基本上以字畫、陶瓷、玉器為三大品類，收藏數量和檔次在全國同級別縣市中名列前茅。其中，155件書畫被列入《中國古代書畫目錄》，良渚文化玉器、六朝青瓷、明代官窯瓷器先後入選國家舉辦的第二屆、第三屆“中國文物展”並編入目錄。該藏品收錄於國內已出版的文物地圖集，如《美術全集》、《良渚玉器》、《四王畫集》、《吳昌碩書畫集》、《中國天文文物地圖集》、《南路文物地圖集》、《六朝藝術》。《常熟博物館藏畫集》、《常熟博物館藏書法集》、《常熟博物館藏印章集》等畫冊先後由上海人民美術出版社、文物出版社、人民美術出版社隆重發行。博物館還非常重視學術研究、人才培養、宣傳教育。自1991籌建處成立以來，《常熟文博》學術季刊已出版七年，以宣傳地方歷史和普及文物知識為主，深受社會各界人士的好評。在整個圖書館的工作人員中，大專以上學歷占很大比例，他們大多具有壹定的保管、宣傳、鑒定、考古、修復等方面的知識和技能，在國家和省級報刊上發表學術文章近百篇。
國家文物局立項，由中國文物研究所和常熟博物館共同編輯的《江蘇常熟出土新中國墓誌銘》於2006年底正式出版。該書收錄了常熟博物館和常熟碑刻博物館收藏的323組墓誌，為研究常熟的歷史沿革和地域組織提供了第壹手實物證據。