在1805年11月到達太平洋後，兵團在俄勒岡州阿斯托裏亞附近建立了克拉索普堡作為其冬季住所。然後，在1806年3月23日，疲憊的探險家們前往家鄉和聖路易斯。他們從Nez Percé印第安人手中奪回馬匹，穿過了Bitterroot山脈。探險隊在今天的愛達荷州洛洛附近分成兩隊，在返程途中更徹底地探索這個國家；兩隊將分開壹個多月。在那段時間裏，劉易斯的番號遭到了黑腳勇士的襲擊，其中兩人在戰鬥中喪生，這是探險隊唯壹的流血事件。不久之後，半盲的二等兵皮埃爾·克魯紮特誤以為劉易斯是只麋鹿，朝他的大腿開了壹槍。當劉易斯和克拉克團聚時，他的腿已經快好了。在1806年9月23日到達聖路易斯時，克拉克說：“我們遇到了所有的村莊，收到了壹封哈蒂韋爾卡。”兵團8000英裏的旅程結束了。
中士約翰·奧德韋中士奧德韋是兵團最初的成員之壹，他幫助組織了探險隊在聖路易斯附近的第壹個冬令營。和其他中士壹樣，奧德韋也記日記，但他是唯壹壹個每天記錄日記的人。1806年9月21日，當軍團到達聖查爾斯（現在的密蘇裏州）時，奧德韋寫道：“傍晚時分，我們在聖查爾斯紮營，發射了三發子彈，在鎮的低端紮營。鎮上的人聚集在銀行裏，幾乎不敢相信是我們，因為他們聽說了，並且相信我們都死了，都被遺忘了。
在秋天，奧德韋還采訪了劉易斯和壹個曼丹和奧薩格印第安人代表團到華盛頓特區，與這些部落討論美國未來的貿易。後來他以300美元的價格把日記賣給了劉易斯和克拉克，並搬到密蘇裏州，在那裏結婚，開始在新馬德裏附近耕種。1811年12月，該地區發生了三次大地震；500至1000人喪生。1812年2月7日，當第五次地震發生時，幾乎沒有壹座房子屹立不倒，新馬德裏成了壹個鬼城。此後奧德韋的情況鮮為人知；學者們推測他的農田可能因地震而變得毫無用處，他死於貧困。
1806年9月23日，劉易斯上尉寫信給傑斐遜總統：“我很高興宣布我和黨的安全抵達。。。。遵照妳的命令，我們把北美大陸劃到太平洋，並充分探索了該國的內陸地區，滿懷信心地確認，我們已經通過密蘇裏河和哥倫比亞河的可通航支流發現了整個大陸上最可行的航線。
劉易斯和克拉克都因其服務得到了慷慨的獎勵，每人都收到了大量包裹土地和雙倍報酬。1807年3月，傑斐遜總統任命劉易斯為路易斯安那州的州長；莫名其妙的是，劉易斯等了壹年才去聖路易斯履新。壹到那裏，他就靠買地和準備出版探險日記而欠下了債。接替傑斐遜的詹姆斯麥迪遜總統拒絕償還他要求將曼丹和奧薩格代表團送回祖國的費用，而戰爭部長威廉尤斯蒂斯（William Eustis）暗示劉易斯將從這筆資金中獲利。1809年8月，壹位憂心忡忡的劉易斯寫信給尤斯蒂斯：“我從來沒有收到過壹分錢的公款。。。。我被告知有人對我提出了申述，——我只希望是壹個全面和公正的調查。”1809年底，劉易斯離開聖路易斯前往華盛頓特區澄清他的姓名。嚴重抑郁的劉易斯在途中兩次自殺未遂。10月10日，當這位35歲的探險家來到田納西州的壹個路旁小屋時，他用兩把手槍自殺。
的印第安探員傑姆斯Neelly立即寫信給托馬斯：“我非常痛苦地告訴妳，梅裏韋瑟閣下去世了路易斯安那州，帶約克來。兩人之間產生了裂痕：約克想留在肯塔基州，靠近他近五年未見的妻子。他還請求克拉克獲得自由，也許是考慮到其他人在探險中獲得的雙倍報酬和320英畝土地。克拉克認為這些要求是奴隸的放肆。克拉克最終允許約克在1808年回到肯塔基州進行短暫的訪問。但是克拉克寫信給他的兄弟喬納森：“如果約克企圖逃跑，或者拒絕證明他是奴隸，我希望他被送到新奧爾良去賣，或者受雇於某位嚴厲的大師，直到他對這種行為有了更好的看法。幾個月後，在寫給他哥哥的壹封信中（現藏於路易斯維爾菲爾森歷史學會的喬納森·克拉克文件聖殿博德利收藏品中）寫道：
，克拉克寫道：“我確實希望他能做得好，但由於他對自由和他的教育服務有了這樣的概念，我不指望他會再為我服務；我不認為他對我服務如此之好（或者我的處境會促使我解放他）。”
約克於1809年初返回聖路易斯，但是克拉克仍然對他不利。”“他在這裏，但對我幾乎沒有什麽幫助，”克拉克寫信給喬納森[約克]傲慢而生氣，前幾天我狠狠地揍了他壹頓，他已經改過自新了。”
威廉·克拉克的信中最後壹次提到約克是在1809年8月；克拉克對他非常不滿，決定把他雇出去或賣掉。克拉克的侄子約翰奧法倫（John O'Fallon）在1811年寫道：“（約克）昨天受雇於楊先生的期限已經到期，但我相信，阿格雷布爾請求菲茨赫先生再次將他雇傭給壹位住在離這裏大約7英裏的米切爾先生。。。。我知道他穿得很不好，如果是年輕的話……”奧法倫進壹步指出，約克的妻子已經和她的主人以及他家的其他人搬到了密西西比州；約克和他的妻子不太可能再見面了。遠征結束十年後，約克仍然被奴役，為克拉克家族當馬車夫。
1832年，作家華盛頓歐文采訪了克拉克並詢問約克的命運。克拉克回答說，他終於釋放了約克，令人驚訝地說，他的前奴隸對他的自由並不滿意，他試圖回到克拉克壹路上死於霍亂。
，但他做到了嗎？1832年，皮草商人澤納斯·倫納德（Zenas Leonard）在懷俄明州中北部的壹個烏鴉村參觀時，“發現了壹個黑人，他告訴我們，他第壹次和劉易斯和克拉克壹起來到這個國家，他也和他們壹起回到了密蘇裏州，幾年後，他又和密蘇裏河上的壹個商人麥金尼先生壹起回來，克林頓總統於2001年1月17日將約克追授為正規軍榮譽中士