泛、細菌耐藥性的加強等問題的出現，使食品原材料受到毒素汙染的可能性越來越大。壹方面傳統的食品汙染問題繼續存在，如細菌毒素隱藏潛伏、農藥汙染和寄生蟲汙染；另壹方面發達國家出現的壹系列新的食品汙染問題在我國同樣突出，如大腸埃希菌已在國內多個省發生了嚴重的爆發流行、福島核電站泄漏的輻射粒子存在出口到我國的蔬菜、奶粉中等。
2、食品制售過程中存在的問題。
壹些不法分子違法使用食品添加劑和非食品原料生產加工食品，例如：最近壹段時間影響廣泛的地溝油，上海大型超市出現的染色饅頭，毒大米，毒豆芽等。另壹方面，我國現有食品行業整體素質仍處於較低水平，衛生保證能力差的手工作坊及家庭加工方式在食品加工中仍占據壹定的比例，很多從業人員未經健康體檢，食品來源也不是通過正規渠道獲得，加工環境和加工過程也得不到衛生保障，存在很大很多的安全風險。眾多的食品經營單位小而混亂，有些企業在食品收購、儲藏和運輸過程中，過量使用防腐劑、保鮮劑。還有部分經營者銷售假冒偽劣食品、過期變質食品。還有的是在小地方的鄉鎮及校園周邊兜售“三無”食品、假冒偽劣食品，嚴重危害城鄉居民和未成年人的身體健康。
3、檢測水平低，跟不上時代的需要。
我國食品安全檢驗檢測機構分布在多個政府部門，多部門從事同壹種管理，切入點和管理手段基本相仿，使本來就很稀缺的資源更加捉襟見肘，影響了食品安全的監督力度和震懾威力。在國外，新的快速、靈敏的檢測手段，如基因探針、多聚酶鏈反應等分子生物學技術已應用於食源性病原體檢驗，但在我國卻主要用於研究單位，而沒有真正的用於實處。
4、食品安全保障隊伍素質有待提高。
食品生產、經營與管理機構中懂得食品安全專業知識的技術人員極其匱乏，食品生產部門、各類農貿市場、食品市場的管理機構中既懂宏觀管理又懂得專業知識、能為消費者把好食品安全衛生關的技術人員也極其匱乏。社會對食品安全專業的人才需求是很大的，但高校的相關專業卻已經萎縮和消亡，缺乏高素質的食品安全研究和檢驗檢測隊伍，科技成果和技術儲備嚴重不足。鑒於此，無法對與食品安全技術有關的法規、標準的制定提供科學依據，缺乏監測網絡和實驗室分析手段，這樣下去，只會令食品安全問題發展的越來越嚴重，到最後很可能進入壹發不可收拾的地步。