南宋紹興年間，侍郎史正誌因反對張浚北伐而被劾罷官，南宋淳熙初年（1174年-1189年）退居姑蘇時築園，因府中列書42廚，藏書萬卷，故名“萬卷堂”，對門造花圃，名為漁隱，植牡丹五百株。宅售與常州丁姓，僅得壹萬五千緡。後被占為百萬倉糴場。
清乾隆時（公元1765年前後）曾官光祿寺少卿的長洲宋宗元在萬卷堂故址重治別業，作歸老計（壹說為奉母養親之所），初名“網師小築”，後名“網師園”，內有十二景，沈德潛作《網師園圖記》。乾隆二十三年，彭啟豐來園參加元宵張燈宴樂並賦詩。
宗元死後園大半傾圮，至乾隆末年（公元1795年）太倉富商瞿遠村（壹說瞿遠春）購得，瞿增建亭宇，疊石種樹，半易網師舊觀，有梅花鐵石山房、小山叢桂軒、月到風來亭、竹外壹枝軒、雲岡諸勝。由於瞿遠春的巧為運思，使網師園“地只數畝，而有紆回不盡之致；居雖近廛，而有雲水相忘之樂。”園仍舊名，人又稱瞿園、蘧園，園布局即奠定於此時，至今尚總體保持著瞿氏當年造園的結構與風格。乾隆六十年，錢大昕作記。當時園中盛植牡丹芍藥，嘉慶時範來宗有“看花車馬聲如沸”之句。但瞿氏有園不過三十年，即轉歸天都吳氏（童寯《江南園林誌》謂系吳嘉道）。
同治初年為江蘇按察使李鴻裔（四川中江人）所有，七年，李辭官徙居園中，因在蘇舜欽始建的宋代名園滄浪亭之東，李氏自稱蘇鄰，名園為蘇東鄰或蘇鄰小築。李能詩畫，積書數萬卷，兼蓄金石碑版、書法名畫。
光緒三十三年（1907年）園歸退居蘇州的清光緒朝將軍達桂（長白人），再加修葺，乃復舊觀。民國元年，已有馮姓居此。
民國六年（1917年），軍閥張作霖以30萬兩銀子從達桂手中購得此園，作為禮物贈予其師，前清奉天將軍張錫鑾作慶壽大禮，易名“逸園”。張為錢塘人，晚清任奉天將軍時招撫張作霖，且能詩，但未至此園。時有蘿月亭、荷花池、殿春簃諸勝，尤以十二生肖疊石形象為別處罕見。
民國二十壹年（公元1932年）淞滬抗戰，暨南大學附中部遷蘇，部主任曹聚仁居此園。同年，張善孖張大千兄弟因與錫鑾子師黃友善，借寓於此，與葉恭綽同住壹園近4年。善孖養幼虎壹只，常以虎姿入畫。園景幽雅嫻靜，但聞翠竹搖動，流鶯酬答。抗日戰爭爆發前，張氏兄弟先後離去，園主家境中落，仍賃與他人。
民國二十九年（公元1940年），文物收藏家何亞農（日本陸軍士官學校畢業，收藏文物書畫甚富）購得此園，費時3年，對此進行全面整修，悉從舊規，並充實古玩書畫。復用“網師園”舊名。何氏壹家另在南園有住宅，此園平時閉門不納遊人。
民國三十五年（公元1946年），何病故，園由妻王季珊繼承。1950年王暴卒，其子女何怡貞、何澤明等將園獻交國家。
1957年左右曾駐軍。1958年部隊撤離，蘇州醫學院附屬醫院占用大部，曾擬毀園辦廠。同年，國家文物局、同濟大學陳從周與市園林管理處同來調查，力主修復。4月，歸園林管理處接管，遷出醫院與8戶居民，撥款4萬元搶修。10月動工重修月到風來亭，新建梯雲室及該處庭院，以墻分隔西部內院，增辟涵碧泉、冷泉亭等，配置家具陳設。東鄰圓通寺法乳堂也歸該園使用。
1959年9月開放遊覽。“文化大革命”初，園被易名友誼公園並壹度關閉，家具陳設、匾額對聯遭受破壞，1974年稍經修理後重又開放並復舊名。1981年將法乳堂及庭院擴建為“雲窟”。
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