南京太平天國歷史博物館，館藏文物1657件，其中壹級藏品42件，包括太平天國頒行的原刻本官書《欽定士階條例》和《欽定軍次實錄》及天王洪秀全批準頒行官書的“旨準”
木印、“渡船規條碑”等傳世珍品。重要復制文物有天王和幼天王玉璽、洪秀全親筆“守天浦詔”以及巨幅太平天國“望樓”壁畫等 427件。
該館的專業性圖書資料室，藏有太平天國專著、地方誌8000余冊，清代蘇松太道兼署江蘇布政使吳煦檔案11大箱，鹹豐、同治年間名人函劄200多件，太平天國文物、遺跡底片5000余份。
團龍馬褂
團龍馬褂為太平天國高級官員穿著的官服。黃緞質地，馬褂式樣，襖短袖肥。上繡四條團龍，四團龍分別繡在前胸、後背與兩袖。其間繡以牡丹、蝙蝠和流雲海水等紋樣，色澤鮮艷，工藝精湛，保存完好。
此件團龍馬褂系1864年清朝官員席寶田在江西俘獲幼天王洪天貴福時所得，他視為珍寶留傳子孫。解放後，席寶田後代將其捐獻。藏太平天國歷史博物館。
銅炮
此炮置造於太平天國乙榮五年（1855年）。銅質，炮身長96.5厘米，口徑6厘米。炮身陰刻“太平天國乙榮五年置造，重貳佰斤，粉玖兩”等銘文。該炮是1957年12月在昆明金屬回收時發現，發現時炮內還存有遺留的火藥。1958年移交太平天國歷史博物館收藏。
規條碑
此碑為石質，碑高95厘米，寬46厘米，碑文楷書陰刻。已殘破不全，碎成三塊。它是太平天國甲寅四年十二月三十日（1855年2月4日）所立。其內容為保證碼頭暢通，防止“刁頑船戶”對渡河人的任意訛詐，制定了收費標準，並規定“凡無錢之人有緊急事情，務宜飛渡，雖系壹人亦須送去”。此碑於1955年12月在安徽省當塗縣江心洲太陽河村發現，故而也叫太陽河碼頭渡船規條碑。藏太平天國歷史博物館。
鎮庫錢
黃銅鑄造，直徑10.1厘米，厚1.4厘米，重810克。正面刻“太平天國”，背刻“聖寶”。鎮庫錢鑄造精良，為太平天國非流通貨幣。1953年2月在南京某倉庫廢銅中發現。藏太平天國歷史博物館。
太平天國的歷史只有短短的十八年，它的錢幣制造、流通的時間也很短很短，盡管如此，但還是充滿迷人的魅力。1853年太平天國定都天京後，開始選派人員鑄造錢幣，錢幣的鑄材，主要有金、銀、銅、鐵、鉛，可謂五金皆備。錢幣壹面是“太平天國”四字，另壹面大都是“聖寶”二字，由於洪秀全自稱天王，贊美耶穌為救世聖主的宗教綱領，因此幾乎各方面都加稱壹個“聖”字。文字多為規正的宋體字，這是太平天國錢幣的壹大特征。另外，“太平天國”四字既是國號，又是年號，在中國歷代錢幣中，將國號和年號合而為壹使用的只有太平天國。
縱觀太平天國錢幣，它的樸實、厚重，無不映射出農民起義將領們的純樸和剛毅。當我們撫摸著這樣壹枚小小的錢幣，陶醉在對歷史的回憶中時，不禁要贊嘆它是我國幾千年錢幣文化史中熠熠生輝、獨具風采的壹頁。
常熟墻頭詩
常熟墻頭詩為1860年9月16日太平軍攻克常熟後所寫。墨筆題寫，高115厘米，寬275厘米，每行4字，***10行40字。其內容為：“常熱（熟）有妖，如若不退，百姓壽（受）難；天兵家（駕）到，不起（欺）子民，不燒房屋；如若團練，燒殺不留，勸至（致）百姓，逃者為高。”1957年在常熟市山北鄉農民顧關泉家發現。藏太平天國歷史博物館。
商憑
此商憑白紙墨刷，墨筆填寫。高30.9厘米，寬33.1厘米，在商憑兩字中間，蓋有“蕩口鎮官卡查過”長方形回紋邊朱戳，年月日上蓋“天父天兄天王太平天國開朝勛臣殿前戶部正地官陳潘武” 長方形朱印。在蕩口鎮人家所藏弘治刻本《三國演義》中發現。
商憑為太平天國頒發給各商店的營業執照。該商憑為求天義陳坤書等於1861年12月18日發給金匱縣蕩口鎮黃興和頭繩花布店商憑，上載明應遵守的法令：“壹切貨物，務須公平交易，既不得奇貨自居，亦不得高擡市價，如敢壟斷漁利有害民生者，準爾鋪戶指明稟究”。藏太平天國歷史博物館。
田憑
此田憑連史紙墨刷，墨筆填寫。高29.8厘米，寬27.3厘米。年月日上蓋“太平天國天朝九門禦林王宗殿後北破愾軍主將乾天義李愷運”長方形朱印，騎縫上另蓋長方形朱印，印文不清。
田憑是太平天國頒發的土地證，田戶執有這種憑證，即擁有對土地使用的所有權。這張田憑內容豐富，外觀完整，尤其是發給祠堂田憑更屬少見，它對研究太平天國的土地制度，有著十分重要的史料價值。該田憑是1953年在金匱縣蕩口鎮某家所藏的弘治刻本《三國演義》中發現的。藏太平天國歷史博物館。
史密斯日記
“史密斯日記”由英國人喬治史密斯所寫。時間從1863年10月16日起至11月29日止。日記由三部分組成，即：“史密斯日記”、“史密斯日記戈登抄件”和“史密斯致香港《中國之友》信稿”。紙質。日記長7.3厘米，寬11.8厘米。抄件長21厘米，寬26.8厘米。信稿長20.3厘米，寬25.3厘米。
史密斯曾在慕王譚紹光部下幫助太平軍作戰，1864年在常州保衛戰中陣亡。該日記後為戈登所得，戈登將日記予以抄錄，並在某些段落旁加了批註。這些資料對研究太平天國時期的中外關系史具有重要的史料價值。
本世紀60年代英國研究太平天國史專家柯文南博士在英國戈登文書中發現日記原件，1979年5月來華，將日記原稿贈送給太平天國歷史博物館收藏。
吳煦檔案
《吳煦檔案》是吳煦任職知縣、知府、道員、布政使、常勝軍督帶期間的公務檔案和私函。時間上起乾隆二十三年（1758年），下訖同治六年（1867年）。吳煦（1809—1872）字曉帆，號春池，晚年荔影。浙江錢塘（今杭州市）人。
《吳煦檔案》紙質。***約數10萬件，多為第壹手原始資料，檔案的大部分內容是吳煦參與鎮壓太平天國各個時期的上諭、奏折、稟報、往來書信、情報、探報、外交公文照會底稿，厘金和軍餉帳冊、報銷底冊、科舉試題、記事等等，涉及清政府和太平天國的政治、經濟、軍事、外交以及會黨活動、農民抗漕、中外交涉、外國資本主義列強侵華、清朝官場腐敗和商業、物價等眾多方面。
吳煦去世後，檔案壹直由其後人收藏家中，1953年，其後人在杭州將這些檔案當作廢紙出售時，被浙江省文物保管委員會發現並予以收購，後送至中央文化部。1859年4月和1978年分別由中央文化部、中國革命博物館先後撥運檔案13大箱交太平天國歷史博物館，現已裝裱成606冊。藏太平天國歷史博物館。
欽定士階條例
太平天國頒刻印書之壹。紙質。高27厘米，寬15厘米。封面題“天父天兄天王太平天國辛酉十壹年新鐫”，紙張泛黃，且有部分蟲蛀。半頁8行，每行12字，***33頁，是國內唯壹的完整無缺的初刻本。英國倫敦不列顛博物院東方部也收藏有壹部，但不完整，缺第5、17、18頁。
這壹部印書刻本，首載幹王洪仁玕等擬議《試士條例敬獻聖裁奏》，次載正總閱李春發、副總閱黃期升等序，然後分條記載科場士階條例，從科舉制度、試場條例，以至品級、章服的制度，都作了詳細的規定。它是研究太平天國時期科舉制度的重要文獻。1957年在江蘇常熟梅李區珍門鄉收購廢紙中發現。藏太平天國歷史博物館。
大齊門牌
1853年3月19日，太平天國定都天京後，初無門牌之設，這年七月，“訛言有官兵混入江寧城，舉國若狂”，當時天京城衛戍司令韋昌輝“倡議設立門牌，逐戶編查”，遂有門牌制度。太平天國最初門牌的設立是作為壹種軍事措施加以施行的，後隨著領地的日益擴大，每占壹地，設立鄉官，清查戶口，編立門牌，門牌逐漸演變成壹種安民措施，其目的是便稽查杜奸宄免滋擾。我館現存的太平天國辛酉十壹年認天義陸順得發丁大齊門牌是太平天國後期門牌的壹個代表。這張門牌上列有戶主丁大齊祖孫三代、旁系近親的姓名、年齡、生故情況以及與戶主的關系等，年月日上蓋有太平天國天朝九門禦林殿前南破愾軍主將認天義陸順得朱印。這張門牌形制完整，印文清晰，內容豐富，是館藏壹級文物。
孔雀牡丹壁畫
太平天國定都天京後，專門設置了繡錦衙負責各府第衙館的繪畫事宜，委派 職同指揮的“典繡錦”官員主持工作。據史料記載，當時天京城內各府第衙館“門扇墻壁，無壹不繪”，而且，按照各自的官階等級繪制不同內容的壁畫圖案。即使是在天京城失陷，經過湘軍的焚燒毀壞後，仍然還有壹千多處壁畫遺存，可想當年天京壁畫盛極壹時。鬥轉星移，歲月如梭，直到1952年南京堂子街發現了太平天國某王府壁畫，才使我們有幸壹睹太平天國壁畫之風采。堂子街太平天國壁畫現存18幅，孔雀牡丹圖是其中的壹幅，它以青翠的松樹與濃艷的牡丹做背景，襯托出翹首開屏的孔雀主題。整幅壁畫構圖嚴謹，運筆嫻熟，設色極工，是太平天國壁畫中花鳥題材的傑作之壹。