跟蹤著幾個小鬼，李逍遙乘著飛劍來到羅剎洞。在洞的深處，遇見羅剎鬼婆，並於之決壹死戰。由於羅剎鬼婆實在難以對付，李逍遙最終告敗。
杭州]
當李逍遙醒來，發現原來是嬸嬸把他叫起來了。嬸嬸責備李逍遙不務正業，就叫李逍遙出去接待客棧的客人。客棧來了三名黑苗族人，並包下了整間客棧。李逍遙下樓，嬸嬸叫李逍遙趕走門前賴死不走的醉漢並到廚房幫她把酒菜送上給客人。醉漢要求喝壹口酒就走，李逍遙實在沒有辦法，就先去幫嬸嬸端酒菜。從客棧西面的廚房端桂花酒和肉菜出來，送上給黑苗的兩個手下，可他們嫌桂花酒無味，把桂花酒退回給李逍遙。李逍遙得到桂花酒，於是給樓下可憐的醉漢喝壹口好打發他走，沒想到醉漢壹口就把酒喝光。李逍遙向醉漢索賠，醉漢答應教李逍遙壹套劍法作為賠償，並約李逍遙晚上在十裏坡山神廟見。醉漢走後，嬸嬸把李逍遙呼進廚房，並叫李逍遙到集市買些新鮮蝦回去。
李逍遙走出客棧。[可選劇情：遇見秀蘭，並得到秀蘭送的布鞋]來到集市[可選劇情：來到集市入口東面人家，聽主人談他年輕時的江湖故事]，和集市上每個人都聊了聊，聽說了壹些關於仙靈島的故事。當李逍遙回去的路上，遇見慌忙趕來的秀蘭，秀蘭告訴李逍遙嬸嬸病了，於是李逍遙趕回客棧。
在客棧樓下第壹間房間嬸嬸房間裏，洪大夫和王小虎已經來到了。洪大夫表示嬸嬸生還機會很渺茫，但李逍遙堅決要救嬸嬸，於是王小虎介紹李逍遙去壹趟仙靈島，向仙女姐姐要仙丹救嬸嬸。李逍遙正要出發，在客棧門口遇見黑苗人首領，黑苗人首領表示同情李逍遙，並給李逍遙可以打開通向仙靈島道路的破天錘和可以防瘴氣的丹丸（忘憂散）。[可選劇情：來到洪大夫家，洪大夫送給李逍遙靈山仙芝]李逍遙出發，來到集市找到張四哥，在張四哥駛船下，李逍遙來到仙靈島。在蓮花池上，按黑苗人說的，用破天錘打破六座石象，隨之壹條通向遠方的路出現，李逍遙沿路進入島內。
在島內壹個池塘邊，李逍遙發現壹正在沐浴的仙女（趙靈兒），於是盜了趙靈兒的衣服，並表示若趙靈兒答應給李逍遙仙丹就會歸還衣服。趙靈兒答應了，出浴後以雷咒攻擊李逍遙。李逍遙求饒，並說明來求藥的原因。趙靈兒發現李逍遙身世與自己相似，於是同情李逍遙，並答應給李逍遙紫金丹。來到水月宮，李逍遙拿到紫金丹，並開始了解趙靈兒。正準備開離開水月宮時，遇見了趙靈兒的姥姥。姥姥責備趙靈兒帶陌生人進來，並要殺李逍遙，趙靈兒上前阻止，並敘述被李逍遙發現沐浴的經過。姥姥威逼李逍遙留在水月宮並取趙靈兒為妻。當晚李逍遙和趙靈兒成親。次日，趁姥姥不在，趙靈兒幫助李逍遙離開水月宮。
李逍遙回到客棧，給嬸嬸服下紫金丹，隨之忘憂散發作暈倒，被醒來的嬸嬸叫醒，此時已經忘記了到仙靈島壹事。晚上，回到自己房間的李逍遙忽然想起昨天和醉漢的約定。為了出客棧而不被嬸嬸發現，李逍遙從之前做好了的秘道離開房間，在出門時遇見了準備到水月宮抓人的黑苗人，但毫不知情。
離開客棧[可選劇情：來到秀蘭、香蘭家，發現丁大伯哮喘病發作，急忙請洪大夫過去；和香蘭交談，得知十裏坡怎麽走]，通過十裏坡來到了山神廟。醉漢傳授禦劍術於李逍遙就裏去，李逍遙得知醉漢為酒劍仙。
離開山神苗回去時已經是早晨，在回去的客棧的路上，李逍遙遇見兩個問路的白苗女子（大概也是為趙靈兒而來，可惜慢了壹步）。來到客棧，黑苗人已經回來，占用了李逍遙的房間，並派了手下看守房門。李逍遙覺得可疑，於是從秘道進入房間，發現有壹麻袋，而袋裏裝著就是趙靈兒。醒來的趙靈兒哭聲驚動了黑苗手下，於是李逍遙和趙靈兒與黑苗人交戰，並打退了黑苗人。李逍遙找張四哥幫忙，和趙靈兒回到水月宮救姥姥，可惜發現姥姥已經挺不住了。姥姥交代李逍遙照顧趙靈兒並帶她去苗疆大理城找娘親後死去。兩人回到客棧，黑苗首領帶著兩手下與兩主角交戰。黑苗首領眼看要戰敗，此時嬸嬸回來，於是黑苗首領企圖以嬸嬸做人質要挾兩主角，沒想到被嬸嬸用穿雲掌擊敗。當夜，嬸嬸了解了趙靈兒和李逍遙的關系，並決定把鐵劍和飛龍探雲手授與李逍遙，讓李逍遙帶趙靈兒去找娘親。
兩主角來到碼頭，乘坐開往蘇州的商船來到蘇州。
[蘇州]
剛上岸，就發現壹有錢人家女孩（林月如）正在教訓準備私奔的壹對家奴，李逍遙和趙靈兒上前阻止，救了兩家奴並把林月如綁在樹旁。沒想到就在兩主角準備進城時，林月如被兩淫賊攻擊，兩主角回去消滅淫賊解救林月如並表示道歉，不料憤怒的林月如忽然壹劍刺傷了李逍遙，之後慌忙離開。趙靈兒使用還魂術救了李逍遙性命。
進城後，發現全城都在討論林家比武招親的事。在壹家客棧的賭場他們發現壹男子（劉晉元）被毆打。主角上前打退了惡人救了劉晉元。劉晉元為感謝主角，晚上設酒菜與主角交談至天亮，然後離去。喚醒睡著的趙靈兒，離開客棧遇見算命仙，表示給主角算命，不靈不要錢。算命後李逍遙表示不相信，於是沒付錢離去，來到林家比武招親現場觀戰，不料被林家千金林月如發現並要李逍遙上臺較量。無奈的李逍遙只好應戰，並打敗的林月如，被林天南（林月如父親）招入林家。林天南打發走了前來要求取消親事的劉晉元，安排了李逍遙在東廂房休息，趙靈兒在西廂房（就在月如的房子旁邊）休息。李逍遙來到西面的西廂房會見了趙靈兒，出來到花園，在丫環告知下，來到花園找到林月如並交談成親的事情。離開花園時壹丫環告知李逍遙林天南在大廳等他。林天南請來了算命人幫李逍遙算命，剛完畢就聽到丫環慌忙前來告知在趙靈兒房間發現有半人蛇妖怪，趙靈兒也不見了。李逍遙趕到西廂房，和林月如壹起進入趙靈兒的房間，發現半人蛇妖怪，妖怪撞槍離開了林家，李逍遙沖出去追尋趙靈兒下落。林天南聽丫環述說那妖怪就是趙靈兒，並要求馬上取消婚事，但林月如反對，也離去尋找李逍遙。
李逍遙在路上遇見林月如，兩人結拜兄妹後來到壹直被傳有蛇妖出沒的隱龍窯尋找趙靈兒下落。通過繁復雜的迷宮最終找到蛇妖家府上，並與蛇妖男交戰。蛇妖男詐降被林月如識破，並被林月如所殺。兩人進入洞中發現許多被捉到洞中做雜工的女孩，但就是沒有找到趙靈兒。狐妖女聽說丈夫蛇妖男被主角所殺，於是和主角交戰，不料也敗在主角刀劍之下。主角們拿到繳獲的石鑰匙，打開了同向洞外的石門，並逐壹告知洞內被抓來的女孩，把全部女孩都救出洞。
[白河村]
失望的李逍遙離開山洞，卻不留神，差點被壹狐貍襲擊。幸好林月如幫忙把狐貍打退。兩人來到白河村。村內，主角發現村民正被僵屍威脅著生命。在村的東面韓醫生的家發現趙靈兒。韓醫生告知需要六神丹治療趙靈兒的病，兩人取得藥方，找到門外的藥童。藥童告知主角們需要活鯉魚、銀杏子、鹿茸和何首烏等幾樣重要藥材。李逍遙分擔尋找鯉魚、銀杏子和鹿茸的工作，其他藥材由林月如分擔。林月如決定回家取藥，於是沿原路，通過隱龍窯回到林家，遇見正在修理被撞破的房墻的家奴。林月如叫家奴回去取藥材但不能給林天南知道。
李逍遙到韓醫生家的後面摘到銀杏子，出村在山路上，用路上的捕獸夾捉到梅花鹿，取其鹿茸後把鹿放生。回到村中，來到壹漁民家借漁竿，但漁民表示漁竿被孩子阿毛拿去玩了，可是找到阿毛時卻發現他正因為弄丟了漁竿被其娘親責備。李逍遙在河邊的樹林裏找到了漁竿[註意：若剛來到白河村就馬上到漁民家，可以馬上借到漁竿]，再到村西南邊的魚塘釣到鯉魚。回到藥童那發現林月如已經到了。藥童熬好六神丹，李逍遙和林月如進入韓醫生家讓趙靈兒喝下，趙靈兒醒來。為了表示謝意，三位主角表示願意為白河村消滅僵屍。韓醫生女兒韓夢慈告訴主角們先到玉佛寺請方丈幫忙。
三人從白河村西北的木橋離開，走到第二個分叉山路，向西北走，忽然遇見壹只老虎。把老虎消滅後，眾人來到玉佛寺。小和尚化作方丈與其他和尚逼主角成佛，於是三位主角和方丈等人開戰。戰勝後才知道壹切為小和尚所為。小和尚化作玉佛珠，被起名小石頭，裝配到趙靈兒身上願意幫助主角們消滅僵屍，眾人離開玉佛寺，玉佛寺也隨之消失。
回到山路的第二個分叉口往東北方向進入黑水鎮，壹路殺退僵屍來到將軍墓入口，進入將軍墓。
在墓內，通過復雜的迷宮，最終找到將軍屍體所在。眾人與將軍屍體展開激烈戰鬥。戰鬥勝利，地面忽然凹陷壹個大洞，三人掉入地洞中。
等三人醒來，發現置身與血池邊。壹路跟蹤，最終找到僵屍所源赤鬼王。三人與赤鬼王做生死戰鬥，最終消滅赤鬼王，並從他身上獲得土靈珠和引路蜂。眾人使用引路蜂回到地面，走回白河村，卻發現韓醫生家內韓醫生被綁捆著。解救韓醫生後，韓醫生述說有黑苗人把他綁住了，並帶走了韓夢慈到了鬼陰山。主角決定再次出發解救韓夢慈。再次從白河村西北的橋出去，來到山路的第壹個分叉口向左走，不久來到鬼陰山口。戰勝看門的守衛後，眾人進入鬼陰山內。
通過重重迷宮，最後上到山上的神殿。在大殿內發現韓夢慈被鐵籠關著，正要上前解救，卻遇石長老埋伏。眾人與石長老戰鬥，卻戰敗收場。趙靈兒無奈之下願意跟石長老離去換來保存李逍遙和林月如的性命。林月如和韓夢慈被關在鐵籠內正煩惱怎麽救醒籠外正昏迷的李逍遙時，阿奴再次出現，使用禦蜂術的蜂毒與李逍遙體內毒素以毒攻毒，再給李逍遙服用藥物後離去，隨之韓醫生帶手下來到解救了眾人。李逍遙和林月如繼續出發追尋趙靈兒下落。
[揚州城]
沿山路出來，兩人來到揚州城[可選劇情：遇見問路的蓋羅嬌]。揚州城正被女飛賊所困惑，戒備森嚴，兩主角進去後就不允許出來了。[可選劇情：兩人來到城中壹位打鐵的老伯家，和他說話，他會幫妳鑄劍（前提是嬸嬸給李逍遙的布包內的生繡鐵劍還在），要2500元。付錢後去完成捉女盜賊的任務。再回到老伯家，便可以拿到青鋒劍]兩主角找到壹件客棧住下，遇見壹美麗女子（柳媚娘）迷昏眾醉人的事情，兩人進入樓上最右邊的房間。晚上忽然聽到住同層的壹古董商驚叫財物被盜，主角出房間發現女飛賊。兩人和女飛賊初初交手，女飛賊就帶著古董商的包袱逃跑了。主角們從女飛賊離開的地方追出去，壹路沿城墻追蹤，最終找到女飛賊並與之在交戰。交戰不久，天亮了，女飛賊放棄包袱跳下城墻離開。兩人帶著包袱回到客棧，把包袱歸還古董商，古董商發現包袱中少了紫金葫蘆，於是去報官。兩主角離開客棧來到昨晚女飛賊逃離的城墻下方，來到壹有錢人家。女主人（女飛賊）故意引誘李逍遙，離間他和林月如，使林月如嫉妒心起，生氣的離開了女飛賊家，並上到屋頂鬧情緒。李逍遙追上城墻，找到林月如道歉，卻發現女主人偷偷摸摸地把壹包袱扔進她家旁邊的那口井內。兩主角覺得可疑，於是下城墻來到井邊，並進去調查。從井內兩主角找到很多寶物，並最終找到紫金葫蘆，隨之離開井，不料幾個衙門的已經在井邊等待，把主角們當作女飛賊同夥抓拿歸案，兩主角才發現上當了。
在衙門，由於林月如出身高權貴的林家，衙門判官不敢對其施刑，於是逼李逍遙招供。李逍遙忍不住拷打，願意找到真正的女飛賊歸案換他們清白，判官同意，於是暫時關押林月如，讓李逍遙去找。李逍遙離開衙門[可選劇情：到衙門右側面的監獄看望被暫時關押的林月如]，來到女飛賊家（此時家中無人），偶然發現房子左邊有壹機關，踩下去後墻上的屏風移開，出現壹秘道。李逍遙進入秘道再次來到井底，發現了女飛賊並真正把她戰勝，捉拿歸案，林月如得到釋放。兩人得到離開揚州的特許。主角們走出衙門[可選劇情：到衙門右側面的監獄見被關押的女飛賊]，離開揚州城。
[蛤蟆谷]
從蛤蟆谷山路上山[可選劇情：遇見揚州見過的古董商中毒的屍體，並從他身上拿到布包]，途中遇見壹書生請求保護他上山。主角收取書生的報酬後繼續上路，途中遇見前來警告山路危險的蜀山劍聖，書生被嚇倒，決定回去。走到山上發現橋已斷，又在壹山洞口發現柳媚娘。主角們進山洞，卻被柳媚娘拒絕通過而被迫出洞，但兩人商量後覺得事情可疑，於是再次進洞，發現柳媚娘不見了。兩主角進入山洞深處，最終遇見柳媚娘，並發現她原來是蛤蟆精。兩主角與柳媚娘及其兒子（壹只很巨型又惡心的蛤蟆）開戰，最終戰勝[可選劇情：從蛤蟆屍體剖開取得五毒珠]。繼續出去離開山洞。
[京城]
在山路上，遇見壹白苗人開的食店，店主蓋羅嬌招待主角兩人，這時候石長老帶著趙靈兒經過，蓋羅嬌為了不使兩主角陷入戰場，於是迷昏了兩主角。蓋羅嬌領兵與石長老對戰，石長來眼看敵不過，於是使用絕招赤血毒焰與眾人同歸於盡，蓋羅嬌曉幸生還。路過的劍聖見狀，以為眾人為趙靈兒所殺，於是捉走了趙靈兒。趙靈兒的呼喊聲驚醒了昏迷的兩主角，兩人出來救醒了蓋羅嬌。蓋羅嬌敘述事情發生後離去，兩人進入京城區，遇見了林月如的阿姨雲姨，並得知劉晉元得了怪病，眾人乘船進入京城。
來到尚書府[可選劇情：左邊數起第二位門衛阿輝請求主角幫他送情書給阿香姑娘，進房子把情書給阿香，阿香把壹玉佩托妳帶給阿輝，但阿輝卻說不是他的。把玉佩出示給右邊數起第二位門衛阿德，他會表示是他的玉佩並收回，然後主角再次進去把事實告訴阿香]，和雲姨見面後，從房子左邊的出口來到後花園劉晉元房間，發現劉晉元正病倒在地，劉晉元夫人彩依急忙來到，並給劉晉元服藥，劉晉元熟睡過去，彩依以劉晉元要休息為理由，把主角請了出去。兩人離開劉晉元房間，遇見丫環告知去用餐。午餐過後兩人到京城遊玩（可向雲姨拿到贊助）[可選劇情：京城街尾壹人家女主人向妳打聽古董商的事情，主角把從古董商拿到的布包環給女主人，女主人把紫金葫蘆送給了主角，並且主角學會了靈葫咒][可選劇情：京城街尾壹乞丐向主角討錢，二人不給，並詢問乞食原因，得知其妻子嫣嫣在怡紅院做妓女，於是李逍遙到打怡紅院，在二樓問過遞水的姑娘後在二樓最右方找到嫣嫣姑娘，卻發現事情完全和乞丐所說相反。於是兩主角回到乞丐那教訓教訓他。][可選劇情：遇見在揚州的算命仙。李逍遙認為算命仙的預言很準，於是補交了錢。]。在橋邊有壹乞丐，要向主角賣消息，要求收取主角身上壹半的錢，主角答應後得知很多關於彩依的秘密，但認為是謠言[可選劇情：乞丐還會向妳賣第二則消息，關於怡紅院的瑩姑娘，但主角再去怡紅院找瑩姑娘時，發現原來是個肥婆]，準備離開，遇見尚書府的丫環慌忙前來通知兩主角回去尚書府有急事。李逍遙和林月如回去後發現原來是林天南到來。林天南要求和李逍遙過招，來到了後花園的黑蜘蛛森林入口前，但最終無法戰勝李逍遙認老而歸。林月如找到李逍遙又遇見了彩依，於是兩主角再次來到劉晉元房間，發現劉晉元不願意喝藥，認為彩依是在害他，彩依無奈，使用仙術使劉晉元熟睡過去，然後離開。躲在屏風背後目睹壹切的主角出來喚醒了劉晉元，劉晉元馬上出去找雲姨要告狀彩依。來到後花園，劉晉元遇見了雲姨，述說了壹切，雲姨讓丫環安置了劉晉元，找兩主角幫忙請法師給劉晉元檢查。兩人拿到雲姨給的錢後來到尚書府門前的酒家，上到二樓，找到了法師，並帶到尚書府劉晉元房間檢查，卻被妖術玩弄而嚇跑了。兩主角離開房間，發現整個後花園被迷昏香氣所彌漫，眾人以昏迷，兩主角屏住呼吸沖出尚書府。在尚書府門口的池塘上發現壹“浮屍”，於是好心把他撈起來，卻發現原來是酒劍仙。酒劍仙醒來也覺察到尚書府內有妖氣，於是要主角到屋內找蠟燭、符紙、檀香和酒（酒要自帶或到集市買）給他做法事。物品拿齊後來到尚書府後花園的祭臺，酒劍仙開始發功，卻呼呼醉暈過去了（此時花園的迷昏香氣已經消失），林月如自己出去找妖精，李逍遙也跟著出去，在後花園中遇見林月如正對付變成蝴蝶精的彩依，李逍遙也加入戰鬥。彩依中途抱起劉晉元飛入了黑蜘蛛森林，兩人跟著來到黑蜘蛛森林，並遇見彩依和毒娘子壹起，得知誤會了彩依，於是兩人上前和毒娘子戰鬥。毒娘子不敵兩主角，於是變為毒蜘蛛精形態戰鬥，正當主角們戰鬥地疲憊不堪，忽然天上飛來酒劍仙飛劍插入了毒蜘蛛精頭額，消滅了毒蜘蛛精並從她身上拿到了雷靈珠。由於毒蜘蛛精死去，無法解劉晉元的毒，彩依把自身千年道行註入劉晉元體內以換取劉晉元十年生命，自身變回壹普通的蝴蝶，在回憶中離開（過去劉晉元曾經把蝴蝶形的彩依從毒蜘蛛精的網中救出，不振被毒蜘蛛精咬了壹口。彩依為了報恩才變成人形照顧劉晉元）。
事情結束，酒劍仙要回蜀山，兩主角知道劍聖也在蜀山，為追尋趙靈兒下落，於是和酒劍仙壹起乘飛葫蘆來到蜀山。
[蜀山]
在蜀山遇見了劍聖，找到了小石頭並得知趙靈兒被關到鎖妖塔去了，主角兩人決定啟程到禁地鎖妖塔解救趙靈兒。酒劍仙眼看無法勸說李逍遙，只好把雷靈珠送給李逍遙，並把酒神咒、醉仙望月步和仙風雲體術傳授給李逍遙，作為師徒間的禮物。兩主角出發，通過鐵鏈陣來到鎖妖塔。
[鎖妖塔]
從鎖妖塔頂層出發壹直向下層走，中途遇見蜀山弟子的靈魂得到七星劍，蜀山弟子誤認為李逍遙是蜀山弟子卻來此禁地，於是替蜀山處罰李逍遙，但最終戰敗於李逍遙和林月如，靈魂也因此得到解放，其女兒姜婉兒出現答謝兩主角。隨後在下面層解救了天鬼王，天鬼王要以吃了主角們作為報答（很奇怪的報答方式），但最終被主角勸服，以幫兩人打開通向下壹層的通道作為報答。來到該層北面，天鬼王出現打開了通向下層的大門。之後還遇見了沈思鬼阻攔路，無奈主角們在該層找到了自認為聰明過人的書中仙幫忙解答了沈思鬼的疑問，最後通向底層七星盤龍柱。在那裏，李逍遙終於遇見了變成蛇身地趙靈兒，鎖在其中壹龍柱上。傷心的李逍遙回憶起過去的事情，並想起被忘憂散所忘卻的記憶。兩人解救了趙靈兒下來，卻招到鎮獄明王的阻止。三人合力打敗鎮獄明王後，天鬼王等妖怪出現，表示佩服主角們，並希望他們能想到離開鎖妖塔方法。書中仙告知主角們從化妖池水底擊破所有龍柱就能解救大眾，於是三人到附近找到進入化妖池入口，進入水底並消滅所有盤龍，鎖妖塔隨之崩潰。天鬼王和眾小妖順利逃離；姜婉兒更來到尚書府門口，被雲姨收留，但主角三人，林月如在救李逍遙和趙靈兒時被壓下來的碎石壓倒。
[神木林]
李逍遙夢見林月如後醒來，發現在聖姑家（三人被劍聖救起）。聖姑告知李逍遙趙靈兒懷孕並受傷了，需要李逍遙找需要鳳凰蛋殼、麒麟角做藥材醫治，但林月如已經無法救治。李逍遙在林月如遺體前大哭。聖姑送走了劍聖，李逍遙也出發先到神木林找鳳凰蛋殼。千辛萬苦找到鳳凰並把它趕跑並得到風靈珠，卻被阿奴偷走了鳳凰蛋。李逍遙追阿奴，不振被掉到樹下。阿奴用賣魂術救醒了李逍遙，阿奴知道李逍遙的目的後答應鳳凰蛋孵出小鳳凰後才把鳳凰蛋殼給李逍遙，但要李逍遙協助她到樹洞偷木道人收藏的寶物。進入樹洞中，來到寶物收藏地卻沒有找到水靈珠，只好拿了其他寶物後離開。[可選劇情：欲進入桃花源，發現很大霧無法通過，於是使用風靈珠吹散大霧，在桃花源找到桃源村，遇見阿桃等人並得知村長被木道人抓去了，於是啟程找木道人。途中遇見宋公子，在他指引下找到木道人並消滅了他，救出了村長。村長成全了宋公子和阿桃姑娘的這壹對，並為了感謝主角兩，贈送了壽葫蘆，之後村民全部變回桃樹，主角們也離開桃花源]回到聖姑家，得知阿奴是聖姑徒弟。之後兩人起程去大理城。從聖姑家出來的東北面的樹洞進去，上山後走過木橋就來到了大理。
大理]
到達大理，此時大理正泛旱災。[可選劇情：麒麟洞門口的壹戶人家，壹男子向主角兜售仙劍，並要求主角用身上全部的錢購買。但購買後，男子馬上開溜，兩主角才發現上當受騙了。]阿奴和李逍遙試圖進入麒麟洞，可惜被兩個守衛拒絕。於是阿奴又到大理的東北邊找到娘親（族長）[可選劇情：遇見壹可以村民，發現他為黑苗族間諜，並將他消滅]，又因為他們開會而趕了阿奴出來。但從會場下來發現壹看守麒麟洞的守衛抓到壹黑苗士兵，準備前去報告。阿奴靈機壹動，帶李逍遙再次來到麒麟洞，命令剩下的守衛去找走開的守衛，於是騙走了守衛，進入麒麟洞。麒麟洞中找到火麒麟，並與之戰鬥。火麒麟最終化做人型，了解主角來的目的後送出了自己的麒麟角，並告訴兩人到女媧神殿壹趟。兩人按麒麟老人意思來到女媧神殿，李逍遙在跪拜女媧象時，忽然發現女媧象很象趙靈兒，於是走上石象前，還被吸了進去。李逍遙隨後見了趙靈兒娘親巫後，巫後要李逍遙回去十年前做壹件他應該做的事。
於是李逍遙回到十年前黑苗族地方，遇見了十年前的趙靈兒和她的姥姥正被黑苗人圍困。李逍遙上前殺退了敵人，使趙靈兒和姥姥順利乘鳳凰離開。李逍遙為了掩飾身份，換上黑苗人的衣服，乘黑苗人的船來到南紹此時南紹正泛洪水。李逍遙來到南紹宮殿，發現拜月教主準備號召各黑苗士兵消滅巫後以消水患。李逍遙進入宮殿，從殿內右上角入口進入底下監獄，找到巫後，並勸服了巫後逃生。巫後拜托李逍遙幫她找她的天蛇杖。於是李逍遙上回地面，從宮殿的左上角入口進入地下，把巫後告訴李逍遙的暗號傳達給看守入口的石長老，於是石長老讓妳進去取天蛇杖。李逍遙拿到天蛇杖回到監獄並交給了巫後，兩人正要離開，拜月教主和巫王帶領士兵來到阻撓。拜月教主使用法術逼巫後變成蛇形，李逍遙正想阻撓敵人，被巫後拉著壹同跳入水中。不料拜月教主在水底養了水魔獸，並且在水中會有不滅之身。兩人只好壹直逃走，最後走投無路。巫後使用風咒把李逍遙送上水面，自己和水魔獸同歸於盡。
李逍遙回到地面，卻又遇見追趕而來的拜月教主。正巧石長老也來到，拜月教主命令石長老對付李逍遙，但卻被李逍遙擊敗。石長老不甘失敗，準備使用絕招赤血毒焰，此時鳳凰飛來，抓傷了石長老的左眼並帶走了李逍遙。 （新仙劍奇俠傳中才有這節）
鳳凰把李逍遙帶到了曾經出現在李逍遙夢中的羅剎洞。李逍遙通過了洞內迷宮並找到羅剎鬼婆將她真正消滅。此時林月如忽然出現，並和李逍遙開戰，使李逍遙很困惑。幸好書中仙出來提醒李逍遙這是幻覺與現實的較量，必須相信自己的判斷。於是李逍遙克服了心魔，消滅了冒牌的林月如。此時鳳凰再次出現，把李逍遙帶到了十年前余杭的山神廟。 （新仙劍奇俠傳中才有這節）
李逍遙看見了十年前的自己並告訴他山神廟內有壹受傷女子（趙靈兒的姥姥）請求幫忙。李逍遙進去廟內，女子請求李逍遙拿著鳳紋手絹找靈月公主前來幫忙。李逍遙來到余杭碼頭，向壹商船船主出示鳳紋手絹，商人還原為靈月公主，回去幫助山神廟內的女子。靈月公主和趙靈兒姥姥等人正準備告別李逍遙，李逍遙上前詢問如何結束壹場夢，得知只要完成要做的事情就能回到現實。靈月公主離去，此時李逍遙的嬸嬸前來尋找小李逍遙。李逍遙回到山神廟附近，遇見正在幫嬸嬸尋找小李逍遙的香蘭，隨後李逍遙從山神廟往下走來到自己過去最喜歡去的地方，並發現壹個盒子內裝有水靈珠，此時小李逍遙忽然出現，並收起了盒子。李逍遙提出用木劍交換盒子內的水靈珠，小李逍遙同意，於是李逍遙得到了水靈珠。但還是沒有回到現實。來到碼頭，遇見以為正急於聘請船工的商人，李逍遙閑著沒事做，於是上船幫忙，隨船來到蘇州。在蘇州城門口忽然發現十年前的林天南和林月如，此時四周朦朧，李逍遙回到了現實。
李逍遙回到大理的女媧神店，此時鳳凰蛋已經孵出了鳳凰，得到了鳳凰蛋殼。李逍遙和阿奴回到聖姑家，不久李逍遙和趙靈兒的女兒李憶如出世。聖姑拜托李逍遙從屋後去試煉洞幫忙尋找36個傀儡蠱。李逍遙獨自出發，卻在路上遇見了正在訓練毒獸的蓋羅嬌。蓋羅嬌以為李逍遙前來偷看機密，於是和李逍遙交戰起來。此時阿奴趕到，並向蓋羅嬌解析清楚，兩人才解除誤會。阿奴和李逍遙進入試煉洞[可選劇情：試煉洞內遇到壹太小的洞，主角無法進入，於是阿奴放出自己飼養食蠱鳥進入洞中食蠱。食蠱鳥出洞後會產下很多蠱卵][可選劇情：試煉洞底下每層都有壹座女媧遺跡，每座遺跡中可以找到呼喚神仙的咒文，壹***有五個地點，可以學到五種咒文]，收集足夠傀儡蠱後回到聖姑家交給聖姑。不久趙靈兒康復，加入主角隊伍，開始起程到大理的女媧神殿。來到大理，發現黑苗人前來偷襲，壹路殺敵，主角們來到女媧神殿。
趙靈兒跪拜娘親的石象，女媧象顯靈，並把聖靈珠、聖靈披風和天蛇杖傳授給趙靈兒。三人下壹層階梯，由神殿東北面走去來到祭雨壇。趙靈兒把聖靈珠安放在壇邊的石碑上，壇的四周立即出現四個臺座。把水、土、風、雷、火靈珠擺放在臺座上（不用管順序，只要在物品裏使用這五顆靈珠，珠子就會自動就位。註意，擺放前壹定要卸下裝備的靈珠，否則珠子不會在物品中出現），五靈珠顯靈，趙靈兒念起了祈雨咒文，隨即大雨降臨，大理幹旱大地回復生機，黑苗人以為女媧顯靈，統統慌忙逃跑。
白苗人民馬上召開慶祝大典，不料黑苗派來的地魔獸從地面冒出，三為主角前去消滅之，決定繼續前進徹底消滅拜月教。從地魔獸出現的洞口進去，來到白苗神殿往南紹城地下迷宮。
[南紹城]
通過地下迷宮，三人來到南紹城，在南紹大殿上，趙靈兒在大廳與巫王見面，此時拜月教主出現，並使兩手下與三位主角開戰。戰勝兩手下後，趁眾人不鎮，巫王手變成尖刀，插入趙靈兒後背，趙靈兒受重傷。巫王變成樹精，眾人才知道此巫王由樹精變成，真正的巫王已經被拜月教主所殺。氣憤的李逍遙和阿奴消滅了樹精。阿奴緊跟著給趙靈兒急救，李逍遙沖出大廳，找拜月教主報仇，壹會兒阿奴也趕到。趙靈兒奇跡般復活過來出現在兩主角間。三人齊心協力打敗了拜月教主。拜