《明實錄》曾經擁有四種明政府收藏的鈔本，它們分別是皇史宬正本、內閣副本、禦覽小型本，以及彌補內府舊本之缺的大本。這四個版本的《明實錄》無疑是非常珍貴的善本。因為政府高度重視，修撰人員的層次較高，校對人員也有相當規模，但很遺憾的是，這四個善本沒有壹版流傳至今！
明末戰亂，《明實錄》已損失了壹些卷帙，比如《熹宗實錄》缺天啟四年及七年六月***13卷，清廷曾下詔購求，終未能得。清廷建立後，為了修《明史》，變將明政府所藏的四種善本移入明史館，作為修史的參考。等到《明史》修完，變又把它們移入內閣大庫，等到仿照武英殿諸史作《明史考證》也完成時，便將《明實錄》視為廢紙和累贅，為了騰出內閣大庫裝其他檔冊，便聽從滿族大學士三寶的意見，於乾隆四十八年三月，將《明實錄》的四個正規鈔本，全部移出內閣大庫焚毀！
筆者認為，乾隆焚毀《明實錄》的根本原因，並不在於沒有地方收藏，而在思想文化的專制。由於《明實錄》中記載了大量明政府與清先祖的歷史關系，即自努爾哈赤起建州衛女真與明政府的隸屬關系，為了隱藏這壹歷史真相，便將《明實錄》付之壹炬、值得註意的是，焚毀《明實錄》的時間與《四庫全書》纂成的時間大抵壹致。眾所周知，清修《四庫全書》除了粉飾盛世氣象外，壹個重要的目的就是借機焚毀不利於滿清的書籍，據統計，為修《四庫全書》而銷毀的書籍***達十萬部。《明實錄》焚毀於《四庫全書》修完之際，絕不是偶然，它是清朝文化專制思潮及禁書逆流的犧牲品，有其復雜的歷史背景。
明政府收藏的四部《明實錄》被焚毀了，但明代私人傳抄的《明實錄》及清初明史館官員抄的《明實錄》卻僥幸留存了下來，不過，這些《明實錄》沒有壹種本子是完整的，直到民國時期梁本及臺本的出現，才結束了這種局面。
現存《明實錄》的重要版本現存《明實錄》版本中，主要有明代私人抄本及清初明史館鈔本。
明代鈔本主要是神宗萬歷十六年開館重新謄錄太祖至穆宗各朝《實錄》、《寶訓》時，翰林院謄錄官員及校對官員私下抄出，而為民間競相傳抄者，所以今傳世各本多為穆宗以前各朝實錄。
而神宗以後的《實錄》，如神宗、廣宗、熹宗《實錄》就留存比較少。由於私人抄錄《明實錄》同樣面臨著焚毀的命運，故存留下來的也很少。清代明史館抄本，是修《明史》時為眾多史官翻檢而抄錄的壹些本子。盡管當時也將明政府所藏四本移入明史館以供參考，但仍不能滿足需要，所以才另抄幾份。在明府四本被焚毀後，史館抄本又的流傳於世。而現在流傳的版本主要如下：
1、館本系統
（1）館本?國立北平圖書館藏紅格鈔本，簡稱館本。起自太祖，至於熹宗。來源是清代明史館，《明史》修成後移藏內閣大庫，清末發交學部圖書館，該館後易名京師圖書館、國立北平圖書館。解放戰爭時，國民黨政府將館本運往美國國會圖書館寄存，後歸還臺灣，藏於臺北雙溪故宮博物院。學者認為館本就是明代內閣所藏副本，是明府四本唯壹幸存的副本，但也殘缺不全。由於館本是現存最完備的本子，所以民國時期?中央研究院?歷史語言研究所便以此本為整理對象，將之陸續補抄完備，並據此復制成曬藍本及影印成臺本。
（2）曬藍本?這壹本是民國時期中研院史語所謂整理《明實錄》而從北平圖書館藏紅格鈔本（館本）曬藍復制而成。它幾乎完全保持了館本舊貌，成為館本系統之壹員，曬藍本實際上是從館本到臺本的壹個過渡體。
（3）臺本 臺本是臺灣?中央研究院?歷史語言研究所1962年時開始利用館本的微縮膠卷放大影印而成。館本寄存美國時，美國國會圖書館征得當時駐美大使胡適同意，將館本拍成微縮膠卷。史語所遷臺後，便由胡適出面請美國國會圖書館將膠卷轉增史語所。史語所於是用此微縮膠卷放大影印成今天的臺本。
2、抱本系統
（1）抱本?抱經樓本《明實錄》，簡稱抱本。該本起自太祖，止於神宗，由抱經樓藏印。抱經樓是清代學者盧址的藏書樓，地址在浙江寧波。其所藏《明實錄》，民國初年歸浙江吳興了（湖州）劉氏嘉業堂所有，所以蓋有嘉業堂的印。
抱本雖然是明鈔本，但並非所有卷都是明鈔本。這本原來是明神宗重抄時為詞臣私下傳抄出來的，後來歸李應升所得，李應升下獄後，被抄沒入官，等到返還時已經殘缺不全了。現存抱本是明鈔本與其他本子拼合而成的。
（2）蘇本?江蘇省立國學圖書館傳抄《明實錄》，簡稱蘇本。蘇本是民國初年江蘇省國學圖書館傳抄嘉業堂藏抱經樓本而成，所缺部分據嘉業堂所藏其他本配補，但仍缺《熹宗實錄》，後來根據他本補入。
（3）梁本?梁鴻誌影印江蘇省立國學圖書館本《明實錄》，簡稱梁本。民國三十年（1941），長樂人梁鴻誌借來蘇本，據此影印成冊，這是中國《明實錄》的壹部印刷本。梁本跟蘇本壹樣，從《太祖實錄》到《神宗實錄都是從嘉業堂所藏抱本及嘉業堂別本傳抄而來，但《熹宗實錄》則非來自於嘉業堂，而另有所源，有部分學者認為源自館本。
3 廣本
廣方言本《明實錄》，簡稱廣本，此本起於太祖，止於光宗，僅卻熹宗壹朝。有?廣方言館藏書?印。廣本也是幾種本子拼合而成，有明鈔本也有清鈔本。廣本至民國初年為國民政府兵工署所藏，民國二十年七月兵工署將廣本曾給中研院史語所。
綜上所述，《明實錄》最權威的本子是明政府所藏的皇史宬正本、內閣副本、大本（內府舊本復制本、小本（禦覽小型本）四種寫本，可惜在清初被銷毀。現存最完備的本子只有館本系列、抱本系列及廣本諸種。
作為記錄明代歷史真相的《明實錄》雖然在明朝遭到秘閉，在清代受到焚毀，但《明實錄》以其原始史料的巨大價值，而被人們傳抄開來，流傳戲曲，有明壹代的歷史事實及清初隸明的事實真況，最終沒有被掩蓋。