殖民星自治宣布獨立，地球聯邦進入分而治之的時代。
地球聯邦和殖民星叛軍展開了長達數十年的星際人類內戰。
為了盡快平定叛亂，啟動了秘密的“斯巴達II”計劃(生化兵的訓練計劃)和配套的“雷神錘”計劃(生化兵智能防護戰鬥系統)。
依靠斯巴達計劃成功培養的士兵的超強力量，地球聯邦得以逐漸平息殖民星叛亂，真正的故事開始了。
科技遠超人類的強大外星種族——星際聯盟人(又譯“聖約人”)，突然在全宇宙範圍內攻擊人類，聲稱人類褻瀆了他們的神，星球大戰爆發。
人類軍隊遠非對手，宇宙中許多人類殖民星球在外星艦隊的野蠻進攻下，壹個個隕落毀滅。
為了保護我們最後的家園——地球，不被星際聯盟的人發現，不被他們攻擊，聯邦政府制定了最高法律:當被外星艦隊攻擊時，任何人類艦隊都不能逃向地球方向，所在的飛船必須毫無計算地跳躍到超空間才能逃脫攻擊。所有與地球有關的星際坐標都必須提前摧毀，即使敵方人員全部死亡，地球的位置也不能暴露在外星敵人面前。
秋風遁在伯江星系附近遇到壹個敵人，以寡敵眾。在船長的英勇指揮下，人類第壹次擊毀了外星敵人的戰艦。在這次戰鬥中，斯巴達強化戰士之壹的中士獨自潛入敵艦，與敵人英勇作戰，立下了汗馬功勞。然而，在星際聯盟支援的艦隊的持續強力攻擊下，秋風遁為了自保，被迫進行太空盲跳。
艦隊盲目跳躍到壹個未知星系，發現了壹顆巨大的環形人造行星(即光環)，登上了環形行星。
壹些星盟人的飛船也緊隨其後，在光環中繼續與提前抵達的人類展開較量。
隨著時間的推移，中士逐漸發現了光暈的秘密:“遠古先知”創造的光暈是為了封印恐怖的宇宙生物“洪魔”而專門制造的，宇宙中有不止壹個光暈星球來阻擋“洪魔”。
“洪魔”誤放，孟醒人和人類都在雪崩中被洪魔襲擊。為了生存和保護自己，人類和孟醒人不得不暫時聯合起來對抗光環中的“紅魔”。眼看局面快要失控，中士只好潛入氣場核心，引爆第壹個氣場，殺死了恐怖的“洪魔”，同時成功逃脫。
因為星盟特遣隊隊長和士官長聯手抵抗“洪魔”，讓秋風遁逃，隊長被星盟長老判了罪，關了起來。......
獨家披露《光環3:末日之戰》震撼劇情；
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孟醒終於找到了人類最後的家園——地球的位置。為了奪取地球非洲大地下“古先知”留下的古老文明和能量，孟醒人組織了大量軍隊全力進攻地球，對生活在地球上的所有人類發起了最後的進攻。因為曾經的人類星際殖民地在孟醒人的殘酷進攻下被壹個個摧毀，地球上僅存的人類在這個最後的家園離開了最後的戰場，他們誓死保衛家園。
在軍士長英雄榜樣的帶領下，人類士兵浴血奮戰，彈藥耗盡.........................................................................................................................................................他有多少次獨自扭轉了局勢？他已經成為人類抵禦外來強敵的精神圖騰...就在人類不顧壹切放棄這最後壹絲抵抗的時候，是生死存亡的最後壹刻。在眾多星際聯盟人的笑聲中，中士用最後的力氣擡起了作為人類戰士不屈的頭顱，用最後的力氣壓住了手中的光子手雷。與被卡在中士脖子上狂妄炫耀的星盟首領，以及他身邊的眾多星盟人同歸於盡，化為壹片火海...這壯烈的壹幕深深震撼了所有人類戰士，讓他們重燃鬥誌，重燃對人類命運的選擇！人類士兵在戰鬥，互相訴說，互相鼓勵:我們不能不戰而死！妳不能坐以待斃！勇敢戰鬥，活下去！我們壹定能活下去！正是依靠著這位軍士長的慘烈犧牲所帶來的強大精神力量，最終激活了宇宙先知埋藏在非洲大地下數萬年的古文明設施，釋放了古文明巨大的隱藏能量，最終挫敗了星球聯盟人民對地球的進攻。......
幸存的人們後來為這場星際戰爭樹立了英雄紀念碑，上面鐫刻著全人類想對中士說的話:“妳用永不屈服的精神鼓舞了我們，終於帶來了人類生存的希望。作為全人類最強的戰士，妳將永遠活在我們心中！謝謝妳，約翰。”
關於軍士長的秘密:
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軍士長的真名是約翰。六歲時被哈爾西博士主持的“斯巴達二號”絕密軍事計劃(生物強化萬能兵計劃)選中。經過長期的強化改造和訓練，他成為了名副其實的戰爭機器(思維\速度\力量\技能應用\攻擊\防禦\反打擊能力遠超正常人類，壹般特種部隊的精英戰士根本不是對手！)，因為他們的訓練水平\作戰水平和領導能力從其他斯巴達計劃強化戰士中脫穎而出，被任命為斯巴達軍士長...起初，這些特種精英戰士被地球軍隊用於殖民星反叛亂。因為他們超強的戰鬥實力，可以說幾乎沒有人類是他們的對手...斯巴達取得了異常輝煌的戰績，讓他們在地球上名聲大噪，但基本上幾乎所有人都只聽過他們的名字，知道他們。......
後來星際聯盟的人向人類發起了進攻，人類節節敗退，大戰役不斷失利。但是，他們可以依靠這群斯巴達改造士兵贏得壹些局部戰役，只有壹小部分超級王牌士兵也死在了殘酷的星際戰爭中。最後幾乎只剩下壹個中士，帶領全人類勇敢反擊。......