以前的圓覺寺幾經荒廢，幾經重建。明朝景泰四年(1453)，駐守雲南的宦官李益曾經修建圓覺寺。陳毅《華亭寺銘》載:“擴其址，傳其規。”重建後，“中國大光明五光佛殿。再後是佛寶閣，大殿左右是印青堂、僧堂、唐琦堂、方丈、僧室，塑像嚴整，畫得漂亮。”至“天順，秦賜名華亭寺”。
明末，華亭寺毀於兵。清康熙二十六年(1687)，雲南巡撫王紀文重修。鹹豐七年(1857)，雲南回民起義，華亭寺部分建築毀於戰火。光緒九年(1883)再次重建，但規模較小。
民國時期，華亭寺壹片荒涼，院子裏雜草叢生，野獸出沒。1920年，唐邀請大陸高僧許雲和尚來華亭寺主持法會，並超薦在各種戰鬥中為保靖國捐軀的將士。法會結束時，唐請許雲和尚主持華亭寺的重建工程。許雲在唐氏家族的支持下，大興土木，全面整修華亭寺，修建藏經樓，修繕大悲閣，在正殿兩側塑羅漢500尊；將寺前石燕樓等人的墓塔移至大山門左側的城墻上，在寺前修建放生池，在寺後修建海會塔；山門旁建有壹座鐘樓，有三層樓高。門窗鏤空雕花，樓上掛著壹口鐘，清晨震動，響徹山谷。整個華亭寺的改造工程非常龐大，歷時五六年。唐代的題寺是“郭靖雲樓寺”。
此後，在佛像和七戒開光後，雲樓寺成為雲南省最大的禪宗十方叢林，住著50多位僧人。人們還是習慣稱之為“華亭寺”。