徐霞客壹生從事旅遊考察，徐霞客遊記缺失，有些地方的旅遊路線不詳，學者做過大量考證。
萬歷四十壹年(1613)，徐霞客遊天臺、雁蕩。據朱說，徐霞客在遊天臺、雁蕩之前，曾溯曹娥江到四明山，再到寧波，渡海遊嘉善。遊完天臺、雁蕩，從樂清經溫州府往南，回甌江，遊石門洞，遊滁州通天巖、澗西、括倉山，轉北賞濠溪兩岸風光，遊縉雲仙都山鼎湖，再往北，經永康、諸暨返回(《歷史隨筆·徐霞客南遊四記》)
關於萬歷四十四年(1616)，徐霞客是通過什麽路線到達福建崇安的，不得而知。《季稿》中，周寧夏等人指出徐霞客經南部閩贛邊界分水關去崇安，糾正了丁文江編《徐霞客遊記》附圖中的經仙霞嶺、經浦城、西南去崇安的路線(《徐霞客遊記》原稿的發現與討論)。
崇禎元年(1628)，徐霞客“開始閩桂之旅”，但只留下了《閩遊日記》，4月5日到福建南京失蹤。朱認為，徐霞客循海西行，先登羅浮山，後遊曹溪，中間經過廣州；從廣東回來的路上，要從邵州府經過始興縣、南雄府，經過梅關，穿過梅嶺進入江西南部，再到福建南京(《徐霞客南方四遊記》)。
崇禎九年(1636)，徐霞客開始了近四年的西南之旅。以往研究者壹直認為徐霞客從萬裏出發時的旅行路線是沿江南運河，經無錫、蘇州，直抵杭州。據季稿記載，周寧夏等人指出，徐霞客下西洋到蘇州後，向東繞道到佘山，然後開始西行，經、張蓮堂、王、烏鎮、信步、塘棲，到達杭州(《徐霞客遊記》原稿的發現與討論)。
徐霞客西行至貴州、雲南。由於日記不完整，他旅行的地方有許多疑點。朱愛梅、鄧鴻認為，徐霞客經過八坪、六寨後的行程是唐宗、觀音蓮(建平嶺)、貴州瑤醫(友誼村)、拉浩、翟波、老板；從摩訶到龍裏的旅途中，我們還沒有去過平月樓和新天寺。過去許多人沒有準確地解釋這段旅程。路線應該是貴定、貴定、燕山、龍裏的甘巴哨、馬場坪、巖頭寨(徐霞客貴州遊覽路線地名考證，《貴州民族大學學報》第3+0期)徐霞客在貴陽住了三個晚上，《壹千旅人日記》中記載的貴陽日常活動非常簡略。人們可能會認為他只是路過貴陽而沒有進行調查。朱認為，徐霞客三次遊貴陽地理:11日遊貴陽東南郊，12日遊貴陽北地理，14日出貴陽，順便遊貴陽西南(《徐霞客南方四記》)。
崇禎十壹年(1638)夏天從貴州子怡孔夷到雲南廣西府城(今瀘西縣)的路程不詳。周對此進行了考證，認為從出發後，先經火燒鋪、小東嶺，再經平邑站、滇南盛京，再折回巴澤河上遊，經平邑圩、白水鋪到達水城。上岸後步行十五裏，登船經水路到達呂梁，沿盤江經呂梁到達魯南，北上河口、楊林。然後我經由板橋進入省城，從省城經高楓到太華山，然後返回。經過朝貢歸化到達晉寧後，沿大巴山渡河，鋪關索嶺到江川，再從江川渡海，遊秀山，築關。然後，向西到石屏、寶秀、灌口，再順著廬江到異龍湖，劃船經過大水城，再返回臨安。從臨安出發，東至延東，經老鼠村、田陽、中道嶺至阿美族，再從阿美族向北經彭浦、新邵至彌勒，再從彌勒至廣西(徐霞客五陰夏季旅遊路線，貴州文史叢書1984 1)。
上述路線中從呂梁到楊林的路段長期以來被認為是壹個謎。朱認為應該走呂梁和彜良之間的古交通大道，經過太平哨、新邵、阿尤鋪、法俄哨、蕙子哨、天生關、石橋哨、高適哨，到河莫站附近的石門看看，然後再西行。布所附近的智雲洞；後轉向北，經大哨、木龍堡，過南盤江，回麥田北，遊九鄉洞群；逛完三角洞，往西，途經石湖的寨卡、秦菜塘、馬街、大楊林(《徐霞客南遊四記》)。鄭祖榮認為，從呂梁南盤江穿越南北邊界，途中會遊覽石林風景區，然後下到西郊宜良壩子的宜芝市政公署，再沿南盤江支流賈龍河，走北山坡道，穿越宜良北部邊界，到達楊林(《談徐霞客探索珠江源頭》、《雲南文史叢書》第2期+0987)。
崇禎十三年(1640)，徐霞客從雲南雞足山返回江陰，途中經過的地區和具體時間也是未解之謎。周認為，方在《雲南文霞客對大誤年的貢獻》(含《地理學家徐霞客》)壹文中引用了大誤和尚的理論，認為徐霞客是在崇禎十六年(1643)從雲南歸來的，這是極不可信的，因為徐霞客早已過世；徐霞客應該是在崇禎十三年正月啟程東去，歷時近七個月，約200天。東歸路線是從麗江“西出石門金沙”，經中甸和巴塘、理塘及漢源、雅安附近，東到峨眉，再沿岷江到宜賓，再從宜賓經城陵磯等地到黃岡，再沿長江乘船回江陰(徐霞客《東歸考》，雲南社科，第5期，1983)。楚少棠還推測了幾種可能的東歸路線。他指出，徐霞客的歸程曾是“西出石門金沙江”，再經孫靜、瓦屋山北上。旅途中，他在石門關渡過金沙江，再沿長江東北(金沙江西岸)過橋頭堡，從那裏向北轉到中甸。中甸到峨眉的路線，從今天的地形圖上觀察，很可能是從中甸的鹽源、西昌(老建昌圩)、張越出發，向北經過孫靜、瓦屋山，到達峨眉，也可能仍然是過了石門關向東返回，從麗江向東過金沙江，經過永勝到達會理，再向北經過西昌、瓦屋山。從峨眉東歸，應該是從峨眉到嘉定(今樂山)，乘船到徐州(今宜賓)，再乘船東歸(徐霞客回雲南及遊記源流考)。
徐霞客是否到過四川是壹個有爭議的問題。在《徐霞客年譜》中，丁文江否定了錢《徐霞客傳》和陳《徐霞客墓誌》中的說法，認為徐霞客從未到過四川。近年來，有學者認為徐霞客曾去過四川。如上所述，周和褚紹棠都聲稱徐霞客在從東方回家的路上到過峨眉。褚紹棠在《質疑徐霞客是否曾入川》(華東師範大學學報，第2期，1984)中還假設，徐霞客在西南之旅之前曾入川，估計年代和路線為:壹是天啟三年(1623)遊覽嵩山、太華山、太和山之後，二是天啟七年(65438)之後。陳巧儀等學者對徐霞客的川遊觀(關於徐雪的研究與發展)提出了批評。
早在20世紀20年代，丁文江就主持編纂繪制了36幅徐霞客的旅行路線圖，與他的遊記壹起出版(商務印書館，1928)。後來，褚紹棠、劉思源等人主持繪制了旅遊路線總圖和分圖，先印在《徐霞客遊記》(上海古籍出版社，1980)，後以《徐霞客旅遊路線考察圖集》(中國地圖出版社，1991年)的名義單獨出版。文琪和趙誌新編著了《徐霞客圖解遊記》(出版時間和地點不詳，該書藏於北京圖書館)。此外，還有很多旅行地圖附在各種作品中。黃希之《徐霞客考察管見及旅行路線示意圖》(載於《徐霞客研究》)對部分地圖進行了點評。