藥師珠多為扁豆形珠子，珠子中間有壹條白色條紋。藥師珠是絲綢包裹的瑪瑙，也稱為圓珠。每顆藥師珠的紋路都是自然形成的，顯著的特點是在黑色的珠子中間纏繞壹條白線，或者接近這個特點的叫“藥師珠”。
藥師珠曾經是吉祥物，有交易珠子和辟邪的功能。因其形狀圓潤，非常適合作為念珠使用，尤其是佛教弟子用藥師珠修煉藥師法，可以達到身心合壹、吉祥如意、心滿意足的效果。