2007年，有漁民潛入南澳島東南三點金海域的烏嶼和半潮礁之間的海底作業時，無意發現了壹艘載滿瓷器的古沈船。
2007年5月25日、26日，南澳縣雲澳邊防派出所根據線報，兩次抓獲非法打撈水下文物嫌疑人10名，查扣文物138件，其中10件是國家三級文物。經廣東省文物鑒定站鑒定，這批文物主要為明代瓷器。
2008年7月21日，按計劃汕頭“南澳Ⅰ號”打撈船“南天順”。將滿載著出水的萬余件文物離開南澳海域，駛往廣州。汕頭“南澳Ⅰ號”水下考古隊經過三個多月的努力，圓滿完成了2010年水下考古計劃。
汕頭“南澳Ⅰ號”水下考古打撈的文物會隨打撈船運到廣州，交由廣東省博物館進行處理、保護。4名雲澳邊防派出所官兵將隨船執行保衛警戒任務，確保萬余件船載文物安全萬無壹失。
2009年9月25日國家文物局將“南海Ⅱ號”更名為“南澳Ⅰ號”。
2009年9月26日，“南澳Ⅰ號”水下考古搶救發掘項目正式啟動。廣東省博物館專門調撥的1500萬元考古打撈資金已經到位，支持本次打撈行動的廣州打撈局“南天馬/德華”船組仍未到位，水下考古隊潛水打撈設備也不甚充足，20多名水下考古隊員也已抵達，因此相信打撈行動並不能在26日打撈儀式啟動後有實質性展開。按照國家文物局批準的打撈方案，本次水下考古工作將采取不同於“南海Ⅰ號”的作業方式。
2009年12月，雖然沒有臺風影響，但隨著冬季臨近，打撈海域的風力會逐漸加大，這會對水下考古打撈工作造成難以估計的影響。
2010年已對二號艙、三號艙、四號艙、五號艙內的文物進行發掘。據專家判斷，“南澳Ⅰ號”的年代為明嘉靖至萬歷年間，瓷器主要來自中國東南沿海地區的民窯。
2010年5月1日，考古發掘現場首次向媒體公布新出水文物後，到5月9日出水的完整或可復原文物累計已有千余件。
2010年5月9日，“南澳壹號”被定級為“2010年國家水下文化遺產保護中心的壹號工程”。
2010年5月10日，有8箱文物出水，其中主要是陶瓷器，也有部分鐵器、銅器等。
2010年5月20日，“南澳Ⅰ號”2號艙文物首次出水。
2010年6月10日，明代沈船“南澳Ⅰ號”出土青花大罐等壹批文物，自4月啟動水下考古發掘工作以來，出水文物總量已超過4000件。
2010年6月10日上午，“南澳Ⅰ號”上的數十件文物被考古人員打撈出水。包括壹個高約30厘米、寬大約20厘米的青花大罐，同時還有壹批龍紋罐、釉陶罐、青花瓷大盤、碗、缽、瓶等數十件文物。此次出水的青花大罐保存完好，是所有已出水文物中體量最大的青花瓷器。
2010年6月11日，南澳壹號出水最大的青花瓷器。截止到這天，***出水文物四千余件。
2010年7月9日，***出水各類文物10241件。其中瓷器9711件，陶器131件，金屬器100件(不含銅錢)。
第二次打撈
2011年4月23日，“南澳Ⅰ號第二次大規模水下考古發掘項目啟動，至11月***出水文物9500余件，其中瓷器以福建漳州窯青花為大宗。
第三次打撈
2012年5月24日，“南澳Ⅰ號”第三次大規模水下考古發掘的各項準備工作基本就緒。6月4日開始打撈，9月20日結束，古沈船將暫時原址保存。
至2012年9月完成第三輪打撈，***出水文物近3萬件。文物基本清理完畢，船的結構也基本確認。發掘出的船載貨物中，瓷器最多，其次是陶器、鐵器、銅器、錫器等，還有不少於4門火炮和疑似炮彈的圓型凝結物。“南澳Ⅰ號”古沈船長27米，寬7.8米，***有25個艙位，是迄今為止發現的明代沈船裏艙位最多的，也是中國發現的第壹艘滿載“汕頭器”的船。
根據“南澳Ⅰ號”沈船的特點和環境狀況，按照國家文物局批準的打撈方案，本次考古工作采用了不同於“南海Ⅰ號”的作業方式。
考古作業
考古隊將首先在船體上部及船體附近區域布設水下探方，然後按照水下考古作業流程逐層進行考古清理、測繪、攝影和文物提取工作。
編寫報告
發掘結束後，編寫和發表考古發掘報告，今後的文物保護可分多個課題分別進行研究及保護報告的編寫。水下考古專家經過勘探，已經掌握了沈船附近海底地貌的平面、剖面圖。
守護文物
南澳縣雲澳邊防派出所27名邊防官兵，在守護“南澳Ⅰ號”的856個日日夜夜裏，出動公邊艇近2000次，勸離不明作業船只近百艘，驅趕可疑船只超過2000艘。據統計，至發現“南澳Ⅰ號”起至今，這支“護寶奇兵”***出動警力6000多人次，驅趕可疑船只超過2000艘，繳獲文物***計195件。
文物展出
對於即將打撈上岸的文物，廣東、汕頭以及南澳縣多方文保單位已經著手開展接收工作。尤其南澳縣文物局，更騰空壹間百平米上下的展廳改造成洗鹽池，準備對打撈上來的文物進行保護處理並最終予展示。 文物基本上為漳州市平和窯克拉克瓷的瓷器，此外還有景德鎮產的彩釉瓷器以及金屬器等。瓷器的主要類型包括青花瓷大盤、碗、缽、杯、罐、瓶等，此外還有釉陶罐、鐵鍋、銅錢、銅板以及錫壺等。在出水瓷器的紋飾中有人物、花卉、動物等圖案以及漢字。如用蓮花代表“廉政”的“廉”，用鹿代表仕途的“祿”。紋飾中同時還有綬帶鳥、十八學士登瀛州、米芾拜石的典故等。數量最多的青花大盤直徑在30厘米左右，內壁繪麒麟、牡丹、仕女、書生與花草等。
代表性文物為玉壺春瓶、雙龍罐（其表面畫有兩龍龍，罐的頂部有四個柄）、彩釉瓷器、雙魚大盤（圖案畫的是兩條鯉魚）等。