國土資源、文物、旅遊、畜牧、公安邊防等部門按照各自職責積極配合林業部門做好矽化木的保護管理工作。第五條縣級以上人民政府環境保護行政主管部門對本行政區域內矽化木的保護和管理進行監督檢查。第六條自治州各級人民政府應當加強宣傳工作，教育公民遵守本條例，支持林業行政主管部門做好保護和管理工作。
任何單位和個人都有保護矽化木的義務，並有權制止、檢舉和控告侵占和破壞矽化木的行為。對舉報有功人員，由林業行政主管部門給予獎勵。第七條自治州人民政府應當對矽化木的保護和管理給予資金投入。
鼓勵單位或個人投資矽化木保護。第八條縣(市)林業行政主管部門應當根據本地區矽化木的分布情況，提出矽化木保護區的劃定方案，經縣、市人民政府同意，報自治州人民政府批準後實施。
自然保護區矽化木保護區的劃定，由州林業行政主管部門提出，報州人民政府批準。
經批準的矽化木保護區應當標明邊界並予以公告。任何單位和個人不得擅自移動矽化木區域界樁。第九條矽化木保護區主管部門的職責:
(壹)貫徹執行國家有關自然遺跡保護的法律、法規、方針和政策。
(二)制定矽化木保護區管理制度，統壹管理矽化木。
(三)調查矽化木自然遺產資源，建立檔案。
(四)矽化木保護的宣傳教育。
(五)組織或協助有關部門開展矽化木的科學研究。第十條進入未開放矽化木保護區從事科學研究、考察、參觀、教學實習、標本采集、影視拍攝、旅遊、采藥、探險等活動，必須向縣級以上林業行政主管部門提出活動計劃，經批準後方可進入。未經批準，任何單位和個人不得進入矽化木保護區從事上述活動。第十壹條有條件在矽化木保護區進行開發活動的，除依法辦理有關手續外，項目開發單位或者個人應當持項目設計書、方案任務書和環境影響報告書向當地縣(市)人民政府提出申請，由縣(市)人民政府審核同意，並由國家林業行政主管部門提出， 並由州環境保護部門提出環境評價意見，由州主管部門報州人民政府批準實施。
開發單位或個人必須采取保護措施，防止矽化木保護區內的自然環境和自然資源遭到破壞。
縣級以上林業行政主管部門有權對矽化木保護區內開發單位的活動進行監督檢查。第十二條經批準進入矽化木保護區進行科學研究、考察、參觀、標本采集、旅遊、影視拍攝、采藥、探險等活動的單位和個人，應當按規定向矽化木管理機構繳納資源保護管理費。收費標準由國家物價部門規定。第十三條除科研、教學、展覽等確需少量采集外，未經州林業行政主管部門和州人民政府批準，不得采挖、攜帶、運輸、買賣或加工矽化木。第十四條外國人需要進入矽化木保護區的，接待單位必須按照國家有關規定辦理審批手續。第十五條違反本條例規定，擅自移動矽化木保護區界樁或者未經批準進入保護區，不服從管理的，由縣級以上林業行政主管部門或者自然保護區管理機構責令改正，並根據情節處以罰款。未經批準擅自進入，不服從管理的，處500元以上100元以下罰款；擅自移動界標、改變保護區的，處以500元以上2000元以下罰款；擅自移動界樁、改變保護區域，造成矽化木被盜或者損壞的，處二千元以上五千元以下罰款。第十六條未經批準進入矽化木保護區從事開發活動的，由縣級以上林業行政主管部門或者自然保護區管理機構責令恢復原狀，視情節處以1000元以上1000元以下罰款。第十七條違反本條例規定，有下列行為之壹的，由縣級以上林業行政主管部門或者自然保護區管理機構按照下列標準予以處罰:
(壹)擅自采挖、攜帶矽化木的，除沒收實物外，並按非法采挖、攜帶矽化木每公斤罰款1000元。
(二)擅自買賣、加工矽化木的，沒收實物和違法所得，並按非法買賣、加工的矽化木每公斤處以1000元罰款。
(三)違反本條例運輸矽化木的，除沒收非法所得外，並處以運費3倍的罰款。
(四)破壞矽化木自然狀態(樹幹、樹根、樹樁)，情節嚴重並造成損壞的，視情節處以10000元至50000元罰款。
(五)破壞矽化木保護區基礎設施的，視情節輕重，處以5000元罰款。
有前款所列行為之壹造成損失的，依法承擔賠償責任，構成犯罪的，依法追究刑事責任。