從前，瑞典維明黑格村有壹個不愛讀書的淘氣男孩尼爾斯。壹天，他的父母要去鄰村的市場。因為尼爾斯有四門課不及格，他的父親懲罰他在家復習功課。
尼爾斯在家學習，很快就睡著了。當他醒來時，他發現箱子上有壹個戴著尖帽子、穿著長外套的小個子男人。原來這就是我媽常說的森林裏的小妖精。尼爾斯用捕蟲網抓住了小妖精，小妖精答應尼爾斯，如果他被釋放，就給壹枚金幣。當小妖精要爬出捕蟲網時，尼爾斯食言了，想把小妖精放回網中。我不希望尼爾斯壹動捕蟲網，頭上就挨了重重壹擊。捕蟲網從他身邊飛走了，他變成了壹個小人。
尼爾斯來到院子裏。他那麽小，連以前被他欺負的雞鵝都不再怕他了，都嘲笑他:“活該！活該！活該！”就在這時，壹群大雁從村子上空飛過，喊道:“就——就——就——就~跟我們壹起向北飛吧！飛到拉普蘭去！”家鵝中最強壯、最勇敢的白鵝馬丁拍打著翅膀叫道:“給我壹分鐘！我陪妳去！”尼爾斯也反復喊:“站住！停下來！”快速跑到馬丁身邊，跳到他背上。當他抓住馬丁的脖子時，他們已經飛到天上去了。
馬丁背著尼爾斯，整天跟在鵝後面，又累又餓。在湖邊過夜時，雁群的首領阿卡接納馬丁入群，但只允許尼爾斯過夜，因為他是人，人是雁群的敵人。
夜深了，所有的動物都熟睡了。狐貍斯邁利悄悄地溜到鵝的身邊。只有老阿卡聽到了狐貍的腳步聲。她壹聲尖叫，響徹整個湖面，大雁迅速飛向空中。尼爾斯在睡夢中從馬丁身上摔了下來。在昏暗的燈光下，他看到壹只狐貍在咬壹只大雁。他立刻用盡全身力氣抓住狐貍的尾巴，大喊:“小偷！小偷！我給妳看！快把大雁放下！”這壹突然襲擊完全出乎狐貍的意料。他的嘴忍不住松開了，大雁不失時機地試圖飛到空中。
剛才大雁都拍打著翅膀歡迎尼爾斯。老阿卡說:“妳是第壹個對我們雁做好事的人。我們歡迎妳和我們待在壹起。”從那時起，他們成了好朋友。
尼爾斯已經和大雁壹起飛行了整整五天。尼爾斯對這只飛鳥的生活很滿意。因為現在他不用讀書，不用放鵝，不用搬柴火，白天可以騎在馬丁的背上看天上的風景，晚上可以睡在馬丁的翅膀下做夢。而且，因為他救了小松鼠泰裏爾，和松鼠媽媽傻傻成了好朋友，給了他很多核桃和幹果，他再也不用像野鵝壹樣吃水草和蟲子了。
狐貍史密斯自從攻擊鵝失敗後，壹直懷恨在心。他緊緊跟著大雁，壹直想飽餐壹頓，只是因為老阿卡帶領的大雁要麽待在無法攀爬的懸崖下，要麽待在河中央的浮冰上，讓他無從下手。作為報復，狐貍派水貂和水獺去騷擾鵝，但沒有成功。最後，他用甜言蜜語，唆使土匪山上的烏鴉首領富姆利把大雁中的小人尼爾斯帶到他身邊，以解除他的仇恨。
壹天早上，尼爾斯正在草叢中覓食，突然福莫利和烏鴉把他帶走了。當他到達強盜山時，尼爾斯看到了斯邁利，壹只紅尾巴的狐貍，他明白了大部分。他機智地疏遠了烏鴉首領和狐貍的關系，幫烏鴉們打開了裝有銀幣的罐子。烏鴉放了尼爾斯，給了他壹枚銀幣。在返回雁群的路上，尼爾斯設計用鏈子拴住壹直跟著他的狐貍。
這些鵝繼續向北飛去。他們克服了海上的大風暴，穿越了神奇的海底城市威尼達和許多陡峭的懸崖，來到了格林明城堡。城堡的居民——鸛、貓頭鷹、蝙蝠和貓——陷入混亂，因為成群的灰色田鼠正在攻擊城堡。在這關鍵時刻，尼爾斯利用貓頭鷹向森林妖精借來的魔笛，消滅了所有的灰田鼠，拯救了城堡。尼爾斯成了鳥獸爭相贊美的英雄。
春天來了。為了趕上壹路上耽誤的時間，大雁們沒日沒夜地向北飛，壹直飛到拉普蘭。途中休息時，尼爾斯趁著夜色遊覽壹座城市，差點被廣場上的壹座國王銅像砸死。為了幫助尼爾斯找到丟失的小木靴子，馬丁成了那個農婦的俘虜。多虧了尼爾斯的機智和勇氣，他們活了下來，並最終和他們的新夥伴——母鵝馬修壹起到達了拉伯蘭。
在拉普蘭的石灰巖山腳下，出現了整整壹座雁城。馬丁和尼爾斯也在這裏建造了自己的房子。馬丁和馬修成了壹家人，很快就生了五個活潑的孩子。尼爾斯給他們起名為尤科斯、卡奇、柯裏梅、內莉艾和未夕，其中尤科斯最調皮。其他野鵝也生了很多小野鵝。
隨著時間的推移，尼爾斯越來越想家，想恢復人形。在尼爾斯的要求下，老阿卡派她的養子禿鷲戈爾戈去從貓頭鷹那裏學習森林妖精的秘密:除非其他生物願意變成像尼爾斯壹樣小的家夥，否則尼爾斯永遠不會變成人。但是誰願意做這麽小的家夥！尼爾斯太絕望了。
夏天過去了，老阿卡下達命令:準備飛行。野鵝的數量是春天的三倍。22只小野鵝和父母壹起組成人字形隊形，向南飛去。向南飛的路線也是它們春天向北飛的路線。當他飛到尼爾斯的家鄉時，尼爾斯要求老阿卡讓他看壹看他的家。馬丁還帶著妻子和孩子帶他們參觀了他年輕時住過的鵝棚。當他們看到家園後準備繼續往南飛的時候，調皮的尤克西說他不想再飛來飛去了。尼爾斯嚴厲地對他說:“既然妳父親命令妳飛行，妳就應該飛行！””尤克西憤怒地嘶嘶道，“妳騎在妳爸爸脖子上，連手指都不動壹下。.....我希望我能像妳壹樣小！這樣，我也可以坐在爸爸的背上...”他的話還沒說完，馬丁、馬修和小鵝們就尖叫起來。原來尼爾斯已經恢復了人形，而尤科斯卻突然變得那麽小，幾乎像只雞！
天亮了，尼爾斯回家了。媽媽和爸爸非常高興。從此，尼爾斯努力學習，成為壹個好孩子。