年羹堯自恃功高且為雍正所寵，為人為官過於驕橫失格而乏自律自束，在官場上許多忌諱的事他都犯了，最終觸怒雍正將其殺之。
君臣失和
年羹堯才氣淩厲，恃上眷遇，師出屢有功，驕縱。行文諸督撫，書官斥姓名。請發侍衛從軍，使為前後導引，執鞭墜鐙。
年羹堯的失寵和繼而被整是以公元1724年（雍正二年）十月第二次進京陛見為導火線的。在邊疆時，蒙古王公和額駙阿寶見到年羹堯必須跪拜。在赴京途中，他令直隸總督李維鈞、陜西巡撫範時捷等跪道迎送。到京時，黃韁紫騮，郊迎的王公以下官員跪接，年羹堯安然坐在馬上行過，看都不看壹眼。王公大臣下馬向他問候，他也只是點點頭而已。更有甚者，他在雍正面前，態度竟也十分驕橫，“無人臣禮”。年進京不久，雍正獎賞軍功，京中傳言這是接受了年羹堯的請求。又說整治阿靈阿（皇八子胤禩集團的成員）等人，也是聽了年的話。這些話大大刺傷了雍正的自尊心。
十壹月，年羹堯結束陛見回任後，接到了雍正的諭旨，上面有壹段論述功臣保全名節的話：“凡人臣圖功易，成功難；成功易，守功難；守功易，終功難。……若倚功造過，必致反恩為仇，此從來人情常有者。”在這個朱諭中，雍正改變了過去嘉獎稱贊的語調，警告年要慎重自持，此後年羹堯的處境便急轉直下。
分析年羹堯失寵獲罪的原因，大致有以下幾點：
第壹，擅作威福。年羹堯自恃功高，驕橫跋扈之風日甚壹日。他在官場往來中趾高氣揚、氣勢淩人：贈送給屬下官員物件，“令北向叩頭謝恩”；發給總督、將軍的文書，本屬平行公文，卻擅稱“令諭”，把同官視為下屬；甚至蒙古紮薩克郡王額附阿寶見他，也要行跪拜禮。對於朝廷派來的禦前侍衛，理應優待，但年把他們留在身邊當作“前後導引，執鞭墜鐙”的奴仆使用。按照清代的制度，凡上諭到達地方，地方大員必須迎詔，行三跪九叩大禮，跪請聖安，但雍正的恩詔兩次到西寧，年羹堯竟“不行宣讀曉諭”。更有甚者，他曾向雍正進呈其出資刻印的《陸宣公奏議》，雍正打算親自撰寫序言，尚未寫出，年羹堯自己竟擬出壹篇，並要雍正帝認可。年羹堯在雍正面前也行止失儀，“禦前箕坐，無人臣禮”，雍正心中頗為不快。
第二，結黨營私。當時在文武官員的選任上，凡是年羹堯所保舉之人，吏、兵二部壹律優先錄用，號稱“年選”。他還排斥異己，任用私人，形成了壹個以他為首，以陜甘四川官員為骨幹，包括其他地區官員在內的小集團。許多混跡官場的拍馬鉆營之輩眼見年羹堯勢頭正勁、權力日益膨脹，遂競相奔走其門。而年羹堯也是個註重培植私人勢力的人，每有肥缺美差必定安插其私人親信，“異己者屏斥，趨赴者薦拔”。比如他彈劾直隸巡撫趙之垣“庸劣紈絝”、“斷不可令為巡撫”，而舉薦其私人李維鈞。趙之垣因此而丟官，於是轉而投靠年羹堯門下，先後送給他價值達20萬兩之巨的珠寶。年羹堯就借雍正二年進京之機，特地將趙帶到北京，“再四懇求引見”，力保其人可用。遭年參劾降職的江蘇按察使葛繼孔也兩次送上各種珍貴古玩，年羹堯於是答應日後對他“留心照看”。曾經薦陜西布政使胡期恒及景灝可大用，彈劾四川巡撫蔡珽，上即以授景灝，又擢升胡期恒為甘肅巡撫。此外，年羹堯還借用兵之機，虛冒軍功，使其未出籍的家奴桑成鼎、魏之耀分別當上了直隸布政使和署理副將的官職。
第三，貪斂財富。年羹堯貪贓受賄、侵蝕錢糧，累計達數百萬兩之多。而在雍正朝初年，整頓吏治、懲治貪贓枉法是壹項重要改革措施。在這種節骨眼上，雍正是不會輕易放過的。
身敗名裂
公元1725年（雍正三年）正月，雍正對年羹堯的不滿開始公開化。年羹堯指使陜西巡撫胡期恒參奏陜西驛道金南瑛壹事，雍正說這是年任用私人、亂結朋黨的做法，不予準奏。
年羹堯曾經參劾四川巡撫蔡珽威逼所屬知府蔣興仁致死，蔡珽因此被罷官，經審訊後定為斬監候；而年羹堯的私人王景灝得以出任四川巡撫。這時雍正已經暗下決心要打擊年羹堯，蔡珽被押到北京後，雍正不同意刑部把他監禁起來，反而特地召見他。蔡珽陳述了自己在任時因對抗年羹堯而遭誣陷的情況，又上奏了年羹堯“貪暴”的種種情形。雍正於是傳諭說：“蔡珽是年羹堯參奏的，若把他繩之以法，人們壹定會認為是朕聽了年羹堯的話才殺他的。這樣就讓年羹堯操持了朝廷威福之柄。”因此，雍正不僅沒有給蔡珽治罪，而且升任他作了左都禦史，成為對付年羹堯的得力工具。
三月，出現了“日月合璧，五星聯珠”的所謂“祥瑞”，群臣稱賀，年羹堯也上賀表稱頌雍正夙興夜寐，勵精圖治。但表中字跡潦草，又壹時疏忽把“朝乾夕惕”誤寫為“夕惕朝乾”。雍正抓住這個把柄借題發揮，說年羹堯本來不是壹個辦事粗心的人，這次是故意不把“朝乾夕惕”四個字“歸之於朕耳”。並認為這是他“自恃己功，顯露不敬之意”，所以對他在青海立的戰功，“亦在朕許與不許之間”。接著雍正更換了四川和陜西的官員，先將年羹堯的親信甘肅巡撫胡期恒革職，署理四川提督納泰調回京，使其不能在任所作亂。四月，解除年羹堯川陜總督職，命他交出撫遠大將軍印，調任杭州將軍。
年羹堯調職後，內外官員更加看清形勢，紛紛揭發其罪狀。雍正以俯從群臣所請為名，盡削年羹堯官職，並於當年九月下令捕拿年羹堯押送北京會審。十二月，朝廷議政大臣向雍正提交審判結果，給年羹堯開列92款大罪，請求立正典刑。其罪狀分別是：大逆罪5條，欺罔罪9條，僭越罪16條，狂悖罪13條，專擅罪6條，忌刻罪6條，殘忍罪4條，貪婪罪18條，侵蝕罪15條。
雍正說，這92款中應服極刑及立斬的就有30多條，但念及年羹堯功勛卓著、名噪壹時，“年大將軍”的威名舉國皆知，如果對其加以刑誅，恐怕天下人心不服，自己也難免要背上心狠手辣、殺戮功臣的惡名，於是表示開恩，賜其獄中自裁。
年遐齡及年羹堯兄年希堯奪官，免其罪；斬其子年富；諸子年十五以上皆戍極邊。年羹堯幕客鄒魯、汪景祺先後皆坐斬，親屬給披甲為奴。公元1726年（雍正四年），叱咤壹時的年大將軍以身敗名裂、家破人亡告終。公元1727（雍正五年），雍正帝赦免了年羹堯諸子，交年遐齡管束。