春秋戰國時期，杭錦旗是匈奴的遊牧之地。1973年，杭錦旗洪巴拉、阿魯柴登發現春秋晚期、戰國晚期匈奴墓葬，出土各種動物圖案的金銀飾品和鐵器，即當時匈奴遺物。秦始皇二十六年(公元前221)，秦統壹中國，在全國實行郡縣制。當時匈奴還在河套遊牧，經常入侵秦朝的北境。秦始皇三十二年(公元前215年)，大將軍蒙恬發兵三十萬，北擊匈奴，迫使其北退七百余裏，河套地區由秦統領。秦朝在河套北部設九原郡，杭錦旗當時屬於九原郡。秦朝廷將內陸戶遷到河套地區生活生產，充實了邊防。秦末政局動蕩，戰亂頻繁，回遷居民散居，匈奴退回河套地區。
漢初與匈奴和解，雙方和平相處。漢武帝強盛時，開始主動與匈奴作戰。公元前127年，衛青將軍率軍西征，擊敗匈奴，收復河套。漢武帝接受朱的建議，下決心把河套地區作為抵禦匈奴的“繁華之地”來管理，動用65438+萬余人，花費“數億”在杭錦旗沙日昭地區重建朔方城為朔方郡。現在旗還給朔方郡。朔方縣、四尼鎮庫布齊沙漠北部的廣木縣、沙日召地區的朔方縣、巴拉海地區的霍野縣、浩外柴達木地區的大城縣、毛不拉昆堆溝下遊地區的曲蘇縣、虎丘縣、勝利鄉的修都縣等幾個縣。沃野縣也有鹽官。
元年(公元9年)，王莽篡權，建立新朝，改朔方郡為勾踐郡。東漢光武五年(公元29年)，割據者房鹿在匈奴的支持下，在婺源稱帝，占領朔方、雲中等郡。建安七年(公元31)，在房鹿設立的朔方郡知府向東漢投降。
東漢初年，朔方縣直屬並州，縣遷至林榮縣，杭錦旗仍屬朔方縣。建武二十四年(公元48年)，匈奴壹分為二，南匈奴隸屬東漢，定居朔方等郡，助漢防禦。建安二十年(公元215年)，曹操平定了北方割據勢力，但仍無力維持有效統治，減少了朔方等郡數。杭錦旗已恢復為匈奴、鮮卑、烏桓、羌族的遊牧地。
晉十六國時期，杭錦旗先後隸屬於、後趙、前秦、後秦、西延、大夏等國。
太炎五年(公元439年)，北魏統壹黃河流域。泰安二年(公元456年)，設杭錦旗東北名郡，統領虎丘、曲水兩縣。漢光木縣和林榮縣的古城現在仍然存在，它們被稱為甘草城和河格鎮城。當時東胡人的後裔，在大漠南北，剛柔並濟。北魏為了保衛都城，防止其向南推進，在北部邊境設置了六個軍事據點，稱為“六鎮”。其中，沃野鎮位於杭錦旗北部的巴拉海地區(北魏中期遷至韓碩老城，北魏晚期遷至婺源北)。隋朝時，杭錦旗的北部和西北部分屬九原縣和婺源縣的永豐縣。
公元618年，建立唐朝，隋朝郡縣改周，杭錦旗為豐州。豐州城位於格更昭蘇木境內的庫布其沙漠(古稱庫傑沙)，是當時北方的交通樞紐。豐州有漢族人口壹萬人左右，還有大量的土居和土古渾人。北宋初年，居住在豐州的民族有藏才部、土居人、土古渾人。其首領王·，被宋朝封為“豐州守史”。他與宋朝交往甚多，經常向宋朝獻馬賣馬。他帶領各族人民，多次與契丹作戰，後又數次與西夏軍對峙，均不屈不撓。王還修建了舊鳳州城。後來，豐州最終被西夏兼並。宋代豐州遷至金府谷以北。豐州古城被廢棄了。
元代，杭錦旗隸屬陜西延安路和甘肅武池海道。明朝洪武、永樂年間(公元1368-1424年)，退守漠北的元軍反復進行“犁掃窯洞”，沿邊境設置了許多軍衛生所。鄂爾多斯地區當時由東勝左右警衛隊管轄。後來明朝在長城沿線陸續設置了九個軍事重鎮，稱為“九邊”，鄂爾多斯地區隸屬於“九邊”之壹的榆林鎮(今陜西榆林)。從16世紀60年代開始，隸屬於蒙古韃靼部的各部相繼入駐鄂爾多斯。為了確保西北邊境的安全，明朝在鄂爾多斯多次對蒙古各部用兵，稱之為“剿”、“搜”、“重集”。然而徒勞無功，根本無法達到目的，所以需要建造壹個長度超過65，438+0，000英裏的側墻。從此就靠著側墻守著。
公元1510年，巴圖孟克大燕可汗統壹了蒙古各部，以利於治理和恢復萬戶的組織。此時鄂爾多斯的壹萬戶是右翼三萬戶的骨幹，駐紮在河套。1551年，鄂爾多斯周日將其部分為九部，分予九子，第三子“魏達瑪據右翼達拉特，與莫日更巴罕二世”。清太宗九年(公元1635年)，清軍渡過黃河，赤丹汗之子鄂哲，鄂爾多斯部獻千戶於清軍。農助大臣與清軍訂立盟約，承認是清朝的附庸。清順治六年(公元1649年)，鄂爾多斯的劄木合等人起兵反清，大臣顧、青山丹、小劄木合沒有參加。受到清朝的表彰，被封為爵士。當年，清朝在鄂爾多斯立旗，衛達瑪的第四代後裔傑姆蘇被任命為鄂爾多斯右翼後旗(又稱杭錦旗)的首任劄劄克。鄂爾多斯旗屬內紮薩克，屬伊克昭盟。各旗的紮薩克輪流擔任領隊和副領隊。除了力帆醫院之外，它還受到隋元成將軍、陜西省神木縣主任和寧夏主任的監督和控制。清乾隆五年(公元1740年)劃定各旗界限。杭錦旗北界吳家河，包括杭錦後旗大部分地區、婺源縣、烏拉特前旗和何琳部分地區，面積約8.37萬平方英裏。清朝中期，壹些漢人零星地在封底播種。清光緒二十九年(公元1903年)，清政府實行“旗堂並置”，解析婺源堂，管理後期墾荒事務和漢人事務。9月1949，綏遠省和平解放。65438年2月，成立杭錦旗臨時人民政府(後改為杭錦旗人民自治政府、杭錦旗人民政府)。9月，1951，陶利民中心區(由陶利民辦事處改建)撤銷，所轄地區按歷史隸屬關系分別劃歸杭錦旗和鄂托克旗。同年，中國* * *伊克昭盟派人參加後陶地區土改，杭錦旗後陶地區大部分劃歸米倉縣(9月改為杭錦後旗1953)。到8月1953，杭錦旗後設置的轄區全部劃入杭錦後旗、何琳縣、安北縣、婺源縣。至此，歷史遺留的“旗縣並存”問題得以解決。綏遠省六月廢，1954，杭錦旗隸屬內蒙古自治區伊克昭盟。
1956年，達拉特旗第13區的二格丹灣和芒哈圖鄉劃入金航旗。此後杭錦旗建立，疆域變化不大。
1997年，杭錦旗面積1.1.9萬平方公裏，人口1.3萬，其中蒙古族占1.9%。轄3個鎮，12個蘇木8個鄉:錫尼鎮、巴拉貢鎮、都貴塔拉鎮、巴音烏蘇蘇木、堯斯圖蘇木、伊合烏蘇蘇木、浩饒柴達木蘇木、巴音布拉格蘇木、胡和木瀆蘇木、賽音烏蘇蘇木、吐古日格蘇木、沙日昭蘇木、阿裏斯朗圖蘇木、格更昭蘇木。旗政府駐在四尼鎮。