第1集 綠色小矮人
墨西哥叢林裏的雷達收到外星文明的訊號。Mulder只身前往，險些喪命，又落得壹場空。
第2集 下水道驚魂記
水蛭人變種驚現下水道。Mulder被趕去調查。
第3集 恐懼癥
小鎮實驗農藥，壹個人被農藥影響的人出現幻視，遵循電子儀器的顯示瘋狂殺人。
第4集 不能睡的人
軍方實驗的對象二十幾年不能睡覺，懂得了控制人的反應思維，開始報復殺人。Mulder見到了Mr. X。Alex Krycek首次出場。
第5集 第四類接觸（上）
精神病院的前FBI探員聲稱被alien劫持過，因為不願再次被劫持，綁架了精神病院的醫生。被請來幫忙的Mulder自願成為人質。
第6集 第四類接觸（下）
Duane Barry逃跑並綁架了Scully，Alex Krycek原來是CSM的幫手。最後Scully在UFO出現的強光中失蹤了。X檔案重新開啟。
第7集 三位壹體
洛山基出現殺人取血案件，Mulder認為是吸血鬼所為，還跟其中之壹Christen有了壹夜情。
第8集 起死回生
Scully被悄悄送了回來，但生命垂危。Mellisa就像個靈媒。
第9集 火山口驚魂
研究火山的幾個科學家紛紛死於喉嚨裏長出矽基孢子植物。
第10集 紅色博物館
盛產美味牛肉的小鎮的孩子們被綁架，發現的屍體上都有“he/she is one”的字樣。Mulder和Scully以為是鎮上的教徒所為，但其實是和alien計劃有關的人體實驗。
第11集 再生
老人院裏鬧鬼了。Mulder和Scully沒看到鬼，倒是發現些讓人恢復精力的小蘑菇。
第12集 剃刀殺人狂
幾十年前的殺人狂有個後代繼承了他的殺人基因，現在基因被激活了。Mulder和Scully能否阻止新的慘劇發生？
第13集 摧花狂疑雲
法斯特是個戀物癖，挖掘年輕女性的屍體，把她們的頭發和指甲全部剪下來收藏。當屍體已不足滿足他的時候，只有殺人。法斯特的下壹個目標轉向了Scully。
第14集 巫教學校
在壹個小城，壹個少年被謀殺了，而謀殺過程像壹個儀，少年心臟和眼睛被挖掉了，居然出現在老師的課桌抽屜裏。Mulder探員和Scully探員發現，當地學校的家長教師協會舉行壹種秘密儀式，而壹個代課教師擁有神奇的能量。
第15集 巫毒的復仇
在壹個海地難民營，幾個陸戰隊員神秘死去。Mulder探員和Scully探員發現，這是難民營首領虐待難民，壹個巫師反抗的結果。
第16集 殖民地球（上）
Mulder探員收到壹封電子郵件，信中包括三個不同城市醫生的訃告。正在此時，壹個CIA特工通知Mulder探員和Scully探員，壹個俄羅斯殺手已經潛入美國境內的醫療機構，目的是為了除掉冷戰時期潛伏在美國的俄羅斯克隆人。Mulder妹妹突然出現回家，妹妹Samantha和克隆人有說不清的關系。
第17集 殖民地球（下）
壹個來自外星的職業捕手綁架了Scully探員，用她來交換Mulder探員在幼年時期被綁架的妹妹Samantha。交易失敗後，Mulder發現Samantha居然是克隆人，今兒繼續跟隨這個外星人到了北極冰雪下的潛艇中，逼問關於Samantha的真相。然而Mulder再壹次失去了Samantha的線索。
第18集 審判
在壹個UFO經常出沒的地區，動物園中發生了隱身的動物攻擊事件。Mulder探員和Scully探員奉命去調查這樁奇案。
第19集 幽靈船
壹艘美國海軍船只失事，艦上只有壹半成員成功逃生。18個小時當他們被壹艘漁船發現時，他們看上去比事發前至少蒼老60歲。Mulder探員認為，該艦進入了未知的時空，因而加速了他們的老化，沒想到的是Mulder和Scully到達軍艦上，他們也莫名其妙的老去，衰老使他們已經快要死亡了。Mulder和Scully能否發現使他們衰老的秘密？能否活著等到救援？
第20集 斑身人
佛羅裏達州的Gibsonton 城充斥了馬戲團和雜耍藝人。壹個以鱷魚表演為生，名叫Jerald Glazebrook 的人被謀殺了。Mulder探員和Scully探員在調查這宗謀殺案時，遇到了形形色色的奇怪人物，甚至包括當地的警長。
第21集 巫童
壹個2歲大的嬰兒神秘死亡。Mulder探員和Scully探員介入調查。他們發現了壹種與死者有關，源自羅馬尼亞的的驅魔儀式。驅魔人告訴他們，死者是被其未出生的孿生兄弟附身。在驅魔儀式過程後，Mulder被驅魔人嚴重警告，“現在結束了，但妳必須小心，它認得妳了”！
第22集 剖屍
在壹座警備森嚴的監獄，壹種瘟疫壹樣的疾病開始流行，造成10人死亡。Scully探員留守監獄，摸清疾病的源頭。而Mulder探員則連同聯邦司法官員壹起追蹤兩名可能已經感染該疾病的越獄者。
第23集 柔光
壹項關於暗物質的試驗造成了驚人的後果－該試驗可以把人的影子轉化為壹種致命武器，任何接觸到這種武器的人都會被轉化成能量。
第24集 我們的小鎮
壹個小城發生了數起失蹤案。Mulder探員和Scully探員在該城壹條小河裏發現了數以百計的人骨。該城最富有的人擁有壹座雞肉加工廠。此人找到了壹種吃人肉而延長壽命的辦法。
第25集 外星檔案（上）
Mulder探員意外獲得了壹些關於外星生命的原始資料。但他的敵人卻想讓他看到，發現真相是要付出沈重的代價的。