1、第壹次懷疑（每月壹件禮物脅迫事件）第7集
小蘭對柯南說：“這麽快就找到了，不愧是新壹啊”而柯南答應了。小蘭毫無疑問的懷疑柯南是否是新壹，而柯南解決方法是，柯南請阿蒞博士用變聲器模擬新壹的聲音給小蘭打電話，柯南同時在小蘭家裏，使小蘭認為柯南與新壹是兩個人，解除懷疑。
劇情簡介：小川醫生這兩年來不斷收到未署名的錢和玩具，實在是不知道來歷，於是前往毛利偵探事務所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其實是中古品，而小蘭也因此開始懷疑起柯南的身份。在前往小川醫生工作的醫院調查過程中看到柯南翻閱病例的小蘭對柯南的懷疑也進壹步加深。最終柯南在千鈞壹發之際成功解救了小川醫生的孩子。而柯南也成功化解了小蘭的懷疑。
2、第二次（走頭無路的名偵探，連續兩大殺人事件）第96集
柯南睡覺時被小蘭摘掉了眼睛，使小蘭感到眼熟，同時小蘭找到了10年前與新壹和壹位魔術師的合影，使小蘭堅信柯南就是新壹，變小的原因是吃了博士發明的怪藥。當小蘭把柯南領到新壹家門口逼他招供時，新壹的媽媽(有希子)出現了，有希子幫柯南撒了謊，使小蘭信以為真了。後來解除了懷疑。
劇情簡介：九十九七惠通過妃英理的介紹來到毛利偵探事務所，她拜托小五郎幫她重新調查丈夫著名魔術師九十九元康的死因，壹行人來到九十九家中，見到了元康的三個學生真田壹三 、三好麻子和白地裕士，簡單的照面之後，他們來到元康的死亡現場——地下室，柯南仔細進行現場勘查，發現了電話上壹串奇怪的數字，期間，小蘭對柯南起了疑心，而暗中觀察他，但柯南毫無意識。
3、第三次（危命的復活）第188集
當柯南受傷做手術需要輸血時恰趕上醫院血庫裏柯南血型的血用光了，小蘭耗不猶豫地為柯南獻血，而小蘭知道她自己與新壹是壹個血型，這使得柯南感覺到小蘭已看透他的真實身份，覺得瞞不下去了，正當柯南在平次的建議下打算把真相告訴小蘭時，灰原趕到解除了危機。
劇情簡介：看著奄奄壹息的柯南，步美建議大家自己想辦法，三人按照石頭上的文字推斷出了出口方位又利用蝙蝠逃出了洞穴，歹徒也遭到逮捕。緊接著柯南被立刻送到醫院進行治療，又在小蘭碰巧知道血型的情況下給他輸了血，小蘭最近的奇怪反應讓柯南意識到自己的身份或許已經在小蘭面前暴露，就在他打算向小蘭坦白時，灰原拿槍對準柯南。
擴展資料：
劇場版——
在劇場版《世紀末的魔術師)》中，小蘭對柯南的推理、動作、語言產生了極大的懷疑，最後，小蘭哭著對柯南說，“妳就是新壹吧”，柯南壹籌莫展正要招供時，基德偽裝成新壹(基德與新壹本身就像，因此不用大偽裝)出現在小蘭家裏。基德之所以這樣做，是為了報答柯南救鴿子之恩。後來小蘭再次解除了懷疑。
劇情簡介：羅曼諾夫王朝的皇室秘寶－回憶彩蛋，將在大阪鈴木財團美術館內展出的同時，怪盜基德寄出“犯案預告信”準備奪取這無價的皇家藝術之寶，於是鈴木會長要求小五郎協助警方偵查，以防彩蛋被竊取。柯南壹行人來到大阪，遇到服部平次，便壹同偵查此案。
在美術館遇到了蘇聯大使館的書記、珠寶美術商、羅馬王朝研究家、職業攝影師等人。看完彩蛋，大家便解讀預告信線索，不料將時間、地點都解讀錯誤。而基德竊聽到彩蛋被轉移了。在疏於防備的情況下，基德成功地找到了回憶彩蛋。雖然柯南已經發現了基德的行動，看還是晚了壹步。基德在逃離途中，卻被神秘的殺手狙擊，墜海失蹤，生死不明。