有關廣教寺的歷代修建情況，史誌記載甚少，且多支離破碎，文簡意略。而對雙塔的修繕，史料中未提只字。唯從嘉慶二十年（1815）《寧國府誌》卷首的“敬亭山圖”和上海博物館收藏的梅清雙塔畫可知那時雙塔已沒有頂剎。可見幾百年以前，雙塔的頂剎已毀，壹直沒有維修。1988年，國家對雙塔進行了修繕，由於沒找到兩塔塔剎的原狀資料，根據文物修舊如舊的維修原則，修繕時，仍保留了塔剎的殘破現狀，只對危及塔體安全的塔身進行了現狀加固和部分復原維修。宣城民間很早就有壹個傳說：相傳雙塔是兩個兄妹神仙壹夜建成，由於土地菩薩學雞叫，兄妹倆認為天快亮，塔未收頂就匆忙走了，故雙塔壹直沒頂剎。其實，雙塔是佛塔，即高僧的靈墓，江南雨水多，任何佛塔都不可能沒頂剎，這個傳說只能說明雙塔損毀之久遠而壹直沒有修繕。
受風化等自然因素的影響，廣教寺雙塔近年再次出現了塔基磚塊裂縫、塔壁磚塊風化、塔檐磚塊脫落現象。2014年4月，國家發改委、國家文物局下撥了近千萬的專項資金，開始對廣教寺雙塔再次大規模的修繕，除對雙塔保護區環境整治外，重點是修繕塔頂和對塔壁進行滲漏改造等。
宣城市文物局的專家告訴記者，廣教寺雙塔是我國可登臨雙塔的最早實例，為我國同類建築的演變提供了重要的實物資料。此次修繕期間，在雙塔保護區範圍內進行遺址考古發掘時，考古專家發現了宋、元、明、清時期廣教寺建築遺存，以及壹些宋、元、明、清時期的瓷器標本等，其中的文物價值正待進壹步考證。