大門至儀門為縣衙第壹進院落。
大門即衙門，因古代軍營懸掛猛獸獠牙以示威武，古稱“牙門”。唐代“牙”與“衙”互通，故寫為“衙門”。到了宋代，人們便只知“衙門”不知“牙門”了。
大門東側廊下為“喊冤鼓”，供百姓喊冤報官之用，但喊冤人壹次只能擊三下，若亂擊就要先挨扳子後審案。大門與儀門的兩對巨型門墩高70公分，寬85公分，厚40公分，重越800多千克，為隋代遺物，是縣衙現存最古老的建築構件，國家壹級文物。
大門裏儀門前甬道東西兩側各有壹蓮池，南北長18米，東西寬6.5米，深3米。甬道下有三孔石券橋洞使東西兩蓮池連通。蓮池內植藕養魚，清雅非常，為密縣壹大景觀。蓮池與“廉恥”諧音，寓意清水衙門，廉潔清政，出汙泥而不染。蓮池通常為高等級官衙所用，縣衙建蓮池是密縣縣衙壹大特色，也是全國唯壹保留下來的縣衙蓮池。因東漢密縣縣令卓茂被劉秀皇封為“德侯”，故級別較壹般縣衙為高，這點在縣衙中多處均有體現。
解放後，蓮池壹度被垃圾填平。經過清理開挖，2003年11月西蓮池已恢復舊貌。是唯壹壹個保留有蓮池的縣衙。
儀門為“有儀可象”之意，表示縣令的行為能為民表率，是為進入縣衙後第壹道禮儀之門。由於密縣縣令卓茂曾受皇封，故官員到儀門前須遵循“文官下轎，武官下馬”禮制。除重大慶典活動或審理重大案件，正門通常並不開放。儀門兩側設便門，東側為“人門”，又稱“生門”，為平常人們進出所用；西側為“鬼門”，又稱死門，平時關閉，只在處決死犯時才開門拉出行刑。 大堂院寬敞雄偉，位於縣衙中心，是縣衙的第二進院落。南北長四十米，東西寬五十米，面積兩千平方米，是縣衙舉行慶典或重要集會的場所，大堂與儀門中間甬道上立有戒石坊，南面書“公生明”三個大字，北面書“爾奉爾祿，民脂民膏，下民易虐，上天難欺”十六個字。
大堂院東西兩側原為六房，左文右武，東側為吏（衙門人事）、戶（稅賦、財政、戶口等）、禮（教育、慶典等）三房，西側為兵（軍事）刑（治安）工（道路、倉庫等），為縣衙職能辦事機構。東三房於1954年改建為密縣倉庫，西三房拆除，目前尚待恢復。
大堂為縣衙中軸線主體建築，為縣衙建築群的中心。長17米，進深12米，高10米，有立柱12根，建築面積204米，與月臺、卷棚成壹體，高大壯觀。每逢下雨，雨水在大堂與於卷棚間形成壹道水簾，為密縣壹大景致。大堂前建卷棚，是高級官衙的建築形式，在壹般縣衙中頗為罕見，對研究明清官衙建築形式有重大價值。
目前大堂已全面恢復，現為歷史原狀陳列。
大堂正中設知縣公堂，上懸“明鏡高懸”和禦賜東漢卓茂的“漢褒德舊制”匾額，公案之上放置文房四寶及紅、綠頭捕簽。正面屏風彩繪“海水朝日”圖，象征清如海水，明似日月。大堂頂棚彩繪八卦太極圖，系按堪輿學說八卦方位圖含義設計；四周仙鶴向中心飛去象征四 方歸心。傳說第五任縣令索長官公堂斷虎壹案便在此處。
大堂兩側陳列縣官儀仗，有青旗、藍傘、青扇、桐棍、堂鼓、四擡藍絹轎等。大堂西側另設漢朝至民國期間密縣歷任縣長（***計197人）介紹。
大堂西側為典章閣，民國時為水利股辦公處，現辟為新密革命史陳列室。 大堂後面的二堂、廂房、宅門等，***同構成縣衙第三進院落，為知縣行使權力所用。
宅門為第三進院落入口，面北書寫“天理”“國法”“人情”六字，提醒縣官在辦案時要順天理、行國法、通人情。
宅門是縣衙咽喉之地，所有進出人員，均要在宅門東側的門子房登記，尋亙查明存入號簿，壹般人等不可隨便進入。在封建社會，門子房的門子往往向進出人員索要賄賂，進而演變為封建衙門的壹大陋習。曹雪芹《紅樓夢》《葫蘆僧判斷葫蘆案》壹回中，就對官衙中門子的醜惡嘴臉進行了生動的刻畫。
二堂在建築格局上與大堂大同小異，建築面積160.5平方米，東西有兩個稍間，舊為茶房與招房。二堂是預審案件與縣官大堂審案時縣官退思、休息之處。大堂兩旁放置笞杖、夾棍等刑具，堂前有兩塊跪石，東側方石為原告跪石，西側長方石為被告跪石。二堂屏風上懸掛“三鑒堂”匾額，堂號為清康熙年間密縣知縣衷鯤化所定，即“鑒於鏡，鑒於古，鑒於人”，以警視辦案的縣官。雖然如此，但在封建時代，二堂不準壹般公眾進入，堂內經常造成屈打成招的冤假錯案。 二堂之後是三堂院，為縣衙第四進院落，是官員居住、辦公、來往的地方，壹般平民難以到達。因此院常種植南天竺、桂花等花卉，故也城竺桂院，意與“主貴”諧音。
三堂為五間回廊式建築，建築規模與二堂相當。二堂中間是審理花案（涉女案）與涉及機密案件的地方，堂上匾額上書“退思堂”，即事後省察自己的言行，進思盡忠，退思補過之意。東二間為接待來往官員與商議政事的會議室、接待室，西二間為縣官休息與更衣之用。
三堂目前已全部復原，現為歷史原貌復原陳列，並對外提供古裝照相服務
三堂院東西廂房為師爺辦公處，先辟為密縣老照片展覽。
三堂院後面為縣衙最北端的第五進院落，主體建築為大仙樓。大仙樓為五間雙層小瓦樓，東西廂房各為三間雙層小瓦樓。這裏是存放縣衙重要檔案、貴重物品之處，年終封印時，印鑒也存放於此。由於古時沒有公章保管制度，故特奉大仙神（狐貍）乞求安全。
大仙樓目前已修復完畢。 密縣縣衙監獄位於大堂以南，儀門以西，屬八卦中的坤位，俗稱南監。監獄建立於隋朝，後屢經重修，歷經唐、宋、元、明、清、民國，壹直沿用到2002年底，使用時間近1400年，這方面甚至超過了山西的洪峒監獄，是我國使用時間最長的監獄，可謂名副其實的“華夏第壹監獄”。
監獄為磚石結構，墻高4～5米，壁壘森嚴。現存牢房與獄吏房60余間，占地近3000平方米。監獄分外監、內監、女監三部分，另有獄神廟。外監是臨時拘押犯人場所，相當於今日的看守所，內設水牢，與蓮池相通，現已無存；內監關押重犯，女犯人無論情節輕重壹律關押女監。解放後仍被作為監獄使用，並新建了南樓、北樓與崗亭等建築。
監獄除震懾犯罪外，也起鎮壓人民反抗的反動作用。土豪劣紳經常把所謂“刁民”綁給縣太爺責杖發落，從1921年至 1949年，更有無數革命先烈在這裏慘遭反動派的迫害。
1939年國民黨密縣縣長孟詳林勾結中統特務頭子王壽山，在密縣瘋狂鎮壓革命，逮捕***產黨人、進步青年***計28人，***產黨員張民權、郭嵐、司樹森等人遭受鞭打、炮烙、灌辣椒水、坐老虎凳、下水牢……受盡酷刑折磨。密縣地下黨組織受到嚴重破壞，革命力量受到巨大損失。
2003年8月20日，新密市公安部門正式將縣衙監獄移交市文化部門，現由縣衙博物館管理，布置有歷代刑罰烙畫展、清代刑具展、刑罰泥塑展等內容。縣衙監獄從此揭開了其千年之久的神秘面紗，成為縣衙博物館的重要組成部分，是教育後人的重要場所。 相傳，漢朝開國皇帝劉邦登基不久，他的侄子在大街上遇到了美若天仙的民女蘇小娥，便上前調戲，卻被蘇小娥壹巴掌打到了臉上。皇侄惱羞成怒，奪過隨從手裏的齊眉棍向蘇小娥打去。這時旁邊壹大漢出來阻攔，將齊眉棍擊落在地。皇侄身邊的隨從拔劍直刺大漢，大漢壹閃身，竟把皇侄刺死了。眾隨從連忙擡屍體回府，栽贓說皇侄被大漢所殺。劉邦當即下令把大漢打入監牢，定了死罪。
蘇小娥聞知恩人即將被害，決意闖金殿救人，便與妹妹手持鑼鼓，在宮殿前猛敲起來，大喊冤枉。劉邦聽到鼓聲，傳蘇小娥上殿，待問清事情始末，就放了好漢，將那隨從斬首，百姓無不拍手稱快。
受蘇小娥的啟發，劉邦下令各級官署大門前必須設置喊冤鼓，以方便百姓告狀。擊鼓鳴冤從此成為封建官吏體察民情的重要手段，自漢朝到清末，沿用兩千多年。 西漢時河南郡密縣有個縣令卓茂，南陽人，是個博學多智的學者。他在密期間，大膽改革，重新修訂了許多法律條款，並且潔身自好，事跡感人，受到了密縣人的愛戴。相傳，他調入京城，離任密縣時，老百姓奔走相告，在他啟程那壹天，聚在道路兩帝，泣不成聲，依依不舍。為了紀念他的功績，密縣人在大隗鎮修了卓茂祠，隋以後，在老城又修了第二個卓茂祠。
如今，新密壹帶還傳有許多關於他的故事。 包括密縣在內，古代各縣衙衙神廟裏供奉的都是漢代的兩位名臣：蕭何與曹參。蕭何輔佐劉邦建立了大漢王朝，後任相國，制訂各種律令典章，史稱“蕭何定律”，對鞏固西漢政權起到關鍵性作用。蕭何死後，曹參繼任相國，壹切均從舊例，即“蕭規曹隨”。
此後，蕭曹二人為古代地方官署衙門掌管文書的官員胥吏所崇拜，所有的縣衙均供奉蕭曹二神，壹方面是學習他們忠君愛國，恪盡職守的工作精神；另壹方面也是想求得他們的保佑，使自己官運亨通。
除衙神外，衙神廟裏還供奉有胥吏神。在宋代時，官衙中的胥吏們每年秋天，都會湊錢舉行賽神會祭祀蒼頡。蒼頡為神話人物，傳說是創造文字的黃帝史官。由於“蒼頡造字”的典故，文筆吏們將他視為為自己的保護神。蕭曹二人有時也被奉為胥吏神。 舊時衙門公堂上，都有壹張桌案，上有文房四寶及驚堂木、簽筒等辦案所需要之物，俗稱“三尺公案”。其實，這桌案既非三尺長，亦非三尺寬。以清代為例，“三尺公案”長約六尺，寬約兩尺。既然如此，公堂上的桌案又為何稱“三尺公案”呢？
在紙張發明以前，文字都寫在三尺竹簡上，故古代法律又稱為“三尺罰”。而衙門公堂是縣官根據法律審理案件的地方，故審案用的桌案就被稱為“三尺公案”了。
舊時衙門大堂審案，三尺公案總放著兩個簽筒，分別放著紅、綠頭簽。縣官大老爺抽出綠頭簽是派衙役前去拿人，抽出紅頭簽便是要當堂打人。清代，竹簽與簽筒還有壹個特殊作用，壹個簽筒的容積剛好是戶部額定的壹鬥，而壹只竹簽的長度則剛好是標準的壹尺。集市貿易中若發生缺斤短兩的糾紛，告到衙門理論，縣官可當堂用竹簽簽筒加以衡量。 據不完全統計，從漢代卓茂任密縣令起，到民國初年（民國八年），密縣曾有縣令、達魯花赤伊、知縣等178人，載入《密縣誌·循政傳》者38人，而進入密縣名宦祠的僅有10人。他們為政清廉守法，作到了為官壹任造福壹方，並在民間享有壹定聲望，為百姓作出了重大貢獻。
密縣祭祀官吏最早起於漢代卓茂。清嘉慶三年（西元1798年）知縣楊泰起於老城文廟前修建“名宦祠”（現不存），祭祀密縣歷任名宦7人；清道光年間，密縣人又於老城西門外關嶽廟妳建“賢候祠”，增祭知縣3人。下面將此10人的生平事跡做壹簡單介紹。