場地東西長150米，南北寬100米，占地面積15000平方米，分為上下兩層。上層文化層主要由灰黑色粘土組成，有紅土層和淤泥層，厚度為12-80cm。出土的動物骨頭、石頭、尖石、骨箭頭和各種陶器碎片。下文化層15-75 cm，為黑色粘土。發掘表明，上層文化層中有更多的動物骨骼，包括骨箭頭、骨錐、骨針、骨鑿、石斧和削尖的石頭。在兩層樓之間的泥土中，還出土了30具人骨，以及壹些隨葬品，包括生產工具、裝飾品等。發掘中還發現了南北各7米、東西各3米的長形房屋遺址，以及殘存的木柱。值得壹提的是，在較低的文化層中還發現了碳化角梁。
馬家浜文化遺址傳承余姚河姆渡文化，啟迪崧澤文化和良渚文化。它的發現引起了國內外考古學家的關註，認為它證明了長江流域和黃河流域都是中華文化起源的搖籃。此後，嘉興地區發掘出羅家角遺址等十余處馬家浜文化遺址，再次引起中外學者的關註。馬家浜文化已被1990出版的《大英百科全書》、《中國大百科全書考古卷》收錄，確認了其在史前文化考古中的地位。
馬家浜文化遺址1989 12被公布為省級重點文物保護單位。
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