植物色素包括脂溶性葉綠體色素和水溶性細胞液色素。前者存在於葉綠體中，與光合作用有關，如葉綠素。後者存在於液泡中，尤其與花的顏色有關，如花青素，是黃酮類物質。了解它們的性質有助於了解它們的生理功能。
水溶性顏料
水溶性色素主要是花青素，也稱花色素苷，常見於花中。溶於水和乙醇，不溶於乙醚、氯仿等有機溶劑，遇醋酸鉛試劑會沈澱，可被活性炭吸附，顏色隨pH不同而變化，花色苷在制備中草藥制劑或提取有效成分時常作為雜質除去。