蒙醫和中醫雖然都是傳統醫學，但在臨床用藥上是有區別的。很多蒙藥和中藥可以互換使用，但有些藥的作用機制不同，比如肉豆蔻。中藥用於溫中、行氣、止瀉，蒙藥用於治療心臟病。壹些蒙藥很少被中醫使用，但被中醫廣泛使用，如石榴、黑冰片、梔子、川季花、沈香、蒙古蘿蔔等。蒙藥的炮制方法、輔料、炮制程度也與中藥不同，蒙藥多為生活用，服用方法和劑量也不同。正因為如此，根據蒙藥理論制成的蒙藥，具有藥味濃、用量少(壹般煎服3-5g，丸散1.5-3g)、藥性強、作用獨特、療效突出的優點。在長期的醫療實踐中，證明蒙醫在治療半身不遂、風濕、類風濕、心臟病、胃病、肺病、婦科病、偏頭痛、咽喉痛等方面有壹些獨特的方劑和療效顯著的蒙藥，深受民族醫和患者的歡迎。
20世紀70年代以來，蒙醫藥工作取得了新的進展。國家高度重視和關心醫藥標準化工作。在1970-1972內蒙古藥物資源普查的基礎上，用蒙漢兩種文字編輯出版了《內蒙古中草藥》兩本書。在對1972至1977的蒙藥材進行全面調查和考證的基礎上，制定了部分蒙藥材和蒙藥的國家標準，並在《中華人民共和國藥典》中首次公布了蒙藥。接著，內蒙古衛生廳組織編寫制定了《內蒙古蒙藥藥材標準》和《內蒙古蒙藥標準》，並於近年修訂，頒布為《衛生部標準》。在自治區有關單位總結的多年臨床經驗和蒙醫藥臨床規範化研究的基礎上，經專家論證會通過，國家中醫藥管理局於1997年頒布了《蒙醫藥婦兒疾病診療規範》。與此同時，八個省、市、自治區的新壹代蒙醫學正在茁壯成長，蒙醫學的醫療、教學和科研發展到了壹個新的階段。蒙藥的發展，蒙藥的生產，蒙藥的研究都在蓬勃發展。目前蒙醫已經面向全國，面向世界，吸引世界的目光，要更好地為全人類服務。