"那位先生"
姓名：不詳
簡述："那位先生"即組織內成員對黑組織首領的稱呼。黑組織首領的身份壹直是壹個謎，即使在漫畫中也從未露面或者有過壹個剪影。現在唯壹可以知道的是，組織的首領手機號碼在鳥取縣(TV387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(尾奏曲))。據說作者青山剛昌曾經在2006年的壹次訪談中指出組織的首領其實是之前的漫畫中出現的人物，由此產生了壹些猜測。
代號:琴酒 (GIN)
姓名:不詳
性別：男
年齡：不詳
簡述：琴酒是組織中最早出現的人物，Vodka的大哥，新壹就是被他從背後打倒，再灌下了毒藥APTX4869。永遠都是壹身黑色長風衣，黑色的帽沿下披散的銀色長發，和壹張總是那樣邪惡的臉。殘酷無情，極度冷靜,有著冷酷的眼神，殺過許多人也不在乎的樣子,在組織裏似乎有極高的地位，只要達到他的地位就可以見到"那位先生"，主要負責很危險的暗殺和重要交易。和雪莉似有很深的關系，是個智能型的罪犯，和柯南多次交手都未曾吃虧。有壹輛從德國買來的黑色保時捷，型號是356A,左撇子。
聲優：堀之紀
初登場：漫畫：Vol.1 File.1 《平成的福爾摩斯》TV：001 雲霄飛車殺人事件
代號：伏特加(Vodka)
姓名：不詳
性別：男
年齡：不詳
簡述：琴酒的助手，也是早期登場的人物。Vodka長的非常壯，頭腦簡單，遇事沒有主見，做事稍嫌不細密，全聽Gin的，稱琴酒為「大哥」。有幾次幾乎上了柯南的當而暴露組織的情況，幸由琴酒發現而得以彌補。
聲優：立木文彥
初登場：漫畫：Vol.1 File.1 《平成的福爾摩斯》TV：001雲霄飛車殺人事件
代號：苦艾酒（Vermouth 也有譯為貝爾摩德）
姓名：克莉絲·溫亞德
年齡：29歲
職業：演員
擅長：易容、射擊
名言：A secret makes a woman woman
簡述：組織重要人物之壹，長得相當漂亮，頭腦冷靜，判斷力強，是組織中相當有實力的人，習慣於單獨行動。深受組織"那位先生"的寵愛。曾化裝成克莉絲·溫亞德，美國著名女演員和其母親莎朗以及蘭學校的新出醫生，時而復出，時而隱退，行跡與想法都無法掌握猜度，精通易容術，真實身份應該是其母親莎朗.賓亞，NY事件中變裝成銀發殺人犯 。把赤井秀壹的存在視為銀制子彈的危險。頭腦好、槍法高明 。 在組織中負責收集重要的情報、她還是組織BOSS所中意的人。變裝成新出老師、刺探出宮野誌保（灰原哀），然後除之。好像非常痛恨宮野誌保的雙親所研究的東西。 可能也吃過APTX4869。二十年前殺死FBI探員朱蒂的父母，留下了壹個帶有指紋的眼鏡，並因此而暴露身份。曾經幫過黑暗組織的壹名成員Pisco壹回，壹直在追查組織的叛徒雪莉，身手、智慧都堪與和琴酒媲美，大概還在其上。種種詭異的舉動總是能讓人感到不寒而栗，但是對柯南和小蘭又極力的保護，似乎有叛變組織的傾向。聲優：小山茉美
初登場：漫畫：Vol.24 File.8 《漆黑的葬喪行列》TV：176—178與黑暗組織的再會
代號：黑麥威士忌（RYE）
姓名：赤井秀壹（あかい しゅういち akai shuichi)
化名：諸星大
聲優：池田秀壹
年齡：不詳。推測大約為28—30
愛車:雪弗萊C1500（黑色皮卡）
初登場:TV230 充滿謎團的乘客(前編)
簡述：神秘的FBI特工，以青山剛昌偶像紅色彗星“夏亞”為原型創作的人物，宮野明美的男友，為進入組織曾接近明美，不過假戲真做陷入情網，後無奈與其分手，似與明美的妹妹誌保有很深的關系。在組織待過三年，逐漸嶄露頭角成為重要骨幹成員，又因FBI安德魯·卡邁爾的失誤被迫逃離組織，之後回到紐約，追擊VERMOUTH，與黑組織的幾次交手都呈現較大的優勢，多次從槍口下就出灰原、柯南、毛利、JUDIE、JAMES等人，組織BOSS及GIN認為他是可以射穿黑組織心臟的銀色子彈(SILVER BULLET)，是壹個頭腦壹級，身手壹級，槍法壹級的人。平時總戴黑色針織帽，（492集受傷時沒有戴），和GIN同為左撇子，在漫畫單行本57—58與組織會擊，為保護水無憐奈的臥底身份不被泄漏壯烈犧牲，不過大多數人認為這不過是個幌子，是青山掩人耳目的壹招，File·622初登場的大學生沖矢昴，身上有令灰原事兒感到極其恐懼的“味道”，（File·622-624），住在工藤家，身手很好（File·638），推理能力很強（File·638），基本可以判斷他是秀壹沒錯了。
代號：龍舌蘭(Tequila，死亡)
姓名：不詳
簡述：組織人物之壹，關西口音的大漢，在壹次在和滿天堂公司職員交易的時候因拿錯箱子被誤炸而死。曾與電腦工程師板倉卓接觸過。
初登場：漫畫：Vol.12 File.4 《突如其來的遭遇》TV：054 電玩公司殺人事件
代號：皮斯克(Pisco，死亡)
姓名：枡山憲三（升山繪三）
年齡：71歲
職業：汽車公司董事長
簡述：組織人物之壹，原名枡山憲三，身為汽車公司老板的他是經濟界的巨子,同時也是為組織長年工作的老成員。他是宮野誌保的父親宮野厚司的好友，所以經常能聽到壹些開發中的藥物的事情。與組織老大關系密切，封住有受賄嫌疑問題的政治家吞口重彥口的人。暗殺宮野誌保失敗。之後在漫畫《背叛的街角》中，哀悼會上舉槍射殺目標人物--另壹組織成員吞口重彥時被在場記者拍到。因過多的失敗，被琴酒所殺。
初登場：漫畫：Vol.24 File.8 《漆黑的葬喪行列》TV：176—178與黑暗組織的再會
吞口 重彥 （死亡 ）
性別：男
年齡：56
黑心政治家，因收受大額賄賂被警方盯上，被警察逮捕前，為封其口，終被皮斯可所殺。
初登場：漫畫：Vol.24 File.8 《漆黑的葬喪行列》TV：176—178與黑暗組織的再會
代號：卡爾瓦多斯(Calvados)
姓名：不詳
簡述：組織人物之壹，似乎是苦艾酒的助手，是個槍法很準的狙擊手。所持來福槍、手槍、獵槍等各種武器。最喜歡用的是獵槍。頭次出場帶著3把槍，之後就被赤井秀壹打斷雙腿然後在自己被捕前自殺了。真是個倒黴的家夥，連個面都沒露，連句話都沒說出來……不過在2006年的SP TV425 黑色沖擊！組織墨爪伸來的瞬間 中，在組織成員chianti和korn的回憶中出現過壹個剪影，大約是壹個戴眼鏡的瘦高個子。但被赤井秀壹所擊中
初登場：漫畫：File.433 《面具下的真相》TV：345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件
- 板倉 卓 - 日本
有才能的系統引擎開發者。利用其能力為組織情報收集制作了系統軟件，但因為相馬竜介的原因，被殺害了。
代號：雪莉(Sherry)
姓名：宮野誌保
化名：灰原哀
年齡：18
簡述：組織科學家宮野厚司的次女。美國留學後在組織裏負責開發APTX4869，是組織裏的"紅人"（琴酒語）。但在組織殺害她的姐姐宮野明美後放棄研制作為抗議。在被組織處決前服下APTX4869自殺，卻變回小孩並逃出組織。現在化名灰原哀住在阿笠博士家中，和柯南壹起生活並躲避組織的追殺。曾經在壹次哀悼會中被皮斯克認出，並在短暫變回宮野誌保後被琴酒槍擊。多虧得到柯南的幫助才得以逃出。 後來在動畫345中身份暴露，被Vermouth發現。但是至今為止不為Gin等其他成員所知
初登場：TV 129 來自黑暗組織的女子
聲優：林原惠美
代號：基爾(KIR)
姓名：本堂瑛海
化名：水無憐奈
簡述：CIA特工，為破壞組織而打入內部。她的父親伊森.本堂也是偵辦組織的CIA特工，在女兒身份暴露後自殺，並偽造成審問基爾卻反被她所殺的假象，使本堂瑛海躲過了組織的懷疑並得到"那位先生"的信任。她平時的身份是日賣電視臺的主持人。在壹次暗殺政要的行動中因為事故被FBI當作組織成員擒獲，並壹直在醫院偽裝昏迷。直到她"蘇醒"後FBI才知道她的真實身份，並且將她送回組織繼續完成任務。但在剛回去不久時，在琴酒的要求下殺死了赤井秀壹。不過很多人懷疑這只是做給琴酒的戲而已。
初登場：TV 425 黑色的沖擊！組織魔爪伸來的瞬間
聲優：三石琴乃
代號：基安蒂(Chianti)
姓名：不詳
簡述：組織的優秀狙擊手，據說有狙擊600碼外目標的能力。因為苦艾酒的行動害死了卡爾瓦多斯，對她非常反感。
初登場：TV 425 黑色的沖擊！組織魔爪伸來的瞬間
聲優： 井上喜久子
代號：科恩(Korn)
姓名：不詳
簡述：組織的優秀狙擊手，和基安蒂是搭檔，射擊能力也與她不相上下。似乎和之前死去的卡爾瓦多斯關系很好。同樣反感苦艾酒
初登場：TV 425 黑色的沖擊！組織魔爪伸來的瞬間
聲優：木下浩之
代號：波本(Bourbon)
姓名：不詳
簡述：謎壹樣的組織成員，對他的認識只少可以說僅次於那位先生。最早的“登場”來自於水無憐奈在返回組織後給FBI的壹通電話中。水無憐奈提到組織為尋找雪莉而派出了強大的偵探。這名偵探很可能是組織高層人物，但是連水無憐奈也沒有聽說過，而他的代號就是波本（Bourbon ，壹種烈性美國威士忌）。在隨後的漫畫中，可以感受到波本已經出現在柯南的周圍。但並沒有被明確地指出。有人認為沖矢昴就是波本，但他也可能是赤井秀壹假扮的。因此，這個人物雖然應該已經出現過了，但他究竟是誰還是壹個謎。
初登場：存有疑問，動畫尚未出。
姓名：邵淵己壹郎（死亡）
簡述：組織底層人物之壹，組織的壹員，是末端的末端的人物。組織教他壹系列的殺人手法，以協助優秀的殺手作案。但是他達不到預期的培養效用， 就被送到宮野誌保處來作實驗對象。後來在作人體實驗前逃跑。後被警察逮捕判了死刑。
初登場：漫畫：Vol.19 File.7 《錢包疑雲》TV：118 浪花連續殺人事件
姓名：宮野 厚司（死亡）
簡述：宮野誌保的父親，科學家。在科學界以"被業界驅逐的瘋狂科學家"而知名。在發表會類的活動中遇到過阿笠博士，並表示過對阿笠博士的發明的興趣，是個相當直爽的人。在組織中與妻子壹起進行"使死者復活的秘密藥物"的研究，在實驗中因事故死亡（根據組織的報告）。在《夕陽染紅的女兒節人偶》中被小哀提到。
姓名：宮野 艾理娜（死亡）
簡述：宮野誌保的母親，可能是英國人。從英國到日本留學時遇到厚司，此後結婚。雖然跟阿立博士見過面，但因為其寡言少語，所以留下了不知道在想些什麽的印象。雖然在組織中被稱為地獄的墜落天使（HELL ANGEL）、但把錄有自己聲音的錄音帶委托給宮野明美交給女兒誌保。錄音帶裏反映出其對女兒誌保的事情非常重視的想法。 性格憂郁陰沈，小哀的陰沈是她的遺傳？與丈夫壹同死亡。還有很多未可知之處，但是從留給女兒的錄音帶中可以了解到她其實很關心小哀。 在《金錢買不到的友情》中被博士提到。
姓名：宮野明美（死亡）
化名：廣田雅美
年齡：24-25
簡述：宮野誌保的姐姐，黑暗組織的基層成員，赤井秀壹的女朋友。參與了黑暗組織10億元搶劫案，得手後因背叛組織被琴酒所殺。和妹妹誌保不同，因為是基層成員，所以可以像正常人壹樣生活，但其實是在組織的監控下。是為了讓誌保脫離組織，作為交換條件，才加入組織的。為了逃避組織的追查，自己有壹間秘密住所，為了自己和妹妹能夠脫離組織，參與了搶劫10億元的案件，最後被Gin殺死。
初登場：漫畫Vol.2 File.6 《追蹤高大的男人》TV：128 黑暗組織10億搶劫事件
聲優：玉川紗己子（赤井秀壹配音池田秀壹的妻子）
- 原 佳明 - 日本 遊戲工程師。因為入侵黑衣組織電腦被GIN所殺害。
初登場第五部劇場版——通往天國的倒數計時。
FBI:
赤井秀壹 (akai shuichi) 聲優：池田秀壹
很神秘的人物，亦正亦邪，動向不明，給人的感覺也是很冷酷， 常出現在柯南壹行人的附近。 本來是長發，後來因為被女朋友甩了，所以把長發給剪了。不過他曾冷酷地誓言要讓那個女的付出代價……現在他的女友還是未知。和Gin壹樣是左撇子，不知兩人間有何關系。最新的情節表明他是FBI的成員之壹，本領很強，被黑暗組織的頭目稱為“銀色子彈”，但是仍有很多的謎團。赤井秀壹的原型十有八九是《機動戰士高達》中的夏爾·阿茲納布爾，應該不會錯吧。夏爾的別名是“紅色彗星”——赤井，聲優是池田秀壹——秀壹。青山老師非常喜歡夏爾，以致高中時代的文化祭中還作過夏爾的軍服。也不知是青山老師指名還是註意到這點的制作者排定的，赤井秀壹的聲優也是他的聲優池田秀壹先生。
朱蒂·桑特米蘭 （Jodie Saintemillion） 聲優：壹城みゆ希
帝丹高中二年級B班（也就是小蘭、新壹他們班）新來的英語老師，美國人。對於電動非常著迷、是個遊戲高手，槍法精準。身手了得，功夫有多深無從知曉。家住壹幢豪華大廈的21樓4號，最愛喝雪莉酒。平時裝出壹副什麽都不懂的傻樣子，實際上卻是很有心計，常常會在壹些非常時刻說出壹些個讓人百思不得其解的意味深長的話來，屬於真人不露相的那種人。似乎跟FBI有著某種特殊關系。喜歡趁人不註意偷拍人家的照片。柯南與平次都已對她起了疑心，經過壹番調查，覺得她雖然舉止很奇怪，卻並不像個壞人。總之是個渾身都充滿著神秘色彩、不可捉摸的家夥。最新的劇情表明了她是FBI的成員之壹，到日本是為了尋找殺父仇人Vermouth的下落。
詹姆斯·布蘭克 （James Black） 聲優：家弓家正
表面上是壹個慈祥的老人，相貌跟著名馬戲團的團長得很像，喜歡獅子，收集了很多獅子的物品，出生於英國貝克街（就是福爾摩斯住所的所在街道），而在美國芝加哥成長。跟赤井秀壹是舊識，認識朱蒂，似乎是FBI的長官之類的人物。姓名不知道是不是化名，不過令人很在意。灰原註意到的是「Black」，而柯南在意的則是「James」。