內蒙古自治區東西跨度大，自然地理景觀十分顯著。東西部的景色差別很大，東邊是遼闊的興安森林，西邊是遼闊的沙漠。此外，還有許多河流、湖泊、火山、溫泉等旅遊資源可以開發，使該地區形成了以草原風光為主，山、水、林、沙為輔的完整而豐富的旅遊資源結構。
在內蒙古的自然旅遊資源中，水草豐美的大草原最具特色，最吸引遊客。從東北的呼倫貝爾草原到西部的阿拉善沙漠，是內蒙古草原資源的基礎部分。天然草原植被相對完整。另壹方面，鄂爾多斯高原是內蒙古草原帶的最南端。由於地形、氣候、土壤等條件的差異，多為荒漠草原。從東到西，整個自治區大致可分為四個地帶:典型草原、草甸草原、幹旱草原和荒漠草原。草原是呼倫貝爾、科爾沁、錫林郭勒、烏蘭察布草原。呼倫貝爾和錫林郭勒草原是內蒙古最好最有代表性的草原。它們是平坦的，沒有盡頭。當春天融化時，先開花後長葉的植物帶著雪花迎接春天。夏天，草地郁郁蔥蔥，鮮花盛開，草原上成群的牛羊構成了壹幅美麗的草原畫卷。
內蒙古的森林資源在全國占有重要地位，森林總面積占全國森林總面積的12.8%。全區森林主要分布在大興安嶺，還有滿漢山、克什克騰山、包格達山、八景壩、顏地寺、大青山、烏拉山、賀蘭山。與此同時，新中國成立以來，大量的人工林被建設起來。全區約有46科350多種樹種。落葉松是優勢樹種，其次是白樺、柞樹和楊樹。大興安嶺原始森林位於該地區東部，總面積667萬公頃，其中448萬公頃納入國家級自然保護區，是中國最大的自然保護區。林區保持著良好的生態環境，山川秀美，風光旖旎，野生動物種類繁多，為發展森林觀光、動植物考察、避暑旅遊、狩獵旅遊提供了有利條件。
西部戈壁灘遼闊，總面積20多萬平方公裏。著名的沙漠有巴丹吉林、騰格裏、烏蘭布和、毛烏素、庫布齊。沙丘、綠洲、湖泊構成了獨特的自然風光，尤其是黃河南岸庫布其沙漠中的“響沙灣”，是中國“三大響沙”之壹。
內蒙古境內有數千條長短不壹的河流，其中有70多條，流域面積1，000平方公裏，全區水資源總量51.8億立方米。黃河是內蒙古最長的河流，全長800公裏，不僅給內蒙古帶來了灌溉效益，也為航運、發電、捕魚提供了便利。由於黃河由南向北進入內蒙古，當河水冬季封凍，春季解凍時，大量冰塊堵塞在內蒙古河套地區，形成冰壩，稱為“淩汛”，這是黃河在內蒙古特有的現象。埃爾貢河是內蒙古的另壹條大河，全長540公裏。它的上遊叫做海拉爾河。壹路走來，棉都河、磨子格勒河、伊敏河等支流被接納成為中俄界河，現已開展界河遊。其他著名的河流包括嫩江和西遼河。
內蒙古天然湖泊眾多，全區大小湖泊1000多個，是我國主要湖泊之壹，但多為小型鹽湖，以盛產鹽、堿、芒硝而聞名。面積100平方公裏的湖泊有呼倫湖、貝爾湖、達裏諾爾、烏梁素海、岱海、黃旗海、查幹諾爾、居延海等。
內蒙古還有大量的溫泉和礦泉，最集中在東部地區。主要有滿洲裏市紮賚諾爾礦區的靈泉、大興安嶺西麓興安盟的阿爾山溫泉、赤峰市、寧城縣和克什克騰旗的敖漢溫泉、西部烏蘭察布盟涼城的岱海溫泉、呼倫貝爾盟鄂溫克旗的韋納河礦泉等。這些溫泉和礦泉含有許多對人體有益的礦物質，可以治療許多疾病，其中大多數是夏季度假村，妳可以在那裏度假。