2004年南寧市博物館將南寧市文物管理委員會辦公室的職能移交市文化新聞出版局，取消文物行政管理職能。2006年7月，市委、市政府將文物保護單位原廣西高等法院舊址改造為鄧穎超紀念館，對外實行免費開放，由南寧市博物館管理和使用。2009年8月，為加強全市文物考古和研究工作，經南寧市機構編制委員會批復同意成立南寧市文物研究考古所，實行“壹套人馬，兩塊牌子” 的管理體制，其主要職能是收藏、征集、陳列、考古和研究本地區優秀歷史、民族文化遺產，並負責對全市文物、博物館工作進行業務指導。
2010年10月18日，南寧博物館項目開工典禮暨奠基儀式市五象新區舉行。新建的南寧博物館館址設在五象新區，用地面積6.2萬平方米，建築面積約3萬平方米，工程造價約3億。整個館屬於框架結構，建有地下1層，地上4層，其中地上部分按建築造型局部為2層和3層。建築地上部分設置展廳、多功能廳、4D影院等，地下部分設置藏品庫、臨時庫房、提看室、設備機房等設施，工程期預計為2年。新建的南寧博物館將成為南寧的壹個文化地標。南寧市博物館將緊緊依托首府區位優勢，充分發揮區域豐富的歷史文化資源，全面提升對南寧歷史文化遺產保護和對城市經濟社會發展的貢獻值，打造國家壹級博物館，邁向全區博物館前列。新館命名為南寧藝術博物館。建成後的南寧藝術博物館 將兼備收藏、展示、研究、宣傳、教育等功能，成為南寧市壹個重要的宣傳窗口，成為教育、激發人們熱愛南寧、建設南寧的壹個重要陣地，成為南寧市走向全國、走向世界的壹張亮麗的城市名片。