他在說明經濟規律時，把生產規律與分配規律區分了開來。認為生產規律是永恒的自然規律，是不依社會制度的改變而改變的。而分配規律則完全不同，財富的分配完全是人類的制度問題。
約翰·穆勒在綜合各派經濟學的基礎上，特別總結了政治經濟學的研究方法。他的《政治經濟學原理》、《邏輯體系》和《政治經濟學定義》在西方經濟學方法論發展史上具有重要的意義：
（1）他發揮西尼爾“純經濟學”的原則中以最少犧牲獲取最大利益的思想，提出“經濟人”的概念。
（2）他根據“經濟人”概念，認為政治經濟學實質上是壹門抽象的科學，它所采用的方法是演繹法。
（3）他提出了趨勢法則的概念，即由於幹擾因素的影響，或由於經濟理論本身的不夠完善，所做的判斷和預測往往達不到預期的精確性，而只能按照預測和判斷的方向指出壹個趨勢。
約翰·穆勒在李嘉圖的分類基礎上，把商品分為三類:（1）數量有限，供給不能任意增加的商品，如古畫、古玩等，它們的價值取決於供求。（2）供給數量可以無限增加，其單位生產費用不會提高的商品，如工業品。他認為，這類商品的價值由生產成本決定，生產成本的主要因素或幾乎可以說是惟壹的因素是勞動。所以，商品的生產成本對於它的生產者來說，就是該商品在生產中所耗費的勞動。（3）供給數量可以增加，但其單位生產費用會隨之提高的商品，如農產品。其價值取決於最不利條件下的生產費用。
約翰·穆勒在說明需求和供給決定市場價值時，也分析了供求均衡問題。他認為，和購買力相結合的想要占有的願望稱為有效需求，而價格決定於有效需求與供給的比率。需求的數量不是固定不變的，而是依價值的大小而變動的。當需求大於供給時，競爭會在買方發生，使價格上漲，只有需求等於供給，雙方達到均衡，才能使價格停止上漲。
約翰·穆勒贊同李嘉圖的自由貿易和比較成本學說，並在此基礎上提出了國際價值和國際價值規律的觀點。他認為，在自由競爭制度下，壹個國家的商品同另壹個國家的商品相互交換的價值，不像國內商品的價值那樣決定於生產費用，而是由為支付進口而出口商品的生產費用來決定，即這個國家的出口總額恰好等於支付進口總額所需的價值。
他承認現有私有制存在問題，主張對私有制加以改良。他認為私有制就意味著可按契約自由取得財產，反對所有權的濫用，比如買賣人身的奴隸制和各種不合理的獨占權和特權。
在所有制論述中，穆勒對勞動和資本的所有權給予了充分的肯定，他說:“所有制的根本原則是保證壹切人能擁有靠他們的勞動生產和靠他們的節欲積蓄的物品。”在他的觀念中，勞動是創造財富的源泉，資本則是過去已積累起來的勞動，所以，依靠它們建立的所有制是合理的。對於土地所有權，穆勒是持否定態度的。
在利潤問題上，他吸收了西尼爾的“節制論”，並加以補充。他把總利潤分為三個部分:利息、保險費和管理工資。認為資本家在生產開始時，預付了工人的工資，進行了“節制”，因而利息是資本家節制的報酬。保險費是對資本家承擔投資風險的報酬。管理工資則是資本家管理企業、組織領導生產所付出的勞動和技能的代價。
他的地租理論基本上沿襲了李嘉圖的理論。不過，他提到了科技進步的作用。