C.E.70年2月，地球聯合軍與ZAFT之間的武裝沖突由於“染血的情人節”悲劇而全面升級為地球圈規模的戰爭。C.E.71年6月，在“非我即敵”的觀念驅使下，地球聯合軍悍然發動了對中立國家奧布聯合酋長國的侵略。當戰鬥進行到最激烈的時候，就在自己的眼前，少年真·飛鳥失去了父母和妹妹。唯壹的遺物，就只有妹妹掉落的手機……獲救之後，背負著家仇的真黯然離開了故土奧布前往PLANT。兩年後，他成為了ZAFT的戰士…
第壹話：怒れる瞳
C.E.73年10月2日，奧布聯合酋長國首相卡嘉莉·尤拉·阿斯哈來到L4的殖民衛星阿莫利萬，決定與PLANT的杜朗達爾議長舉行機密會談，與其同行的還有隱姓埋名的阿斯蘭·薩拉；而就在同壹個地方，ZAFT軍的新型戰艦“密涅瓦號”的入水儀式也即將進行。
壹派輕松的氣氛下，“密涅瓦號”所屬的真也與同事尤蘭等人上街閑逛，並偶遇秘密潛入阿莫利萬的地球聯合軍特務部隊所屬成員——史黛拉·露歇，但雙方並不知道彼此的真實身份。
就在入水儀式即將舉行的時候，阿莫利萬的MS格納庫遭到了地球聯合軍特務部隊的突然襲擊，ZAFT軍所開發的三架最新型高達也被奪走。ZAFT的MS部隊損失慘重，而卡嘉莉和阿斯蘭也陷入危險之中。就在這危急時刻，飛鳥真駕駛劍裝備型脈動高達擋在三架高達的面前。
第二話：戦いを呼ぶもの
為了奪回三架被奪走的高達，真與史黛拉等三人展開了激戰。而在阿莫利萬外面，壹直潛伏著準備接應強奪部隊的地球聯合軍特殊部隊母艦加迪·魯號也開始對ZAFT軍發動突襲。猝不及防下，ZAFT軍傷亡慘重。
由於數量上的差距，寡不敵眾的真逐漸落於下風；前來營救的阿斯蘭也由於雙方機體實力懸殊過大而窮於應付，在駕駛艙內的卡嘉莉受傷後不得不退出了戰鬥。幸好雷和露娜瑪麗亞及時趕來支援，彌補了雙方的差距。
看到無法取勝，斯汀和奧爾決定撤退；但史黛拉卻執意與脈動高達分出勝負。奧爾嘲弄著說出“那妳就死在這裏吧”喚醒了史黛拉的恐懼，使得史黛拉立即撤退。
為了能夠及時掌握信息，杜朗達爾議長登上了密涅瓦號。阿莫利萬外，特殊部隊長官尼奧親自駕駛埃格薩斯出擊接應斯汀等三人，被雷所感應。
追擊戰中，機體損耗嚴重的脈動高達成功換裝了由母艦發射而來的空戰型裝備，但殖民衛星的護壁已被轟出壹個大洞，三架高達成功逃離，不甘放棄的真和雷隨後也突入宇宙空間。
由於已經沒有安全的地點可供著陸，阿斯蘭和受傷的卡嘉莉不得不降落在即將起航的密涅瓦號上，並要求與杜朗達爾見面。在前往艦橋的路上，卡嘉莉無意間喊出阿斯蘭的真名，引起了露娜碼麗亞的註意。
在殖民衛星外，等待著真的，是駕駛埃格薩斯的尼奧。
第三話：予兆の炮火
在埃格薩斯全方位武器突如其來的攻擊下，真壹時間狼狽不已；幸好熟悉這種戰法的雷及時趕到，為其化解了危局。與此同時，尼奧也感應到了雷的存在，三人遂展開了激戰。
密涅瓦號出現後，察覺無法迅速取勝的尼奧當機決定撤退；雷和真在收到歸艦信號後也壹同返航。ZAFT及聯合軍雙方的母艦展開了炮擊戰。回到母艦的尼奧下令撤退，加迪·魯號將推進劑後備貯存箱分離後順利逃脫。另壹方面，塔麗亞得到杜朗達爾的許可，命令密涅瓦號追擊加迪·魯號。
史黛拉等三人在維生艙中逐漸恢復過來；而在尼奧與李的交談中，似乎透露出三個人的秘密……
與卡嘉莉會面之後，杜朗達爾邀請卡嘉莉及阿斯蘭在艦內參觀。不料就在格納庫中，卡嘉莉的言辭遭到了真的嚴厲譏諷。
密涅瓦號終於追上了加迪·魯號，雙方即將再度交戰。真駕駛ZGMF－X56S/γ 炮戰型脈動高達與露娜瑪麗亞壹同出擊；而在密涅瓦號艦橋上，杜朗達爾直言點破了阿斯蘭的真實身份……
四話：星屑の戦場
在碎石帶，密涅瓦號落入了尼奧精心策劃的埋伏之中，被加迪· 魯號牢牢地壓制住；而先前出擊的真和露娜瑪麗亞也陷入了與駕駛三架高達的斯特拉等三人苦戰的僵局，無法返回支援密涅瓦號。
密涅瓦號艦橋上，阿斯蘭提出了脫離困境的冒險方案，在杜朗達爾的支持下為塔麗亞所接受。尼奧親自帶隊對密涅瓦號展開攻擊，但遭到雷的攔截。兩人展開激戰，不分勝負。
密涅瓦號從小行星中成功脫困，並擊傷了加迪·魯號。看到無望取勝的尼奧下令撤退；在杜朗達爾的提議下，無力追擊的密涅瓦號也招回了真及露娜瑪麗亞進行休整補給。
由於被杜朗達爾點破，密涅瓦號的眾人均已得知阿斯蘭的真實身份。露娜瑪麗亞對阿斯蘭表現出相當的興趣，而阿斯蘭卻矢口否認了自己的身份。
另壹方面，ZAFT軍突然發現早已廢棄的尤尼烏斯7正在脫離其正常的軌道……
第五話：愈えぬ傷痕
尤尼烏斯7原本是PLANT的農業衛星，C.E.70年2月14日的悲劇發生後，尤尼烏斯7就壹直處於被廢棄狀態。但是，正當密涅瓦號追擊加迪· 魯號的時候，壹群駕駛著ZAFT制MS的神秘人物開始將尤尼烏斯7的殘骸推向地球。
得到“尤尼烏斯7開始向地球移動”消息的杜朗達爾將此事告知了卡嘉莉，並決定立即前往尤尼烏斯7。休息室內，雷、露娜瑪麗亞等人對此也是議論紛紛，尤蘭輕佻的語氣引起了正巧路過休息室的卡嘉莉的強烈不滿，但她的言辭再壹次遭到了對阿斯哈家族深懷不滿的真更為激烈的反駁。
藍色波斯菊的新盟主加百列召開了藍色波斯菊的會議，商討如何應對尤尼烏斯7與地球相撞及其後事宜。在加百列的心中，已經開始醞釀對制造了殖民衛星的新人類進行報復的計劃。
為了摧毀尤尼烏斯7，玖爾隊及密涅瓦號先後來到了尤尼烏斯7所在區域。阿斯蘭主動要求駕駛MS參加任務，並得到了杜朗達爾的許可。但就在玖爾隊進行破壞工作時，遭受了未知部隊的攻擊。真、雷、露娜瑪麗亞和阿斯蘭先後出擊，援護遭到攻擊的玖爾隊。
在此同時，潛伏在同壹區域的加迪· 魯號，也派出了三架高達……
第六話：世界の終わる時
正在尤尼烏斯7進行破壞作業的玖爾隊遭到未知部隊的攻擊，MS及粉碎器均損失慘重，粉碎作業無法順利進行。偏偏就在此時，奧爾、史黛拉等三人駕駛的高達也加入了對玖爾隊的攻擊；幸好真、阿斯蘭等人及時趕到了戰鬥區域，與三架高達及謎之部隊展開了激戰。
尤尼烏斯7將要墜落的消息開始在地球上傳播開來，各方政府均發表了公告，正在瑪爾基奧導師家休養的基拉和拉克絲也獲知這個消息。
與此同時，尤尼烏斯7區域的激戰仍在繼續。在阿斯蘭等人的援護下，玖爾隊成功地將尤尼烏斯7壹分為二，但是，其中的壹部分仍在加速向地球落下。
阿斯蘭與伊紮克及迪亞克匯合，決定進壹步破壞尤尼烏斯7的殘片，但三架高達依舊鍥而不舍地對他們進行追擊。阿斯蘭與伊紮克聯手輕易重創了混沌高達及深淵高達，其驚人的實力深深地震撼了真。
塔麗亞決定讓密涅瓦號伴隨尤尼烏斯7的殘骸進入大氣層，並在到達極限時發射主炮將殘骸摧毀。杜朗達爾議長同意了這項計劃並轉移到了伏爾泰號，但卡嘉莉決意留在密涅瓦號上與阿斯蘭壹起。
由於衛星殘骸即將突入大氣圈，ZAFT軍及加迪·魯號分別招回了自軍的MS，而阿斯蘭則決定留在殘骸上，利用粉碎器繼續從內部破壞殘骸，但他卻遭到謎之部隊MS舍生忘死的攻擊而無法脫身。危急時刻阿斯蘭幸好得到了真的援助而脫離了殘骸，但兩人已無法返回母艦，在強烈的氣流中開始急速向地球墜下。
第七話：混迷の大地
密涅瓦號隨尤尼烏斯7的殘骸壹起進入了大氣層。雖然無法確認阿斯蘭和真的位置，塔麗亞仍然下令將殘骸擊毀。
尤尼烏斯7的殘骸化為無數的碎片墜落於世界各地，給地球和人類帶來了慘痛的傷害。殘骸的碎片也危及到了避難中的基拉等人，拉克絲用她那寧靜安詳的歌聲，令受驚的孩子們鎮定下來。
機體不堪負荷的阿斯蘭再次得到真的舍身援助，兩架MS成功地回到了密涅瓦號上。密涅瓦號順利降落於太平洋上，並計劃前往奧布。正當卡嘉莉慶幸事情得以解決的時候，再次遭到了真的駁斥。
杜朗達爾代表PLANT表示將對遭受災難的地球伸出援手；但實際上，包括藍色波斯菊在內各方勢力，都在為積極地為將要到來的戰爭做著準備，羅德·加百列的手中也掌握了駕駛ZAFT軍MS的恐怖份子驅使尤尼烏斯7墜落的證據。
露娜瑪麗亞邀請阿斯蘭參加手槍射擊練習，而阿斯蘭優異的表現，再次震驚了眾人。言談中，真對阿斯蘭依舊選擇留在奧布表示了不解。
“暴風雨就要來了。”看著咆哮的大海和天邊的烏雲，拉克絲對身邊的基拉如此說道。
第八話：ジャンクション
密涅瓦號抵達了奧布的淤能碁呂島，回到這裏的卡嘉莉也受到了奧布聯合酋長國宰相烏納特·艾瑪·塞蘭與其子尤納的迎接。
在內閣會議上，烏納特提出了與大西洋聯邦結盟壹事，雖然遭到了卡嘉莉的極力反對，但由於“尤尼烏斯7是被PLANT的恐怖份子墜向地球的”壹事已廣為人知，民間反新人類的風潮再度高漲，卡嘉莉也毫無辦法可想。
淤能碁呂島上，密涅瓦號由朝霞社進行修理；而負責修理工作的，正是瑪琉等人。
阿斯蘭駕車外出，巧遇了由於家園被毀而搬到淤能碁呂島上的基拉、拉克絲和孤兒們。“究竟在和誰作戰？如何作戰？”未能尋找到答案的阿斯蘭向基拉傾吐了心中的迷茫。
第二天早上，在與卡嘉莉的談話中，出於對當前局勢的擔心，阿斯蘭下定決心回到PLANT跟杜朗達爾議長進行商談，以期避免地球與PLANT之間的再次對立。臨走時，阿斯蘭給卡嘉莉戴上了戒指。
由於密涅瓦號的修理工作需要耗時數天，船上的眾人紛紛外出。與興高采烈的眾人相比，真的心情截然不同，他換了便裝來到傷心之地，然而眼前的景象早已全然不同……在紀念碑前，真遇到了素不相識的基拉。“花兒無論開得多麽美麗，人總會將她摧毀。”無意識間，真說出了自己的心聲。
在阿斯蘭回到PLANT的同時，以大西洋聯邦及歐亞聯邦為首的聯合國發表了視PLANT為敵對國的正式通告。
第九話：驕れる牙
在宣布PLANT為敵對國之後，地球聯合就開始積極地備戰；而相應的，PLANT普通市民對自然人的敵對情緒也被煽動起來。雖然杜朗達爾議長仍然極力試圖通過和談來解決問題，但戰爭已不可避免，PLANT不得不加強了自身的防禦。
另壹方面，藍色波斯菊的盟主加百列不僅計劃著徹底消滅PLANT，還準備清除以奧布為代表的幾個小國。
地球聯合軍正式對PLANT宣戰，並從月面基地出發，向PLANT發動了攻擊；ZAFT軍被迫還擊。正當雙方交戰之時，搭載了核彈的地球聯合軍奇襲部隊突然出現，並準備襲擊PLANT，但在ZAFT軍的秘密武器攻擊下，奇襲部隊全滅，地球聯合軍被迫撤回月面基地。
在PLANT，等待與杜朗達爾議長會面的阿斯蘭意外地見到了“拉克絲”，而且“拉克絲”對他十分親熱，這令阿斯蘭十分迷惑……
第十話：父の呪縛
雖然以PLANT為目標的核彈被全部擊落，但是PLANT普通民眾的憤怒情緒還是由於突然遭受的攻擊而被激化。在與杜朗達爾議長的談話中，阿斯蘭重新恢復了“阿斯蘭·薩拉”的身份，為和平做著努力；杜朗達爾議長則對阿斯蘭深表理解，勸慰他不必獨自背負著父親之事的重擔。
就在這時，“拉克絲”出現在PLANT的公***頻道上，表示以杜朗達爾議長為首的最高評議會正在探索更好的道路，並勸導大家珍惜眼前的和平。最終，“拉克絲”以寧靜的歌聲平息了民眾高漲的情緒。
杜朗達爾議長毫不隱晦地向阿斯蘭道出了這個“拉克絲”並非是真正的拉克絲的真相，並表示自己不僅需要假拉克絲的力量，還需要阿斯蘭的力量。接下來，杜朗達爾又將阿斯蘭帶到了救世主高達的面前，而且把它托付給了阿斯蘭，希望他能夠堅持自己的道路。
阿斯蘭再次見到了假拉克絲，她告訴阿斯蘭自己的真名是米婭·坎貝爾。在米婭的邀請下，兩人***進了晚餐。席間，米婭表示自己也是拉克絲的歌迷，並說自己是想為PLANT盡壹份力量才答應了假扮拉克絲。
第十壹話：選びし道
加百列由於核攻擊的失敗而遭到了秘密組織內部廣泛的批評，但這反而堅定了他消滅PLANT的決心；另壹方面，PLANT最高評議會也通過了國防委員會的提案，為開戰做好了準備。
而在奧布行政府內，卡嘉莉等人也在圍繞是否與大西洋聯邦結盟而進行著激烈的爭論。雖然卡嘉莉極力反對，但大多數酋長均贊同與大西洋聯邦結盟以避免戰火再度燒身。
夜晚，難以入眠的基拉再度回憶起了上壹次大戰和那些在戰鬥中死去的朋友們……
在杜朗達爾議長的安排下，伊紮克和迪亞克作為護衛監視而前往阿斯蘭身邊。三人來到了尼科爾的墓前，向犧牲的戰友們獻了花。伊紮克勸說阿斯蘭回PLANT來，與朋友們壹起為PLANT做些什麽。
安迪·巴爾特菲爾德使用秘密頻道將危險的現狀告訴了密涅瓦號，並勸其立即離去。塔麗亞聽從了安迪的勸告，決定離開奧布。
在勸解情緒低落的卡嘉莉的時候，尤拉突然向其求婚，令卡嘉莉大吃壹驚。
第十二話：血に染まる海
為了救援被包圍的部隊，ZAFT軍開始了降下地球的作戰；而地球聯合軍也相應地發布了反空降動員令。
密涅瓦號剛出奧布領海就發現前方竟然是以4艘航母為首的地球聯合軍艦隊，而後方的奧布艦隊也堵住了密涅瓦號的退路。密涅瓦號唯壹的生路，便是強行突破前方地球聯合軍艦隊的阻截。
雖然數量上占有絕對的劣勢，但在場面上密涅瓦號絲毫不落下風。見此情景地球聯合軍派出了巨型MA——紮姆紮紮。紮姆紮紮壹出場便彈開了密涅瓦號的陽電子炮，其表現令所有的人都吃了壹驚。
激戰中的密涅瓦號距離奧布領海越來越近，在尤拉的授意下，奧布艦隊開炮向密涅瓦號示警。由於瞬間的疏神，脈動高達的腳不慎被紮姆紮紮抓住。危急中，壹度昏迷的真爆發了種能力，並成功利用氘核光束送電系統補充了機體的能量，壹舉擊潰了紮姆紮紮和地球聯合軍艦隊。
在杜朗達爾的安排下，阿斯蘭成為ZAFT特殊部隊FAITH的成員，並駕駛救世主高達前往地球與密涅瓦號匯合。
第十三話：よみがえる翼
在損失了包括2艘航空母艦在內的6艘戰艦之後，地球聯合軍艦隊的殘余部隊被迫撤退，密涅瓦號成功突圍。
歸艦的真因其不可思議的戰績而得到了威諾等人的歡呼，而同為MS機師的雷也對真的出色表現加以肯定；塔麗亞和阿瑟也逐漸明白了杜朗達爾議長將脈動高達交由真駕駛的用意。
另壹方面，尤拉加緊了對卡嘉莉的控制。他表示將在與大西洋聯邦簽署協議的同時舉辦婚禮；卡嘉莉雖然並不甘心，但在尤拉以方方面面的“大義”勸說之下，並無他法可想。
由於政局的變動，寄居在瑪爾基奧導師家裏的安迪和瑪琉敏銳地感覺到暴風雨即將到來，奧布不再是個能夠容身的地方。
果然，就在壹天夜裏，壹支神秘的隊伍突襲了瑪爾基奧導師的家。由於哈羅的預警，基拉等人得以事先察覺，逃到了避難所裏。在雙方的交火中，安迪和瑪琉發現這支神秘的隊伍竟然是ZAFT的部隊，而他們的目標則是拉克絲。
看到普通武器無法對避難所造成威脅之後，神秘部隊的指揮官下令使用MS對避難所進行攻擊。面對千鈞壹發的危急狀況，吉良駕駛自由高達出擊，並發動了種能力輕易破壞了敵方所有MS的戰鬥力；神秘部隊的指揮官只能選擇自爆來銷毀自軍的痕跡。
第十四話：明日への出航（たびだち）
挫敗了神秘部隊企圖暗殺拉克絲的陰謀之後，基拉他們不得不認真考慮今後的去向。就在這時，瑪娜送來了卡嘉莉給基拉的信。原來為了準備婚禮，卡嘉莉已經被關進了塞蘭家，眾人不由大吃壹驚。卡嘉莉在信中表述了身不由己的苦衷，表示為了國家將和尤納結婚，並委托基拉將戒指還給阿斯蘭。
等待即將到來的婚禮儀式的時候，卡嘉莉回憶起了和阿斯蘭相識以來的點點滴滴……在奧布舉國的關註下，尤納將卡嘉莉帶到了婚禮的舉行地點。
與此同時，基拉下定決心，和拉克絲、安迪以及以瑪琉為首的舊時戰友重新集結於大天使號上，啟動了這艘前大戰中的名艦前往營救卡嘉莉。
正當尤納和卡嘉莉在殿堂前宣誓時，基拉駕駛的自由高達突然出現，並將卡嘉莉帶回到大天使號上。在奧布護衛艦隊指揮官的刻意幫助下，大天使號成功下潛，脫離了奧布護衛艦隊的包圍。
第十五話：戦場への帰還
就在大天使號離開不久，尚不知情的阿斯蘭駕駛著救世主高達趕到了奧布，緊急戒備的奧布軍出動了兩架村雨對其進行攻擊。無奈之下，阿斯蘭只得離開。
大天使號上，基拉否定了卡嘉莉的錯誤做法，將戒指還給了卡嘉莉，並勸她和大天使號壹同行動，去尋找正確的道路。
密涅瓦號到達了ZAFT的卡奔塔利亞基地。在休整期間，眾人迎來了難得的閑暇。阿斯蘭也抵達了這裏，真對他的出現感到非常意外。然而對於真“為什麽回ZAFT”的質問，阿斯蘭並未給予回答。通過露娜瑪麗亞的說明，阿斯蘭了解到了自己不在時所發生的事情，並對卡嘉莉結婚的消息感到十分失落。
杜朗達爾議長要求密涅瓦號前往直布羅陀支援友軍。原來最近亞歐部分地區要求獨立，地球軍對此進行了武力鎮壓。從塔麗亞那裏，阿斯蘭得知了劫走卡嘉莉的正是自由高達和大天使號。
密涅瓦號開始往地中海區域發進，但他們還不知道的是，自己已經被尼奧盯上了。
第十六話：インド洋の死闘
尼奧調集了附近地球聯合軍據點的MS，並親自駕駛溫達姆帶隊對密涅瓦號壹行展開了攻擊。密涅瓦號被迫迎戰，阿斯蘭決定與真壹同出擊，並被塔麗亞委以MS部隊指揮的重任；而雷和露娜瑪麗亞則在艦上待機。
駕駛混沌高達的斯汀·奧克雷選擇了阿斯蘭駕駛的救世主高達作為對手；尼奧則帶隊圍攻在奧布突圍壹戰中大出風頭的真。
與此同時，奧爾·尼達駕駛深淵高達在水中對ZAFT軍進行了突襲。面對強大的對手，雖然有數量上的優勢，但尼拉貢戈號上的ZAFT軍水中用MS格恩卻毫無還手之力。待機中的雷和露娜瑪麗亞不得不在機體加裝水中戰裝備後出擊。
看到激烈的戰況，擔心尼奧安危的史黛拉也加入了戰團，與真戰在了壹起。由於數量上的優勢，聯合軍占據了上風，而此時的真卻無視阿斯蘭的退後命令，執意要與蓋婭高達分出勝負。在和斯特拉的激鬥中，真無意中發現已來到了聯合軍正在建設中的據點。此時聯合軍士兵正在槍殺試圖趁亂逃跑的平民，這壹幕勾起真心底慘痛的回憶。
發現部隊損傷嚴重、而且聯合軍據點也被侵入之後，尼奧決定撤退。在聯合軍撤退前，ZAFT軍的尼拉貢戈號被奧爾·尼達擊沈。
真不顧阿斯蘭的阻止，執意毀壞了聯合軍的據點，救出了被羈押的民眾。歸艦後，即使被阿斯蘭打了耳光，真仍然不認為自己做錯了。
“擁有能力的人更應該自覺！”阿斯蘭如此回答。
第十七話：戦士の條件
在脫離奧布之後，大天使號就壹直潛伏在斯堪地納維亞王國。通過搜集來的信息，眾人發現地球各處由於戰爭而陷入了混亂；相反，在假拉克絲的作用下，PLANT的氣氛卻顯得相對平和許多。因為暗殺拉克絲事件及假拉克絲的事，基拉始終無法相信杜朗達爾議長，眾人的心中也充滿了疑問和不安。
密涅瓦號到達了ZAFT軍位於波斯灣的馬哈穆爾基地進行休整。在會見基地司令時，阿斯蘭的盛名引起了矚目。在基地司令的介紹下，塔麗亞和阿斯蘭發現為了前往直布羅陀基地，密涅瓦號必須突破屯駐了聯合軍重兵的加爾納漢基地。
真壹直在為阿斯蘭的事而耿耿於懷，但阿斯蘭並不在意。在兩人的單獨談話中，阿斯蘭教導真不要忘記什麽才是戰士的條件。
第十八話：ローエングリンを討て！
ZAFT軍拉多爾隊準備再次攻擊加爾納漢基地的羅恩格林關卡，密涅瓦號也加入了這壹行動之中。在戰前的準備會議上，阿斯蘭決定由真來負責主攻。協助ZAFT軍的女孩科尼爾對真的能力提出質疑，但在阿斯蘭的調解下，還是將數據交了出來。
ZAFT軍即將開始強攻羅恩格林關卡，真利用從科尼爾那裏得到的數據，駕駛分離狀態的脈動高達從不為人知的通路逐漸靠近了聯合軍的炮臺，阿斯蘭等人則從正面展開佯攻。
密涅瓦號對聯合軍的MS部隊發射了陽電子炮，但在陽電子反射器作用下並無效果，阿斯蘭等人也陷入了和聯合軍MS部隊的混戰中。
脈動高達突然出現在炮臺下面，引起了聯合軍指揮部的壹陣慌亂。真成功地破壞了炮臺，聯合軍被迫撤退。勝利後的ZAFT軍受到了市民的熱烈歡迎，而真對阿斯蘭的態度也逐漸好轉。
第十九話：見えない真実
密涅瓦號在協助拉多爾隊成功攻克羅恩格林炮臺之後，入港黑海沿岸的ZAFT軍基地，那裏正因為剛從聯合軍的暴政下被解放而熱鬧非凡。由米婭假扮的拉克絲也來到了這裏，人群因為她的出現而歡呼鼓舞。
由於見到米婭扮演的拉克絲極受歡迎，驚詫之余的阿斯蘭同時留心到了駕駛橙色機體的海涅的身影。與此同時，杜朗達爾議長也和雷重逢了，其場面就如同父子重逢壹般……
在整個基地仍沈浸在慰勞演唱會的余音之時，杜朗達爾議長在迎賓館會見了由塔麗亞艦長帶領的真、雷和霍克姐妹等人，真因其戰功而受到了議長的稱贊。在席間，議長揭露了這場戰爭的背後主謀LOGOS，正是由於LOGOS的推動才使得戰爭無休無止，正是因為利益的誘惑才使得人類在殺與被殺之間掙紮不休。
夕陽西下，車輛疾馳在小鎮的路上，聯合軍88特務部隊的身影閃現其中……
第二十話：PAST
真對於過往的回憶。