古代天下大亂，百物遭災。當時人們害怕這種無序的自然，於是祈禱，想象出壹個神——昊天。浩天偉大而光明，她的光輝溫暖了世界。她代表了那個世界的秩序和規則。因為秩序的規則，人們才能有規律地生活和工作，包括修行。天地元氣改變了運行規律，所以有人能掌握，所以人間有修行者。
修行本質上是對天地元氣法則的感性運用。隨著精神境界的提升，大修修行者開始了解世界法則的本質，有的甚至開始自創規則，試圖打破世界原有的規則。所以，原來因為人的信仰而聚集的神，開始停留在原來的現狀。那些超越規則的修行者，會死，自己回歸規則。就這樣，壹輪又壹輪。直到最後壹夜，兩個大修行者成功度過了這壹夜——酒鬼和屠夫。他們知道浩天是什麽，但他們害怕她，開始隱藏自己。
壹千年前，壹個男孩出生在壹個小國家。他沒有很深的家世，只是妾生，所以去西陵做了圖書館的小道士。與此同時，另壹個名叫王的普通人也在藏書閣中修行。就這樣，他們天天讀聖賢的書，卻在修行的路上慢慢的越走越遠。後來，他們都離開了西陵。前者是後來的學園大師，後者是觀察大師陳某。隨著精神境界的提高，他們也認識到了科學天堂的起源。大師接受了壹個名叫李的年輕人的邀請，他建立了唐朝，並在首都建立了壹個沈菁陣列以抵禦天堂。陳某能當道士，是對科學之天的絕對客觀性和規律性的敬畏。
還有壹個人叫佛。他也看到了科學天堂的本質。於是創建了佛教王國，留下了神器。這樣打浩天。
在書中，大師說，活得久的好處是可以學到很多東西。大師活得久了，所以境界也很高。在書中，他沒有瞬間和規則。他可以無視世界的法則，甚至創造自己的規則。浩天感受到了他的存在。幾百萬年來，昊天逐漸從壹個絕對客觀的存在變成了壹個生命特征。她開始害怕了。她想擺脫師父，師父威脅著世界的法則，也就是她自己。可是師父藏在人間，她找不到他，於是開始算天，設局。這個遊戲的開始是桑桑出生的那壹天。高手用人算。他們之間的遊戲從那天晚上開始。
主人公寧缺是壹個旅行者，他的靈魂不屬於這個世界，所以昊天和師父都無法對他做出判斷。魏光明壹看，唐的首都是黑的。他以為是將軍的府邸，其實是新生的桑葚。寧缺做了什麽？管家老爺救了他壹命，他在路上接了桑桑。桑桑，石昊天的化身，來到人間尋找師父。那天晚上，師傅也看到了。他希望給昊天註入人類的力量，讓上帝不再是神。他們的遊戲和變數都是寧缺。寧缺，壹個地球的旅行者，這輩子過著幸福的生活，所以他被賦予了第壹個主要情節，復仇。
隨著寧缺進入學院，他成為了壹名教師。桑桑和師父越走越近，兩人都找到了對方。師父為寧缺和桑桑主持婚禮，向他們展示人間煙火，並告訴寧缺這個世界規則的本質。傻傻的主角並不知道，在壹次愉快的旅行後，他的老師和妻子去和天堂戰鬥了。孔子成了那個世界的月亮，月亮的盈虧就是與昊天鬥爭的高潮和低谷。這個遊戲看起來像是千百年來的永恒之夜。打破原有規則的人又回到了規則中，但是那個變量，寧缺，改變了這壹切。寧缺最喜歡的人是桑桑，桑桑在恢復神格之前最喜歡的人是寧缺。師傅讓他們結合，帶他們去體驗世界。這時候，世界的力量已經註入桑葚體內。桑桑雖然借著世界的力量找到了藏在世界裏的師父，但他自己卻無法回到神的國度。所以在與師父壹戰之後，他回到了這個世界，為了切斷與這個世界的聯系——寧缺。
當時世界上能維護規則的人有幾個。酗酒者、屠夫、陳某教、新教和佛教。醉醺醺的屠夫怕了幾千年，所以還會繼續怕下去。昊天答應他們永生，他們就成了昊天的仆人。陳某致力於道，他追求最完美的規則。他看到了科學之天的變化，知道了壹個有人類關系的科學之天不再是壹個能夠維持世界穩定的絕對客觀存在，於是他從原來的科學之天的信徒變成了壹個想要取代它的人。當陳某自始至終相信的，可能不是偶像，而是神靈背後的本質——絕對的規則和穩定。佛祖生前有創造規則的能力，離開了棋盤中的世界，想找機會把昊天困在自己的世界裏，但也被寧缺破壞了。新教是在通往世界的原始門戶蘇葉齊海雪山被毀後產生的宗教，它意識到了人類的苦難，想要拯救世界。因為與昊天的教義不同，所以受到迫害，但也因為信眾多，發展緩慢。這本來就是壹個零和遊戲，所以昊天的力量又被削弱了。
故事的最後，昊天軟弱了，完全失去了客觀性。觀者拿著七卷天書(代表昊天誕生之初人們的信仰和絕對規則的存在)，想把它變成規則再次保護世界。寧缺站在長安城，寫下了壹個人的字。最後看客看到規則被打破後的隨機災難，他很擔心。寧缺說，人們總是面臨這麽多的災難，所以沒有必要擔心這個世界，因為這就是世界。師傅意識到後，安心離開了。然後，保護世界的規則被打破，很多修行者失去了限制，立刻突破修煉。與此同時，從天外飛來了壹堆隕石，大家都準備好為守護世界做貢獻了。隕石墜落時，師父化身的月亮站了起來，為人類修行者擋住了許多隕石，從此月亮坑了。很多從業者見過更多規則之外的世界，於是相約出去歷練。世界很熱鬧。而寧缺和桑桑繼續幸福地生活著，並且有壹只懶貓(毫無疑問)。