1073年(北宋熙寧六年)，吐蕃貴族坤氏後裔坤公卻傑布(1034-1102)發現本博山南側的土壤潔白發亮，呈瑞士外觀，即投資修建了壹座寺廟，後被稱為“從此，薩迦派逐漸形成。薩迦寺用象征文殊菩薩的紅色、象征觀音菩薩的白色、象征金剛乘菩薩的青色來粉刷寺院墻壁，所以薩迦派也就是俗稱的“花教”。
薩迦派采取兩種繼承方式:血統繼承和法定繼承。貢覺傑布死後，他的兒子貢嘎寧布(1092-1158)主持薩迦寺。貢嘎寧布廣博的學識使薩迦派的教法更加完備，因此被尊稱為“薩迦”(薩迦派大師)，成為薩迦派的始祖。貢嘎寧布的次子索娜姆·墨子是佐賀的第二祖先。三子紮巴堅贊主持薩迦寺57年，是薩迦派的第三位祖師。薩班貢嘎堅贊(1182-1251年)，四子別欽沃布的長子，簡稱“薩班”或“薩迦派的潘迪塔”，是薩迦派的第四祖。
薩迦寺共有40多個建築單元，規模宏大。1073年(北宋熙寧六年)，貢覺節布初建“薩迦闊布”，即薩迦北寺的前身。當時的北寺規模很小，結構也很簡單。貢嘎寧坡為薩迦寺北寺的建設做出了重要貢獻，並建立了“拉張夏”作為修持佛法的場所。後來，建造了“古戎”建築群，包括壹座法堂、壹座雕像館和壹座圖書館。薩迦北寺的主體建築“簡自豪馬寧”殿，也是貢嘎寧布創建的。它被其子索娜姆·墨子、紮巴·堅贊等人擴建，後來又增加了金頂。
元代，在大殿西側建有壹座八柱配殿，俗稱“簡自豪薩馬殿”。後來，薩迦法王相繼擴建了山坡上的薩迦寺北寺，增加了許多建築，形成了蜿蜒重疊的薩迦寺北寺建築群。
14世紀以後，由於宗教活動中心逐漸轉移到薩迦寺南寺，北寺沒有大規模的修建。
許多建築在1950年代倒塌，在1960年代遭到破壞，大部分建築只是壹片廢墟，只有宮康女、拉章峽、仁欽崗等少數建築在20世紀末至20世紀初得到修復。薩迦寺南寺經過多次擴建和修繕，形成了壹個平面呈方形，四周高墻環繞的宏偉建築群，總面積14760平方米。薩迦寺南寺墻內最早的建築是拉康秦漠(大佛殿)。
1961年，薩迦寺被中國人民和國務院確定為第壹批全國重點文物保護單位。文革期間，薩迦寺遭到嚴重破壞，薩迦北寺壹片廢墟。改革開放後，薩迦寺逐漸恢復。265438+20世紀初，國家將薩迦寺、布達拉宮、羅布林卡列為西藏自治區“三大重點文物保護維修工程”，成立薩迦寺文物保護維修工程指揮部，負責維修工程的全面工作。
2005年至2007年，陜西省考古研究所與西藏文物保護研究所合作，對薩迦北寺遺址進行了全面考古調查和局部發掘保護。