這樣壹位清正廉明而且功勛卓著的高級官僚，何以會有殺頭抄家的結局呢?原因是復雜的。如果要壹言以蔽之，在皇帝易位、政權更叠之際，工於謀國而拙於謀身，即使像於謙這樣能夠力挽狂瀾的幹才，面對復雜的政治鬥爭，也難免顧此失彼。
正統十四年八月，明英宗朱祁鎮在太監王振慫恿下，禦駕親征。結果在居庸關西北的土木堡遭到蒙古軍隊的突擊，全軍覆沒，扈駕的幾百名官員戰死，皇帝朱祁鎮當了俘虜，王振則被護衛將軍樊忠用鐵錘砸死。
皇帝被敵軍俘虜，簡直是奇恥大辱，大臣們向代理朝政的郕王朱祁鈺提議，應當對“傾危社稷，構陷皇帝”的王振的黨羽與家屬，嚴加懲處，以安人心。話音剛落，憤怒的官員壹擁而上，把王振的黨羽馬順活活打死，接著又把另外兩個黨羽毛某、王某打死。王振的侄子王山也被抓來，跪於廷前。壹時間朝班大亂。缺乏政治經驗的郕王朱祁鈺不知所措，溜之大吉。剛剛升任兵部尚書的於謙當機立斷，壹把抓住朱祁鈺的袍袖，向他耳語幾句，請他當場表態。朱祁鈺按照於謙的交代，對文武百官說，馬順等罪該處死，隨即下令，把王山押往西市淩遲處死，王振家屬無論老少全部斬首，家產充公。壹場*終於平息。吏部尚書王直握著於謙的手說：今日之事，即使有壹百個王直，也辦不好啊!
國不可壹日無君，太後接受群臣的建議，命郕王即帝位。郕王驚慌失措，躲進了自己的王府。於謙前往勸說，臣等實在是擔憂國家，並非為私人考慮。九月初六，郕王朱祁鈺受命登基，改年號為景泰，遙尊英宗為太上皇。
這兩件事使得朱祁鈺對於謙頓生敬意，加封他為太子少保。當時京城人心洶洶，副都禦史徐有貞主張“南遷”，實際上是放棄北京逃跑。於謙堅決反對，聲淚俱下地對皇帝說：京師乃天下根本，宗廟社稷宮闕百官萬姓所在，壹動大事盡去。敢言南遷者，斬!他也反對關閉九門困守的消極態度，主張積極出擊，挫敗敵軍的狂鋒，說：“不能戰，何以守?”他親臨前線，誓師六軍：如今事機在此壹舉，壹不奮勇則禍患立至，雖生不如死。
挽狂瀾於既倒，幹謙厥功至偉，朱祁鈺對他更加倚重。他兢兢業業忠心報國，經常在辦公室過夜，很少回家。操勞過度，痰疾發作。皇帝朱祁鈺不僅派遣太監輪番前往探視，而且自己親自上萬歲山砍伐竹子，提取竹瀝，送給於謙服用。《明史·於謙傳》對於這壹細節，有這樣的感嘆：“寵謙太過!”這話的含義意味深長，皇帝的過分寵信必然會引來其他官僚的妒忌，使自己處於孤立的境地。正如、《皇明書》所說：皇上推誠委任，於謙亦自信不疑，於是忌者側目，言官們說他“柄用過重”，“目為跋扈”。《石匱書》也說他：“衿傲自用，遇勛庸國戚若嬰稚，視士類無當。”這對於於謙而言，並不是好事。
何況朱祁鈺登上皇帝寶座後，貪位心理作祟，壹方面把回歸的英宗朱祁鎮幽禁於南宮;另壹方面廢掉英宗長子朱見深的皇儲名位，改封為沂王;冊立自己的兒子朱見濟為皇儲。內閣六部大臣迫於皇帝壓力，起草文件，聲稱：陛下使國家中興，皇儲理應歸於聖子。於謙驚愕無語，考慮到皇帝對自己的恩寵，違心地在文件上簽了名。不久，朱祁鈺的獨子——皇儲朱見濟夭折，儲位虛懸，不少正直官員主張恢復沂王朱見深的皇儲名位，遭到皇帝的否決。於謙再壹次陷入困境，既不便表示贊成，也不便表示反對，只能保持沈默。英宗復辟以後，這就成了政敵攻擊他的壹條罪狀。於謙已經預感殺身之禍隨時可能降臨，引鏡自照，嘆息道：此壹腔熱血不知竟拋灑於何地?
壹手策劃英宗復辟的石亨、徐有貞，得到再度登上皇位的朱祁鎮的寵信，公報私仇，誣陷於謙和內閣大學士王文“意欲迎襄王世子”為皇儲。三法司官員屈服於石、徐之流的*威，以“謀逆”罪判處於、王二人極刑(淩遲)。對於這樣的誣陷，王文憤怒之極，眼若噴火，據理抗辯。於謙在壹旁冷笑道：這是石亨、徐有貞的意思，辯也無用，不論事情有無，彼等壹定要置我輩於死地。
這樣的判決，連英宗也於心不忍，說了壹句良心話：“於謙實有功。”徐有貞聲色俱厲地回答：“不殺於謙，此舉為無名。”意思是說，假如不處死於謙，那麽把景泰皇帝趕下臺，把妳重新捧上皇帝寶座，就名不正言不順。朱祁鎮只得妥協，把於、王二人由極刑改為斬首。史書說：“(於謙)死之日，天日如驟變，陰霾四塞，天下並冤之。”反映了當時的民心所向。都督同知陳逵感念於謙的忠義，為之收殮遺骨。次年，於謙的女婿朱驥把他的遺骨歸葬杭州。憲宗即位後，糾正父皇的錯誤，為於謙平反昭雪，恢復原官，派員祭祀。孝宗即位後，追贈太傅頭銜，賜予謚號“肅湣”(神宗時改謚號為“忠肅”)，建旌功祠。雖然晚了壹點，畢竟是非自有公論。