學宮內現有東西牌坊、欞星門、泮池、登雲橋、東西官廳、戟門、名宦祠、鄉賢祠、忠義孝悌祠、大成殿、東西兩廡、尊經閣、崇聖祠、明倫堂、儀門等明清建築群，氣勢恢宏，規模壯觀，徜徉其間，令人流連忘返。
崇明學宮是現今上海僅存的三座學宮之壹。現址又稱崇明博物館，為市級文物保護單位。
出崇明南門碼頭，僅走二三百米，便能望見學宮那層層疊疊的古建築群。二座石柱牌樓古樸沈穩，上書“德配天地，道冠古今”。門前是二株有350年歷史、三人合抱的銀杏樹，守門的是壹對大石獅，氣勢恢宏。學宮最大的建築是大成殿，仿佛寺廟中的大雄寶殿。這是祭祀孔子的地方，東廡西廡是72高徒的宿舍。而今大成殿暫作古船陳列室，大成殿東廡主要是崇明知名人士的照片和事跡，還有壹些崇明出土的古代器物。西廡是黃丕漠藝術館。大成殿後的兩幢建築是崇明民俗陳列館。
另建有萬仞宮墻、欞星門、登雲橋、戟門、名宦祠、崇聖祠、尊經閣等，為上海地區保存完好的明代建築，門前5株18米左右高的銀杏樹已有377年的樹齡，與樹下2座結構奇特，蔚為壯觀的石木牌坊相互呼應，營造出壹片濃郁的古意，使人頓生壹股“念天地之悠悠”的蒼然之感。博物館內列有“崇明島的形成與發展”、“館藏文物”、“自然博物”三個展覽，較為系統地介紹了崇明的悠久歷史和文化遺產，學宮中最有特色的當數古船陳列室和崇明民俗陳列館這兩處地方。
牌坊
分東西兩座，位於欞星門前左右，是崇明學宮的第壹座建築物，清康熙二十三年（1684）由知縣朱衣點始建，旁邊還植有兩株樹齡約有380多年的銀杏古樹。牌坊高三丈，兩層重檐十二角，角向上鵲起，可垂掛風鈴，上層磚木結構，下承石柱；柱東西寬1.6米，柱距南北長4.4米，兩坊間距33米；左邊牌坊匾名為“學海”、“騰蛟”，右邊牌坊匾名為“朝宗”、“起鳳”。乾隆七年（1742）知縣許惟枚重建，左匾“德配天地”，右匾“道冠古今”。乾隆二十七年，道光七年、同治八年又先後修葺。清光緒年間，匾名又改，左為“禮門”，右為“義路”；民國初，又改為“奮鬥坊”與“和平坊”；1960年，再次更名，左為“學而不厭”，右為“誨人不倦”；1988年，匾額重題“德配天地，道冠古今”。1998年，兩坊間鋪設花崗石甬道，牌坊匾額增題為：左邊“學海”、“德配天地”，右邊“朝宗”、“道冠古今”。“道冠古今”的意思是，孔子的學說和思想至善至美，古今最高；“德配天地”的意思是，孔子的道德如同天地壹樣偉大。
欞星門
孔廟的第壹道大門，也是崇明學宮的正門，始建於明天啟四年（1624）。相傳，天上有天鎮星，即欞星，它是天上的文星，主管文人學士的選拔。孔廟第壹座大門以此為名，意合孔子為文星下凡。另據《龍魚河圖》記載：“上天有天鎮星，其精下為靈星之神。”引申開來的意思是，古時士人進入此門後如魚化龍，象征封建統治者有得士之慶。欞星又名“天田星”，古時天子祭天，先祭欞星。學宮以欞星門作為正門，用意是尊孔如同尊天，顯示出古往今來孔子在人們心目中至高無上的地位。欞星門石框高聳，上刻雲頭紋，中門寬3.35米，高3.6米，兩邊又另辟相對較低的二扇門，門寬2.3米，高3.2米。清順治十五年、康熙三年、乾隆十四年、乾隆二十五年、同治八年又先後多次修葺。欞星門前有壹對雌雄石獅，卷發巨眼，齜牙咧嘴，後腿蹲踞，威風凜凜，花崗石質，連趺座，通高2.25米，身長0.9米，胸寬0.6米，原位於清代縣衙門前，“文革”後移至學宮門前。1998年，上海市文物管理委員會撥款修葺，並在欞星門前鋪設花崗巖石甬道。
泮池 登雲橋
位於欞星門內，清康熙年間始建，乾隆、道光、同治時期都曾作過修葺。1998年，上海市文物管理委員會撥款重修，池欄、橋臺階及欄桿皆由鋼筋水泥重新改為花崗石。“泮池”得名的由來，歷史上有兩種說法。壹種是：周代天子宮前設池為圓形，而諸侯只能用其壹半，以示區別，故稱為“泮池”。另壹種是：天子之學為“辟雍”，諸侯之學稱“泮宮”；辟雍有水環繞，泮宮之水只能半之，故稱為“泮池”。另外，古時候凡是新入學的生員都要在當地官員的帶領下，從欞星門入孔廟，登橋跨泮池，進入大成殿禮拜先師孔子，然後到儒學署拜見教官，這個入學儀式稱為“入泮”。泮池呈半月形，砌石為池，上面圍有石欄，池深2.1米，南北寬6.16米，東西長11.6米。池上架有單孔拱形石橋，跨於泮池之上，名為“登雲橋”， 寓意讀書能高登雲端、飛黃騰達。橋為南北走向，花崗巖石質，長10.1米，寬2.5米，高3.1米，拱圈上方陽刻楷書“登雲橋”三字，橋兩側分水石上陽刻獸紋圖案。橋面呈方形，陽刻回輪圖案，四角橋欄上分別雕刻著精巧、活潑的小石獅，栩栩如生；南北兩端各有12級臺階，行走方便。
官廳
位於泮池左右，分東官廳與西官廳兩個部分，是古時官員休息的場所。據清乾隆《崇明學宮圖》記載，東側名為“禮門”，西側名為“義路”。光緒《崇明學宮圖》中則更改為現名，分別作東官廳與西官廳。東官廳東西寬6.5米，南北長10.1米，高6.5米；西官廳東西寬7.4米，南北長10.2米，高6.5米。1998年，上海市文物管理委員會撥款修葺，現為崇明縣博物館的辦公區域。
戟門
崇明學宮的第二道大門，位於泮池之北，又稱“大成門”。“大成”得名於《孟子》“孔子之謂集大成”，古樂壹變為壹體，九變而樂終，至九成完畢，稱為“大成”，後來引申指集中前人的主張、學說等形成完整的體系為“集大成”。戟門建於清代初，據康熙三十四年（1695）《重建崇明學宮碑記》記載，知縣解銘等曾重修戟門。康熙《崇明學宮圖》中稱，戟門***五楹，內梁中三楹高，左右二楹略低。1986年，戟門劃歸崇明縣博物館管理與使用，被辟為展廳。1998年，上海市文物管理委員會撥款修復原貌。戟門現東西長17.5米，南北寬6.6米，高8米。門前兩株羅漢松於1972年移於此，樹齡約90年。
名宦祠 鄉賢祠
分別位於戟門東西兩側，以戟門為中心，左右對稱，各三楹，中間開門，東西各長8.8米，南北寬6.6米，高6.5米。據清乾隆年間的《重修崇明學宮記》（知縣許惟枚撰）、《崇明學宮圖》記載，其時已有名宦祠、鄉賢祠。其中，名宦祠主要是奉祀歷代有功於崇明的官宦名臣，鄉賢祠主要奉祀崇明歷代鄉賢之士。1998年，上海市文物管理委員會撥款對兩祠進行了修葺。名宦祠現被作為“崇明島史與古船”陳列的序廳，鄉賢祠現被作為崇明縣博物館的文物庫房。
大成殿
崇明學宮的主體建築，原是奉祀孔子的主要場所，始建於清代康熙初年。據縣誌記載，舊殿三楹。乾隆二十五年（1760），知縣趙廷健增建匾額，寄寓孔子“集古聖先賢之大成”之意。同治八年（1869），知縣曹文煥重建大成殿，五楹，重檐廡殿式，深五尋，高數仞，雕梁畫棟，繪以丹青，砌以文石，前有月臺，圍以石欄，庭中植松柏蟠槐。1997年，上海市文物管理委員會投資修復了大成殿，為重檐歇山式磚木結構，宏偉開闊，磅礴巍然，尤其是朱紅色門扇與粗大的八根門柱、粉白色的墻面、灰黑色的屋頂，冷暖色彩對比鮮明，在藍天白雲的襯托下，格外鮮亮奪目，絢麗挺拔，進而突出了孔子的崇高地位。大成殿長21.3米，寬17.3米，高15.3米（其中屋脊高1.7米），總面積368.49平方米；石月臺長16.2米，寬9.57米，高1米，面積155平方米，正中心安置著“至聖先師”孔子的巨型石像。殿前甬道長18.5米，寬5米，兩旁兩相對稱而立顏回、曾參、孔伋、孟軻四人石像，史稱“四配”，他們是孔子最著名的四大傳人。大成殿內現布置“崇明島史與古船”陳列。
兩廡
分為東廡、西廡兩部分，位於大成殿前甬道兩側，東廂為東廡，西廂為西廡。清順治以前，各有九楹，廡前有長廊，順治十壹年（1654）廢於潮。後來，順治、乾隆、道光、同治年間曾多次修葺。1997年，上海市文物管理委員會又投資修復。現東西兩廡各七楹，磚木結構，廡長各26.74米，寬7.7米，高8米，建築面積***412平方米。兩廡原是祭祀供奉歷代先賢先儒的地方，先賢對稱供奉於兩廡內北端，先儒對稱供奉於兩廡內南端，廡內建有神龕，只供木主（牌位），無塑像。兩廡內現布展“崇明島史與古船”陳列的有關內容。
尊經閣
位於大成殿之北，原名“奎星閣”，“奎”是星名，是中國古代天文學中二十八宿之壹，為西方白虎之首，有星16顆，屈曲如鉤，猶如文字，稱為“奎宿”，後被稱為主宰文章興衰的神，並演化為文官之首。“奎文閣”之名，喻意孔子為天上的“奎星”。尊經閣是古時候收藏閱覽儒家諸子著作的場所，其所藏之書供縣學諸生閱讀，故又名“藏書樓”。始建於明天啟四年（1624），清乾隆、道光年間先後修葺。1991年，上海文物管理委員會又投資進行修葺，今屹然而立，風采依舊。整幢建築為重檐歇山式磚木結構，五楹，上下十間，兩層飛檐，四垂鬥栱；四周回廊，窗欞爽敞。其地基長18.65米，寬14.4米，占地面積268.56平方米。其中，底層面闊18米，進深13.45米，高5米，建築面積242.1平方米；二層面闊13.8米，進深9.25米，高7.5米，建築面積127.65平方米。尊經閣內現布展“崇明民俗”陳列 。
崇聖祠
又名“崇聖宮”，位於大成殿北、尊經閣東，始建於清雍正五年（1727），***三楹，昔前有大門，後為正殿，是奉祀孔子父母的場所。乾隆、同治年間又先後修葺。1991年上海市文物管理委員會投資修復正殿。今為單檐歇山式磚木鬥栱建築，面闊12.5米，進深11.75米，高11米，占地面積169.62平方米。崇聖祠內現布展“崇明民俗”陳列。
儒學大門
位於欞星門東、儀門正南。儒學署原是舊時文人研討學術的專門場所。乾隆二十五年（1760年）由知縣趙廷健修葺，見於清光緒《崇明學宮圖》。民國四年（1915年）為崇明縣立初級中學校門。2004年由崇明縣人民政府投資修復，長10.7米，寬8.8米，高8米，建築面積94平方米。
儀門
位於欞星門東、儒學署大門北。乾隆《崇明學宮圖》中稱為“佑門”，光緒《崇明學宮圖》中改稱為“二門”。2001年崇明縣人民政府投資修復，面闊10.6米，進深9.7米，高9.07米，建築面積102.8平方米。儀門內現布置為“黃丕謨版畫陳列室”。
明倫堂
儒學署的主要建築，位於儀門北，始建於明天啟四年（1624），清雍正、乾隆年間又先後修葺，原***有五楹，深三丈余。2001年崇明縣人民政府投資修復，面闊20.6米，進深 12.7米，高10.37米，建築面積為261.6平方米。明倫堂現為崇明縣博物館的臨時展廳。
碑廊
位於儀門與明倫堂之間的東西兩側，包括南北兩端各有壹部分，2001年由上海市文物管理委員會投資修復。碑廊全長 76.7米，其中，東西兩側寬皆為2.5米，長30.5米；南北長15.7米，寬2.5米，面積為191.75平方米。分墓誌類、記事類、告示類、藝術類等類別，***計53通，大部分是由崇明縣博物館自民間收集而來，因歷史久遠，有三分之二的古碑字跡模糊，難以辨認，比較清晰且完整的有十余通，具有很高的藝術和文物價值，為研究崇明的地方歷史，有很大的參考作用。
杏壇
相傳本是孔子生前講學的地方，後來成為各地歷代修建孔廟規制的壹個組成部分。杏壇位於崇明學宮萬仞宮墻東，原為點綴孔廟而人工所築的土丘，周圍砌以石頭，古樸典雅。壇上有銀杏樹兩株，約植於清雍正年間，樹齡已達270多年。民國初，壇上還豎有孫中山紀念碑，抗日戰爭時期被毀。杏壇現東西長23.6米，南北寬13.7米，高3.2米。2004年，崇明縣博物館募資在欞星門東南角的土丘上新設“杏壇”青石壹塊，其名由上海博物館館長陳燮君題寫。