泉州是中世紀著名的世界貿易港。但自明清始，泉州便逐步沒落，昔日頻繁興盛的海港面貌不再復見。泉州港為何會由盛轉衰呢？
1.排外風潮，元朝末年，泉州發生叛亂，當地的色目人互相攻殺，波及福建省的大部分地區。直至至正二十六年，這埸色目武裝集團的叛亂才被平定。這場戰亂，使泉州的社會經濟更遭受到嚴重破壞。泉州港跟亞非國家的貿易活動亦無法進行。
戰亂中，本土居民對地位日高的外來者十分不滿，故此又發生了排外風潮，許多外國商賈紛紛航海離去。這埸戰亂使泉州海外交通遭到嚴重破壞，它直接導致泉州港的衰落。
2. 市舶司南遷。泉州市舶司遷移亦跟泉州港的衰落有著密切關系。宋元時期，統治階級重視海外貿易，泉州市舶司員的認真執行對外開放政策，積極招徠外商來華通商，加強對出入港船舶和外商的管理。因此，市舶司促進了泉州港的發展，使它成為全國最大的貿易港繼而成為世界最大的貿易港之壹。
明代時市舶司隸於布政司。福建布政司設於福州，主管市舶司的官員常往福州，由於琉球貢使到福州比泉州更為方便。又因為琉球辦理朝貢和貿易的多數是福州人，乘朝貢之機，回鄉探親訪友。所以到了明成化八年，福建市舶司從泉州遷往福州，市舶司的設立，見證了泉州港的繁榮昌盛，而它的遷移則標誌著泉州港的衰落。
3.倭寇為患。明代初年，由於東南沿海倭寇、海盜為患，明太祖壹方面為維持治安，壹方面想改變元代的重商政策、恢復為傳統的重農政策，實施了海禁。至清初，清政府從經濟上封銷鄭成功，下令「遷界」，強迫沿海居民內遷，規定「片板不許下水，粒米不許越疆。」
明朝海禁，泉州港衰落。整個明朝，泉州港的作用僅只體現在鄭和下西洋朝貢性質的航海過程中提供專業人員和海船補給上，以及維系與琉球的部分朝貢。這時期，海禁使民間海外貿易被逼成走私，因為官府控制不力，加上地方商軍官三者為了牟利形成壹定的聯合勢力，使私商貿易有足夠的生存空間成長土壤。盡管宋元的市舶官商制度已為民間私營商業所替代，但民間商業的海上開拓力量已大大下降。面對沿海商民依托地理優勢進行頻繁的走私活動，明朝政府試圖通過掌握某些港口來控制化解其他走私港口的非法貿易，其中的漳州月港便在官府有限度的幾次開禁張弛中興起做大，成為東南沿海第壹大私商大港。月港時代，大帆船不停往來於中國與菲律賓之間，貿易不斷。西班牙從墨西哥運到菲律賓的白銀經由中國海商源源不斷地流向中國，而中國商品、移民則流向菲律賓，華商網絡和華商社會開始形成。
明清實行上述政策，破壞了泉州的社會經濟和海外交通。所謂「靠山吃山，靠海吃海」，海上貿易是泉州人生活所依。可是，到明清時，這個國際性貿易大港卻變成私商貿易港，可見海禁政策對泉州港產生的負面的影響。
到了十五世紀，歐洲的葡萄牙、西班牙、荷蘭、意大利等國，先後發展成為殖民主義國家。他們的東侵，使東西海上貿易受到幹擾，阻礙了泉州的海外交通發展，加上倭寇對泉州地區的騷擾及破壞，泉州港遂逐步走向衰落的道路。
鴉片戰爭後，中國海權喪失，淪為西方列強的半殖民地，沿海口岸被迫開放，成為西方傾銷商品的市場，掠奪中國資源和壟斷中國絲、瓷、茶等商品的出口貿易。從此，海上絲路壹蹶不振，進入了衰落期。這種狀況壹直延續了整個民國時期，直至新中國成立前夕。
4.地理的變遷。泉州港衰落的另壹個不可忽視的原因就是地理的變遷。由於晉江流域植被的破壞，水土流失嚴重，大量泥沙流到下流出海口，不斷淤積。泉州港是快沈積區，每年平均沈積度為四點六毫米，使泉州港失去作為優良港口的天然條件。